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- PDB-3jvk: Crystal structure of bromodomain 1 of mouse Brd4 in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jvk
タイトルCrystal structure of bromodomain 1 of mouse Brd4 in complex with histone H3-K(ac)14
要素
  • Bromodomain-containing protein 4
  • histone H3.3 peptide
キーワードSIGNALING PROTEIN / bromodomain / alpha helical / N-acetyl lysine recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / GTP-dependent protein kinase activity / negative regulation of chromosome condensation / Barr body / : / inner kinetochore / pericentric heterochromatin formation / muscle cell differentiation / oocyte maturation / nucleosomal DNA binding ...cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / GTP-dependent protein kinase activity / negative regulation of chromosome condensation / Barr body / : / inner kinetochore / pericentric heterochromatin formation / muscle cell differentiation / oocyte maturation / nucleosomal DNA binding / inner cell mass cell proliferation / nucleus organization / RNA polymerase II C-terminal domain binding / spermatid development / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / single fertilization / subtelomeric heterochromatin formation / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / : / embryo implantation / telomere organization / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / Inhibition of DNA recombination at telomere / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / condensed nuclear chromosome / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / chromosome segregation / transcription coregulator activity / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / multicellular organism growth / male gonad development / Transcriptional regulation of granulopoiesis / osteoblast differentiation / structural constituent of chromatin / p53 binding / nucleosome / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / nucleosome assembly / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / positive regulation of cell growth / regulation of inflammatory response / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / chromosome, telomeric region / cell population proliferation / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Histone-fold / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.3 / Bromodomain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Vollmuth, F. / Blankenfeldt, W. / Geyer, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structures of the Dual Bromodomains of the P-TEFb-activating Protein Brd4 at Atomic Resolution
著者: Vollmuth, F. / Blankenfeldt, W. / Geyer, M.
履歴
登録2009年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
C: histone H3.3 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3333
ポリマ－16,2712
非ポリマー621
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area700 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area7550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.131, 47.030, 77.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Mitotic chromosome-associated protein / MCAP


分子量: 15385.665 Da / 分子数: 1 / 断片: bromodomain 1, UNP residues 42-168 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Brd4 / プラスミド: pProEx-HTb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ESU6
#2: タンパク質・ペプチド histone H3.3 peptide


分子量: 885.023 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 13-20 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Fmoc solid phase synthesis / 参照: UniProt: P84243
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 3.6M Na formate, 10% glycerol, soaked with 10-times excess of histone peptide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月30日
放射モノクロメーター: Diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→19.71 Å / Num. all: 12652 / Num. obs: 12652 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 36.367 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 16.53
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.401 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. measured obs: 14698 / Num. unique obs: 1857 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OSS

2oss


解像度: 1.8→19.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 10.372 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.366 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 685 5.4 %RANDOM
Rwork0.196 ---
all0.196 12646 --
obs0.2 12646 99.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.489 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.22 Å20 Å20 Å2
2---3.78 Å20 Å2
3----3.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1091 0 4 104 1199
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0221130
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02761
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9571.9811548
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08831883
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1535142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.17725.68651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.93115188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.132153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2171
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021241
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02207
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2360.2261
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1950.2773
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1940.2552
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0960.2550
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3040.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2270.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2760.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.781.5715
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7321.5261
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.51721119
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7523497
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9834.5423
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.01332157
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free14.1573104
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.831857
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 51 -
Rwork0.291 844 -
all-895 -
obs--99.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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