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万見
- PDB-3jxa: Immunoglobulin domains 1-4 of mouse CNTN4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jxa
タイトルImmunoglobulin domains 1-4 of mouse CNTN4
要素Contactin 4
キーワードCELL ADHESION / Immunoglobulin-like domains / Horseshoe-like conformation / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of neuron differentiation / side of membrane / brain development / neuron projection development / nervous system development / cell adhesion / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.403 Å
データ登録者Bouyain, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: The protein tyrosine phosphatases PTPRZ and PTPRG bind to distinct members of the contactin family of neural recognition molecules.
著者: Bouyain, S. / Watkins, D.J.
履歴
登録2009年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Contactin 4
B: Contactin 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,49510
ポリマ－85,7252
非ポリマー1,7708
水3,369187
1
A: Contactin 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7475
ポリマ－42,8631
非ポリマー8854
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Contactin 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7475
ポリマ－42,8631
非ポリマー8854
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)281.728, 40.431, 95.076
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.32, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-162-

TYR

-
要素

#1: タンパク質 Contactin 4


分子量: 42862.520 Da / 分子数: 2 / 断片: Ig 1-4 fragment (UNP residues 25-404) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cntn4 / プラスミド: pSGHP1 / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14BL8
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 20 mM Na/K phosphate pH 5.8, 10% PEG 3400, 1.2 M 1,6-hexanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 22-ID11
シンクロトロンAPS 22-BM21
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2009年3月27日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2009年4月11日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Rosenbaum-Rock monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Rosenbaum-Rock monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 40236 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.4-2.494.10.5481,281.1
2.49-2.595.40.5041,291.9
2.59-2.77.10.481,297.6
2.7-2.858.90.3681,299.5
2.85-3.0210.30.291,299.9
3.02-3.26110.2151,2100
3.26-3.58110.1641,2100
3.58-4.1110.1451,2100
4.1-5.1710.90.1141,2100
5.17-5010.50.0871,299.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 51.67
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å45.15 Å
Translation2.5 Å45.15 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SERGUIデータ収集
DPSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.403→37.172 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.34 / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 27.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2517 1886 4.97 %
Rwork0.197 --
obs0.1997 37921 91.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.885 Å2 / ksol: 0.288 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 78.726 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.457 Å20 Å2-2.688 Å2
2--11.965 Å20 Å2
3----11.508 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.403→37.172 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5984 0 112 187 6283
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056253
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9328478
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3032330
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06941
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051099
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.403-2.46790.30971030.25581914X-RAY DIFFRACTION65
2.4679-2.54050.30471200.25432274X-RAY DIFFRACTION75
2.5405-2.62250.33561260.25142475X-RAY DIFFRACTION83
2.6225-2.71620.34881350.24832655X-RAY DIFFRACTION87
2.7162-2.82490.28031420.23152711X-RAY DIFFRACTION92
2.8249-2.95340.31941480.23062842X-RAY DIFFRACTION94
2.9534-3.10910.28391540.22612903X-RAY DIFFRACTION96
3.1091-3.30380.28321530.21812927X-RAY DIFFRACTION97
3.3038-3.55860.25881570.20952991X-RAY DIFFRACTION98
3.5586-3.91640.23751580.19383016X-RAY DIFFRACTION100
3.9164-4.48230.2341620.15723070X-RAY DIFFRACTION100
4.4823-5.64410.18911610.14533072X-RAY DIFFRACTION100
5.6441-37.17660.21461670.17433185X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.1593-0.5756-0.84130.66320.64582.22750.36670.05090.4521-0.05620.3197-0.2397-0.2384-1.4982-0.42480.63070.39630.11821.36460.27540.358947.19692.1194-10.7233
21.13540.1731-1.52010.59470.85090.44850.14740.26830.57020.28580.2150.5662-0.4806-1.8589-0.26550.64560.35370.13151.88680.38850.506440.2451-0.2946-7.3657
31.4345-0.6093-0.97171.64630.1512.13730.10640.31350.1584-0.1675-0.0148-0.0697-0.2483-0.2325-0.11530.19870.00010.0274-0.00990.06030.142959.4472-12.618826.7324
41.2738-0.5429-0.70341.5680.9829-0.5920.20140.3992-0.3212-0.88720.16480.23751.1174-0.9565-0.2410.8721-0.3236-0.13850.64150.1250.235955.7086-14.9748-22.1132
5-0.34830.0363-0.370.3557-0.13051.668-0.10160.6191-0.4756-0.46520.08420.29310.1107-0.1056-0.06590.4352-0.016-0.34050.6154-0.10910.758625.2634-24.165413.9504
60.1240.1233-0.15620.2538-0.05980.199-0.11320.297-0.466-0.16860.53170.34630.081-0.9602-0.5370.72970.1044-0.28431.25450.01341.1477-6.1196-11.35194.584
70.47810.3952-0.45520.62720.23010.7974-0.037-0.37490.27840.0540.12420.2105-0.1284-0.2641-0.14920.19010.2424-0.16751.0721-0.11130.7544-3.42545.346320.3651
8-1.10910.71780.74191.4991.06963.24320.231-0.2605-0.2366-0.0608-0.22280.50570.2971-1.0281-0.0130.2261-0.08720.00420.51580.03210.474535.2781-20.80536.5824
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 22:64A22 - 64
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 65:118)A65 - 118
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 119:314)A119 - 314
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 315:403)A315 - 403
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 22:119)B22 - 119
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 120:129)B120 - 129
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 130:312)B130 - 312
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 313:404)B313 - 404

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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