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万見
- PDB-3jbr: Cryo-EM structure of the rabbit voltage-gated calcium channel Cav... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jbr
タイトルCryo-EM structure of the rabbit voltage-gated calcium channel Cav1.1 complex at 4.2 angstrom
要素
  • (Voltage-dependent L-type calcium channel subunit ...) x 2
  • (Voltage-dependent calcium channel ...) x 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / voltage-gated calcium channel
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / Phase 2 - plateau phase / Phase 0 - rapid depolarisation / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / Regulation of insulin secretion / positive regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / positive regulation of high voltage-gated calcium channel activity / membrane depolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / positive regulation of muscle contraction / membrane depolarization during AV node cell action potential ...voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / Phase 2 - plateau phase / Phase 0 - rapid depolarisation / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / Regulation of insulin secretion / positive regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / positive regulation of high voltage-gated calcium channel activity / membrane depolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / positive regulation of muscle contraction / membrane depolarization during AV node cell action potential / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / photoreceptor ribbon synapse / positive regulation of calcium ion transport / calcium ion import / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / voltage-gated calcium channel complex / neuromuscular junction development / cellular response to caffeine / calcium ion import across plasma membrane / regulation of heart rate by cardiac conduction / calcium channel regulator activity / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / voltage-gated calcium channel activity / muscle contraction / release of sequestered calcium ion into cytosol / T-tubule / visual perception / protein localization to plasma membrane / phosphoprotein binding / calcium ion transmembrane transport / sarcolemma / calcium ion transport / actin filament binding / presynapse / chemical synaptic transmission / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / protein domain specific binding / protein kinase binding / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
von Willebrand factor type A domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-2 subunit / CACNB2, SH3 domain / Voltage-dependent calcium channel, gamma-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1S subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin tight junction / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal ...von Willebrand factor type A domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-2 subunit / CACNB2, SH3 domain / Voltage-dependent calcium channel, gamma-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1S subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin tight junction / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / VWA N-terminal / Voltage-dependent calcium channel, alpha-2/delta subunit, conserved region / : / VWA N-terminal / Neuronal voltage-dependent calcium channel alpha 2acd / : / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated / Voltage-dependent calcium channel, gamma subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / Voltage-dependent channel domain superfamily / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Ion transport domain / Ion transport protein / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-mannopyranose / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S / Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1 / Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Wu, J.P. / Yan, Z. / Yan, N.
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Structure of the voltage-gated calcium channel Cav1.1 complex.
著者: Jianping Wu / Zhen Yan / Zhangqiang Li / Chuangye Yan / Shan Lu / Mengqiu Dong / Nieng Yan /
要旨: The voltage-gated calcium channel Ca(v)1.1 is engaged in the excitation-contraction coupling of skeletal muscles. The Ca(v)1.1 complex consists of the pore-forming subunit α1 and auxiliary subunits ...The voltage-gated calcium channel Ca(v)1.1 is engaged in the excitation-contraction coupling of skeletal muscles. The Ca(v)1.1 complex consists of the pore-forming subunit α1 and auxiliary subunits α2δ, β, and γ. We report the structure of the rabbit Ca(v)1.1 complex determined by single-particle cryo-electron microscopy. The four homologous repeats of the α1 subunit are arranged clockwise in the extracellular view. The γ subunit, whose structure resembles claudins, interacts with the voltage-sensing domain of repeat IV (VSD(IV)), whereas the cytosolic β subunit is located adjacent to VSD(II) of α1. The α2 subunit interacts with the extracellular loops of repeats I to III through its VWA and Cache1 domains. The structure reveals the architecture of a prototypical eukaryotic Ca(v) channel and provides a framework for understanding the function and disease mechanisms of Ca(v) and Na(v) channels.
履歴
登録2015年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / em_image_scans ...database_2 / em_image_scans / em_software / struct_ref_seq_dif
Item: _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id ..._em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6475
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6476
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
B: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2
E: Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit
F: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)394,53222
ポリマ－390,8144
非ポリマー3,71918
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Voltage-dependent L-type calcium channel subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S / Calcium channel / L type / alpha-1 polypeptide / isoform 3 / skeletal muscle / Voltage-gated ...Calcium channel / L type / alpha-1 polypeptide / isoform 3 / skeletal muscle / Voltage-gated calcium channel subunit alpha Cav1.1


