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Yorodumi- PDB-4hw0: Crystal structure of Sso10a-2, a DNA-binding protein from Sulfolo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hw0 | ||||||
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Title | Crystal structure of Sso10a-2, a DNA-binding protein from Sulfolobus solfataricus | ||||||
Components | DNA-binding protein Sso10a-2 | ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / Winged-helix / DNA-binding domain / two-stranded antiparallel coiled-coil / DNA/RNA-binding 3-helical bundle | ||||||
Function / homology | ArnR1-like, winged helix-turn-helix domain / Winged helix-turn-helix / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / HTH_45 domain-containing protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Sulfolobus solfataricus (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Waterreus, W.J. / Goosen, N. / Moolenaar, G.F. / Driessen, R.P.C. / Dame, R.T. / Pannu, N.S. | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2016 Title: Diverse architectural properties of Sso10a proteins: Evidence for a role in chromatin compaction and organization. Authors: Driessen, R.P. / Lin, S.N. / Waterreus, W.J. / van der Meulen, A.L. / van der Valk, R.A. / Laurens, N. / Moolenaar, G.F. / Pannu, N.S. / Wuite, G.J. / Goosen, N. / Dame, R.T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4hw0.cif.gz | 126.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4hw0.ent.gz | 105.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4hw0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/4hw0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/4hw0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 12369.967 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP residues 28-130 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Sulfolobus solfataricus (archaea) / Strain: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / Gene: AAK42937.1, SSO2827 / Plasmid: pET11a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q97V10 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 45.99 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: Succinic acid, HEPES, PEG MME 2000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-1 / Wavelength: 0.933 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: May 8, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.933 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→40.36 Å / Num. all: 21998 / Num. obs: 21998 / % possible obs: 93.28 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 6 / Redundancy: 13.46 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 39.6302 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2→40.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / WRfactor Rfree: 0.24 / WRfactor Rwork: 0.199 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 8.577 / SU ML: 0.11 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.175 / Stereochemistry target values: Engh & Huber Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 104.82 Å2 / Biso mean: 45.4661 Å2 / Biso min: 22.05 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→40.36 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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