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- PDB-3k05: The crystal structure of MDC1 BRCT T2067D in complex with a minim... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k05
タイトルThe crystal structure of MDC1 BRCT T2067D in complex with a minimal recognition tetrapeptide with an amidated C-terminus
要素
  • Mediator of DNA damage checkpoint protein 1
  • phospho peptide
キーワードPROTEIN BINDING / BRCT Domain / protein-peptide complex / phospho protein binding / H2AX / DNA damage response / Cell cycle / DNA damage / DNA repair / Nucleus / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


chromatin-protein adaptor activity / DNA replication checkpoint signaling / protein localization to site of double-strand break / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / histone reader activity / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / G2/M DNA damage checkpoint ...chromatin-protein adaptor activity / DNA replication checkpoint signaling / protein localization to site of double-strand break / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / histone reader activity / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / G2/M DNA damage checkpoint / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / chromosome / site of double-strand break / Processing of DNA double-strand break ends / nuclear body / DNA repair / focal adhesion / DNA damage response / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Regulator of Ty1 transposition protein 107 BRCT domain / BRCT domain / BRCT domain, a BRCA1 C-terminus domain / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / BRCT domain profile. / BRCT domain ...Regulator of Ty1 transposition protein 107 BRCT domain / BRCT domain / BRCT domain, a BRCA1 C-terminus domain / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mediator of DNA damage checkpoint protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Campbell, S.J. / Edwards, R.A. / Glover, J.N.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Comparison of the Structures and Peptide Binding Specificities of the BRCT Domains of MDC1 and BRCA1
著者: Campbell, S.J. / Edwards, R.A. / Glover, J.N.
履歴
登録2009年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mediator of DNA damage checkpoint protein 1
B: Mediator of DNA damage checkpoint protein 1
C: phospho peptide
D: phospho peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2888
ポリマ－44,9204
非ポリマー3684
水8,431468
1
A: Mediator of DNA damage checkpoint protein 1
C: phospho peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5523
ポリマ－22,4602
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area860 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9780 Å2
手法PISA
2
B: Mediator of DNA damage checkpoint protein 1
D: phospho peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7365
ポリマ－22,4602
非ポリマー2763
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.642, 74.580, 103.408
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological unit is a monomer bound to a phospho tetrapeptide. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A & C and chains B & D

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要素

#1: タンパク質 Mediator of DNA damage checkpoint protein 1 / Nuclear factor with BRCT domains 1


分子量: 21856.256 Da / 分子数: 2 / 断片: BRCT Domain (UNP residues 1892 to 2089) / 変異: T2067D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIAA0170, MDC1, NFBD1 / プラスミド: pKM596 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold / 参照: UniProt: Q14676
#2: タンパク質・ペプチド phospho peptide


分子量: 603.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in humans. The peptide is chemically synthesized.
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: PEG 8000, HEPES, pH 8.0, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115872 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月13日
放射モノクロメーター: Double flat crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→50 Å / Num. obs: 97906 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
1.33-1.383.70.48995.7
1.38-1.433.90.37997.3
1.43-1.53.90.27397.9
1.5-1.583.90.19998.4
1.58-1.683.90.1598.6
1.68-1.813.90.10999.1
1.81-1.993.80.07699.3
1.99-2.273.70.05799.3
2.27-2.873.70.04699.3
2.87-503.80.03698.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 55.26 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å42.49 Å
Translation2.5 Å42.49 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.1位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.33→40.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 1.444 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20211 4871 5 %RANDOM
Rwork0.18199 ---
obs0.18298 92958 98.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.082 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20 Å20 Å2
2--0.37 Å20 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.33→40.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3105 0 24 468 3597
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223305
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3062.014510
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3825423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.45522.794136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.84815.055545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9771530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2497
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0222544
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0621.52074
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.72723382
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.41331231
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7284.51123
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.27733305
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free3.8253468
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.83133220
LS精密化 シェル解像度: 1.329→1.363 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 336 -
Rwork0.336 6513 -
obs--94.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4983-0.20720.31011.6615-0.51180.87150.0113-0.04130.0145-0.0001-0.0262-0.015-0.00420.02970.01490.0005-0.00250.00060.0206-0.00620.003211.3517-6.3348-18.9133
20.48910.4676-0.02560.9018-0.01710.34290.00950.0259-0.03950.01310.0091-0.02420.00660.0232-0.01870.00440.00770.00250.01790.00050.008618.0702-23.8535-42.3369
31.5115-0.3908-0.2462.5233-0.33593.61-0.01690.0132-0.1668-0.1086-0.01890.01110.1471-0.12690.03580.04710.0010.00290.056-0.00430.05311.0228-11.4171-29.6613
44.95321.3756-1.88159.9675-3.99394.27030.0037-0.095-0.09230.29480.12850.31340.0329-0.0172-0.13220.0272-0.00310.01740.0109-0.0010.024712.9551-19.979-33.3908
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1892 - 2085
2X-RAY DIFFRACTION2B1892 - 2085
3X-RAY DIFFRACTION3C139 - 142
4X-RAY DIFFRACTION4D139 - 142

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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