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- PDB-3jvj: Crystal structure of the bromodomain 1 in mouse Brd4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jvj
タイトルCrystal structure of the bromodomain 1 in mouse Brd4
要素Bromodomain-containing protein 4
キーワードSIGNALING PROTEIN / bromodomain / alpha helical / N-acetyl lysine binding domain / Nucleus / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP-dependent protein kinase activity / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / inner cell mass cell proliferation / RNA polymerase II C-terminal domain binding / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / chromosome segregation / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...GTP-dependent protein kinase activity / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / inner cell mass cell proliferation / RNA polymerase II C-terminal domain binding / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / chromosome segregation / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / lysine-acetylated histone binding / p53 binding / regulation of inflammatory response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / chromatin remodeling / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / NET domain superfamily / : / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / NET domain superfamily / : / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bromodomain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Vollmuth, F. / Blankenfeldt, W. / Geyer, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structures of the Dual Bromodomains of the P-TEFb-activating Protein Brd4 at Atomic Resolution
著者: Vollmuth, F. / Blankenfeldt, W. / Geyer, M.
履歴
登録2009年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5403
ポリマ－15,3861
非ポリマー1542
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.014, 47.442, 78.024
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Mitotic chromosome-associated protein / MCAP


分子量: 15385.665 Da / 分子数: 1 / 断片: bromodomain, UNP residues 42-168 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Brd4 / プラスミド: pProEx-HTb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ESU6
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 3.6M Na formate, 10% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月30日
放射モノクロメーター: Diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→19.6 Å / Num. all: 18865 / Num. obs: 18865 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 25.811 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 15.35
反射 シェル解像度: 1.55→1.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.409 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. measured obs: 13213 / Num. unique obs: 1668 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OSS

2oss


解像度: 1.55→19.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 5.61 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 961 5.1 %RANDOM
Rwork0.184 ---
all0.184 18865 --
obs0.186 18855 99.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.28 Å20 Å20 Å2
2---3.57 Å20 Å2
3----2.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→19.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1036 0 10 111 1157
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0221098
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02740
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2391.9741504
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.22731827
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8235134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.16825.76952
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.26715184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.272153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1520.2165
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021200
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02200
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.2216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1880.2687
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1960.2535
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1040.2541
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2750.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1380.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2690.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1480.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.91.5687
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7541.5248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.59821081
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9443495
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2954.5419
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.31232104
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free14.6723111
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.73731806
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 65 -
Rwork0.239 1274 -
all-1339 -
obs--99.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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