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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jrt
タイトルStructure from the mobile metagenome of V. paracholerae: Integron cassette protein Vpc_cass2
要素Integron cassette protein Vpc_cass2
キーワードStructural Genomics / Unknown function / Integron cassette protein / Vibrio paracholerae / Mobile metagenome / PSI-2 Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1060 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種Vibrio paracholerae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Harrop, S.J. / Deshpande, C. / Sureshan, V. / Boucher, Y. / Xu, X. / Cui, H. / Cuff, M. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. ...Harrop, S.J. / Deshpande, C. / Sureshan, V. / Boucher, Y. / Xu, X. / Cui, H. / Cuff, M. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Stokes, H.W. / Curmi, P.M.G. / Mabbutt, B.C. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Integron gene cassettes: a repository of novel protein folds with distinct interaction sites.
著者: Sureshan, V. / Deshpande, C.N. / Boucher, Y. / Koenig, J.E. / Stokes, H.W. / Harrop, S.J. / Curmi, P.M. / Mabbutt, B.C.
履歴
登録2009年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年2月6日Group: Database references
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integron cassette protein Vpc_cass2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2821
ポリマ－22,2821
非ポリマー00
水54030
1
A: Integron cassette protein Vpc_cass2

A: Integron cassette protein Vpc_cass2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5642
ポリマ－44,5642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
Buried area3040 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area16700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.510, 85.510, 46.656
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 Integron cassette protein Vpc_cass2


分子量: 22282.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio paracholerae (バクテリア)
プラスミド: p15TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.34 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 20% PEG3350, 0.2 M disodium tartrate. In situ proteolysis with chymotrypsin, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月25日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→29.003 Å / Num. all: 8801 / Num. obs: 8801 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 48.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.473 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. measured all: 18536 / Num. unique all: 1281 / Rsym value: 0.473 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.15data processing
PHENIX1.4_151精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→27.99 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.48 / SU ML: 0.31 / Isotropic thermal model: TLS and individual isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 22.09 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 871 9.92 %random
Rwork0.189 ---
all0.193 8782 --
obs0.193 8782 99.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.884 Å2 / ksol: 0.305 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 396.66 Å2 / Biso mean: 66.901 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.371 Å20 Å20 Å2
2---5.371 Å2-0 Å2
3---10.742 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→27.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1337 0 0 30 1367
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081369
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9681847
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075207
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004235
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.416511
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.3-2.4440.2351440.19513111455
2.444-2.6330.2611440.20713131457
2.633-2.8980.2531480.19812921440
2.898-3.3160.2441470.21113151462
3.316-4.1760.2551390.17613261465
4.176-27.9920.1971490.17213541503
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.2965 Å / Origin y: 29.3796 Å / Origin z: 15.5965 Å
111213212223313233
T-0.1133 Å20.0422 Å2-0.072 Å2-0.2441 Å2-0.0851 Å2--0.1122 Å2
L3.2536 °2-0.258 °2-0.7732 °2-5.3413 °20.8459 °2--4.3897 °2
S0.119 Å °0.6913 Å °-0.2238 Å °0.0881 Å °-0.1323 Å °0.5678 Å °0.2805 Å °-0.4891 Å °0.0267 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA0 - 169
2X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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