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- PDB-6byo: Residue assignment correction to the voltage gated calcium Cav1.1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6byo
タイトルResidue assignment correction to the voltage gated calcium Cav1.1 rabbit alpha 1 subunit PDB entries 3JBR & 5GJV
要素Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Voltage-Gated Calcium Channels
機能・相同性
機能・相同性情報


high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / positive regulation of muscle contraction / cellular response to caffeine / calcium ion import across plasma membrane / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / voltage-gated calcium channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol / T-tubule / muscle contraction ...high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / positive regulation of muscle contraction / cellular response to caffeine / calcium ion import across plasma membrane / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / voltage-gated calcium channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol / T-tubule / muscle contraction / calcium ion transmembrane transport / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1S subunit / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / Voltage-gated potassium channels. Chain C / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain ...Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1S subunit / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / Voltage-gated potassium channels. Chain C / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated / : / Voltage-dependent channel domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Ion transport domain / Ion transport protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Cardozo, T.J. / Martinez-Ortiz, W.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)5 F31 HL124898 04 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorDP2 OD004631 米国
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structure of the voltage-gated calcium channel Ca(v)1.1 at 3.6 Å resolution.
著者: Jianping Wu / Zhen Yan / Zhangqiang Li / Xingyang Qian / Shan Lu / Mengqiu Dong / Qiang Zhou / Nieng Yan /
要旨: The voltage-gated calcium (Ca) channels convert membrane electrical signals to intracellular Ca-mediated events. Among the ten subtypes of Ca channel in mammals, Ca1.1 is specified for the excitation- ...The voltage-gated calcium (Ca) channels convert membrane electrical signals to intracellular Ca-mediated events. Among the ten subtypes of Ca channel in mammals, Ca1.1 is specified for the excitation-contraction coupling of skeletal muscles. Here we present the cryo-electron microscopy structure of the rabbit Ca1.1 complex at a nominal resolution of 3.6 Å. The inner gate of the ion-conducting α1-subunit is closed and all four voltage-sensing domains adopt an 'up' conformation, suggesting a potentially inactivated state. The extended extracellular loops of the pore domain, which are stabilized by multiple disulfide bonds, form a windowed dome above the selectivity filter. One side of the dome provides the docking site for the α2δ-1-subunit, while the other side may attract cations through its negative surface potential. The intracellular I-II and III-IV linker helices interact with the β-subunit and the carboxy-terminal domain of α1, respectively. Classification of the particles yielded two additional reconstructions that reveal pronounced displacement of β and adjacent elements in α1. The atomic model of the Ca1.1 complex establishes a foundation for mechanistic understanding of excitation-contraction coupling and provides a three-dimensional template for molecular interpretations of the functions and disease mechanisms of Ca and Na channels.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Structure of the voltage-gated calcium channel Cav1.1 complex.
著者: Jianping Wu / Zhen Yan / Zhangqiang Li / Chuangye Yan / Shan Lu / Mengqiu Dong / Nieng Yan /
要旨: The voltage-gated calcium channel Ca(v)1.1 is engaged in the excitation-contraction coupling of skeletal muscles. The Ca(v)1.1 complex consists of the pore-forming subunit α1 and auxiliary subunits ...The voltage-gated calcium channel Ca(v)1.1 is engaged in the excitation-contraction coupling of skeletal muscles. The Ca(v)1.1 complex consists of the pore-forming subunit α1 and auxiliary subunits α2δ, β, and γ. We report the structure of the rabbit Ca(v)1.1 complex determined by single-particle cryo-electron microscopy. The four homologous repeats of the α1 subunit are arranged clockwise in the extracellular view. The γ subunit, whose structure resembles claudins, interacts with the voltage-sensing domain of repeat IV (VSD(IV)), whereas the cytosolic β subunit is located adjacent to VSD(II) of α1. The α2 subunit interacts with the extracellular loops of repeats I to III through its VWA and Cache1 domains. The structure reveals the architecture of a prototypical eukaryotic Ca(v) channel and provides a framework for understanding the function and disease mechanisms of Ca(v) and Na(v) channels.
履歴
登録2017年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.id ..._citation.country / _citation.id / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.citation_id / _citation_author.name
改定 1.22019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_related / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 0THIS ENTRY 6BYO REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL DATA IN EMD-9513, DETERMINED BY J.P.Wu,Z.Yan

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9513
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9513
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,0641
ポリマ－155,0641
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S / Calcium channel / L type / alpha-1 polypeptide / isoform 3 / skeletal muscle / Dihydropyridine ...Calcium channel / L type / alpha-1 polypeptide / isoform 3 / skeletal muscle / Dihydropyridine receptor alpha-1S subunit / DHPR / Voltage-gated calcium channel subunit alpha Cav1.1


分子量: 155063.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P07293
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Rabbit Voltage Gated Calcium Cav1.1 alpha 1 subunit.
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデルフィッティング
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 527833 / 詳細: overall resolution of entire complex / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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