分子量: 208655.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P07293
#2: タンパク質 Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2 / CAB2 / Calcium channel voltage-dependent subunit beta 2'


分子量: 40300.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chain B is for a subunit that is docked by a homolog crystal structure (PDB code: 1T0J)
由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8VGC3

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Voltage-dependent calcium channel ... , 2種, 2分子 EF

#3: タンパク質 Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit / Dihydropyridine-sensitive L-type / skeletal muscle calcium channel subunit gamma


分子量: 25082.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P19518
#4: タンパク質 Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1 / Voltage-gated calcium channel subunit alpha-2/delta-1 / Voltage-dependent calcium channel subunit ...Voltage-gated calcium channel subunit alpha-2/delta-1 / Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2-1 / Voltage-dependent calcium channel subunit delta-1


分子量: 116775.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P13806

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糖 , 2種, 17分子

#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖 ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 1種, 1分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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詳細

配列の詳細RESIDUES 1396-1520 OF ENTITY 1 (CHAIN A), AND RESIDUES 40-55/662-955 OF ENTITY 4 (CHAIN F) ARE ...RESIDUES 1396-1520 OF ENTITY 1 (CHAIN A), AND RESIDUES 40-55/662-955 OF ENTITY 4 (CHAIN F) ARE MODELED AS UNK SINCE THE EM DENSITY IS NOT GOOD ENOUGH TO ASSIGN EXACTLY. THE REAL SEQUENCE OF RESIDUES 1396-1520 OF ENTITY 1 (CHAIN A) SHOULD BE (PHHLDEFKAIWAEYDPEAKGRIKHLDVVTLLRRIQPPLGFGKFCPHRVACKRLVGMNMPLNSDGTVTFNATLFALVRTALKIKTEGNFEQANEELRAIIKKIWKRTSMKLLDQVIPPIGDDEVTV). REAL SEQUENCES FOR RESIDUES 40-55/662-955 OF ENTITY 4 SHOULD BE (DMQEDLVTLAKTASG) AND (TFLAPRDYCSDLKPSDNNTEFLLNFNEFIDRKTPNNPSCNTDLINRVLLDAGFTNELVQNYWSKQKNIKGVKARFVVTDGGITRVYPKEAGENWQENPETYEDSFYKRSLDNDNYVFTAPYFNKSGPGAYESGIMVSKAVEIYIQGKLLKPAVVGIKIDVNSWIENFTKTSIRDPCAGPVCDCKRNSDVMDCVILDDGGFLLMANHDDYTNQIGRFFGEIDPSLMRHLVNISVYAFNKSYDYQSVCEPGAAPKQGAGHRSAYVPSIADILQIGWWATAAAWSILQQFLLSLTFP) RESPECTIVELY.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: a membrane protein cryo-sample / タイプ: COMPLEX / 別称: Cav1.1
分子量値: 0.45 MDa / 実験値: NO
緩衝液名称: 20mM MOPS, 200mM NaCl, 0.5mM CaCl2,0.1% digitonin / pH: 7.4 / 詳細: 20mM MOPS, 200mM NaCl, 0.5mM CaCl2,0.1% digitonin
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: carbon coated grid
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2015年2月2日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.3 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2 nm / Cs: 2.7 mm / カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Situsモデルフィッティング
2UCSF Chimeraモデルフィッティング
3RELION３次元再構成
CTF補正詳細: each micrograph
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 353372
詳細: (Single particle details: The particles were selected using RELION.) (Single particle--Applied symmetry: C1)
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body DETAILS--The fitting is mostly refer to a related entry
原子モデル構築PDB-ID: 1T0J

1t0j

精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16234 0 233 0 16467

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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