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万見
- PDB-3jq8: Crystal structure of pteridine reductase 1 (PTR1) from Trypanosom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jq8
タイトルCrystal structure of pteridine reductase 1 (PTR1) from Trypanosoma brucei in ternary complex with cofactor (NADP+) and inhibitor 6,7,7-trimethyl-7,8-dihydropteridine-2,4-diamine (DX3)
要素(Pteridine reductase ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / PTERIDINE REDUCTASE / PTR1 / TRYPANOSOMA BRUCEI / SHORT CHAIN DEHYDROGENASE / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


pteridine reductase / pteridine reductase activity / oxidoreductase activity / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pteridine reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 6,7,7-trimethyl-7,8-dihydropteridine-2,4-diamine / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Pteridine reductase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Tulloch, L.B. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structure-based design of pteridine reductase inhibitors targeting african sleeping sickness and the leishmaniases.
著者: Tulloch, L.B. / Martini, V.P. / Iulek, J. / Huggan, J.K. / Lee, J.H. / Gibson, C.L. / Smith, T.K. / Suckling, C.J. / Hunter, W.N.
履歴
登録2009年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2010年1月19日ID: 3BMF
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pteridine reductase 1
B: Pteridine reductase 1
C: Pteridine reductase 1
D: Pteridine reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,68013
ポリマ－122,7274
非ポリマー3,9539
水17,583976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20090 Å2
ΔGint-134.2 kcal/mol
Surface area32030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.097, 89.154, 84.187
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.490, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A1 - 268
2116B1 - 268
3116C1 - 268
4116D1 - 268

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要素

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Pteridine reductase ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Pteridine reductase 1


分子量: 30669.791 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 102-369 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: PTR1, Tb927.8.2210 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q581W1, pteridine reductase
#2: タンパク質 Pteridine reductase 1


分子量: 30685.787 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 102-369 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: PTR1, Tb927.8.2210 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q581W1, pteridine reductase

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非ポリマー , 4種, 985分子

#3: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物
ChemComp-DX3 / 6,7,7-trimethyl-7,8-dihydropteridine-2,4-diamine


分子量: 206.248 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N6
#5: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 976 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 2-3M Sodium acetate, 10-100mM Sodium citrate, pH 4.0-6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
PH範囲: 4.0-6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9755 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月14日
詳細: Liquid nitrogen cooled channel-cut silicon monochromator and a cylindrical grazing incidence mirror
放射モノクロメーター: high resolution Si(311) cut and a lower resolution Si(111) cut
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9755 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→66.89 Å / Num. obs: 70867 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.95-2.064.80.223.249418102360.2297.6
2.06-2.184.60.1375.34460696810.13797.8
2.18-2.3340.1192.43680391010.11998.1
2.33-2.524.40.0847.83805185580.08498.4
2.52-2.764.30.079.43389078840.0798.6
2.76-3.084.10.05610.52969571640.05699
3.08-3.563.90.04611.92485763220.04699.1
3.56-4.363.40.04510.41854653810.04599.3
4.36-6.174.20.03513.71752041950.03599.5
6.17-66.894.20.03511.2976523450.03599.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.5データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2C7V

2c7v


解像度: 1.95→66.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.833 / WRfactor Rfree: 0.272 / WRfactor Rwork: 0.225 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.666 / SU B: 8.444 / SU ML: 0.226 / SU R Cruickshank DPI: 0.242 / SU Rfree: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 3569 5.1 %RANDOM
Rwork0.229 66848 --
obs0.232 70417 97.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 291.6 Å2 / Biso mean: 15.454 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å20 Å20.55 Å2
2--1 Å20 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→66.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7363 0 260 976 8599
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0227964
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1012.00910907
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.24951032
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.89824.286308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.604151276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.91550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.21290
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025912
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1780.24684
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2930.25557
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1240.2962
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1370.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1060.242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3131.55151
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.54928052
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.65233193
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.0234.52829
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 1695 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
ALOOSE POSITIONAL0.455
BLOOSE POSITIONAL0.425
CLOOSE POSITIONAL0.375
DLOOSE POSITIONAL0.385
ALOOSE THERMAL10
BLOOSE THERMAL10
CLOOSE THERMAL10
DLOOSE THERMAL10
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 255 -
Rwork0.322 4908 -
all-5163 -
obs--97.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.27230.0252-0.14380.30180.18471.3147-0.00620.094-0.0914-0.06980.007-0.01950.108-0.0076-0.0008-0.1086-0.00020.0143-0.1094-0.0162-0.10512.2443-1.498137.7803
21.4359-0.0714-0.27280.76320.21211.1492-0.0044-0.14430.07460.04640.008-0.0683-0.12590.1367-0.0037-0.1342-0.02530.0006-0.0876-0.007-0.114112.32678.195766.0896
31.5724-0.0026-0.28730.5152-0.02521.3209-0.01980.13780.1019-0.0928-0.00060.0843-0.1216-0.11890.0205-0.1250.0082-0.0081-0.07990.0174-0.1024-27.06546.804147.4646
41.0259-0.15940.00790.6763-0.09411.11010.0126-0.1264-0.03790.093-0.01810.01920.05710.0060.0055-0.1191-0.00370.0215-0.08430.0124-0.124-17.00780.520476.7773
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 268
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 268
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 268
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 268

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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