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- PDB-3k5v: Structure of Abl kinase in complex with imatinib and GNF-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k5v
タイトルStructure of Abl kinase in complex with imatinib and GNF-2
要素Tyrosine-protein kinase ABL1
キーワードTRANSFERASE / kinase / ATP-binding / Nucleotide-binding / Oncogene / SH2 domain / Tyrosine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Cyclin D associated events in G1 / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DN4 thymocyte differentiation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs ...Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Cyclin D associated events in G1 / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DN4 thymocyte differentiation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / response to epinephrine / phospholipase C-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / podocyte apoptotic process / delta-catenin binding / transitional one stage B cell differentiation / regulation of cellular senescence / regulation of postsynaptic specialization assembly / regulation of modification of synaptic structure / DNA conformation change / neuroepithelial cell differentiation / B cell proliferation involved in immune response / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / cerebellum morphogenesis / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / positive regulation of extracellular matrix organization / microspike assembly / circulatory system development / B-1 B cell homeostasis / regulation of extracellular matrix organization / neuropilin signaling pathway / neuropilin binding / bubble DNA binding / Myogenesis / positive regulation of establishment of T cell polarity / activated T cell proliferation / positive regulation of blood vessel branching / proline-rich region binding / regulation of Cdc42 protein signal transduction / syntaxin binding / mitogen-activated protein kinase binding / myoblast proliferation / alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of dendrite development / regulation of axon extension / regulation of T cell differentiation / cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / positive regulation of osteoblast proliferation / cell leading edge / regulation of microtubule polymerization / associative learning / Bergmann glial cell differentiation / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / B cell proliferation / neuromuscular process controlling balance / negative regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of BMP signaling pathway / ephrin receptor signaling pathway / canonical NF-kappaB signal transduction / signal transduction in response to DNA damage / positive regulation of focal adhesion assembly / phagocytosis / BMP signaling pathway / endothelial cell migration / positive regulation of T cell migration / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / four-way junction DNA binding / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / spleen development / positive regulation of stress fiber assembly / ruffle / positive regulation of vasoconstriction / ephrin receptor binding / actin filament polymerization / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / phosphotyrosine residue binding / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of mitotic cell cycle / substrate adhesion-dependent cell spreading / SH2 domain binding / response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / thymus development / protein kinase C binding / post-embryonic development / integrin-mediated signaling pathway / establishment of localization in cell / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / B cell receptor signaling pathway / regulation of actin cytoskeleton organization / neural tube closure / non-specific protein-tyrosine kinase / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade
類似検索 - 分子機能
F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain ...F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-STI / Chem-STJ / Tyrosine-protein kinase ABL1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Cowan-Jacob, S.W. / Fendrich, G. / Rummel, G. / Strauss, A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Targeting Bcr-Abl by combining allosteric with ATP-binding-site inhibitors.
著者: Zhang, J. / Adrian, F.J. / Jahnke, W. / Cowan-Jacob, S.W. / Li, A.G. / Iacob, R.E. / Sim, T. / Powers, J. / Dierks, C. / Sun, F. / Guo, G.R. / Ding, Q. / Okram, B. / Choi, Y. / Wojciechowski, ...著者: Zhang, J. / Adrian, F.J. / Jahnke, W. / Cowan-Jacob, S.W. / Li, A.G. / Iacob, R.E. / Sim, T. / Powers, J. / Dierks, C. / Sun, F. / Guo, G.R. / Ding, Q. / Okram, B. / Choi, Y. / Wojciechowski, A. / Deng, X. / Liu, G. / Fendrich, G. / Strauss, A. / Vajpai, N. / Grzesiek, S. / Tuntland, T. / Liu, Y. / Bursulaya, B. / Azam, M. / Manley, P.W. / Engen, J.R. / Daley, G.Q. / Warmuth, M. / Gray, N.S.
履歴
登録2009年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase ABL1
B: Tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2587
ポリマ－67,4872
非ポリマー1,7715
水7,728429
1
A: Tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6474
ポリマ－33,7441
非ポリマー9033
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6113
ポリマ－33,7441
非ポリマー8682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.070, 65.268, 66.259
Angle α, β, γ (deg.)72.82, 80.25, 84.86
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase ABL1 / Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1 / Proto-oncogene c-Abl / p150


分子量: 33743.523 Da / 分子数: 2 / 断片: Kinase domain (UNP residues 229 to 515) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Abl, Abl1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00520, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-STJ / 3-(6-{[4-(trifluoromethoxy)phenyl]amino}pyrimidin-4-yl)benzamide / GNF-2


分子量: 374.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H13F3N4O2
#3: 化合物 ChemComp-STI / 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE / STI-571 / IMATINIB / イマチニブ


分子量: 493.603 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H31N7O / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M MES pH 5.6, 0.2 M MgCl2, 18 % PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.0016 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0016 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→62.5 Å / Num. all: 64929 / Num. obs: 64929 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 31.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.74→1.8 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.382 / % possible all: 86.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345CCD softwareデータ収集
REFMAC5.5.0063精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.5.0063位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 1OPJ

1opj


解像度: 1.74→38.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 2.335 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23117 3247 5 %RANDOM
Rwork0.19899 ---
all0.20062 61682 --
obs0.20062 61682 95.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.307 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.69 Å20.03 Å20.49 Å2
2--0.3 Å2-0.43 Å2
3---0.48 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.121 Å0.127 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→38.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4620 0 129 429 5178
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224895
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1761.996631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.465571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.01524.439223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.94915847
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1071522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2687
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213726
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.04322849
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9134603
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.16542046
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.27352026
LS精密化 シェル解像度: 1.74→1.785 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 211 -
Rwork0.264 4011 -
obs-4011 83.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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