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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3iwv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Y116T mutant of 5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE (TRP) | ||||||
![]() | 5-hydroxyisourate hydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Transthyretin / molecular evolution / uric acid degradation / thyroid hormones / Peroxisome / Purine metabolism | ||||||
機能・相同性 | ![]() hydroxyisourate hydrolase / hydroxyisourate hydrolase activity / urate catabolic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / purine nucleobase metabolic process / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cendron, L. / Ramazzina, I. / Berni, R. / Percudani, R. / Zanotti, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Probing the evolution of hydroxyisourate hydrolase into transthyretin through active-site redesign. 著者: Cendron, L. / Ramazzina, I. / Percudani, R. / Rasore, C. / Zanotti, G. / Berni, R. #1: ![]() タイトル: Structure of zebra fish HIUase: insights into evolution of an enzyme to a hormone transporter 著者: Zanotti, G. / Cendron, L. / Ramazzina, I. / Folli, C. / Percudani, R. / Berni, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 110 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 85.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 457.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 466.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Refine code: 5
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15441.656 Da / 分子数: 4 / 変異: Y116T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: urah / プラスミド: pET28b-HIUase / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.94 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES, 20% PEG10,000, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.68→44.91 Å / Num. all: 43900 / Num. obs: 43900 / % possible obs: 83.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.68→1.77 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 5810 / % possible all: 75.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2H1X 解像度: 1.68→25.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 9.155 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.493 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.68→25.44 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.683→1.727 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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