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- PDB-3iwv: Crystal structure of Y116T mutant of 5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE (TRP) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iwv
タイトルCrystal structure of Y116T mutant of 5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE (TRP)
要素5-hydroxyisourate hydrolase
キーワードHYDROLASE / Transthyretin / molecular evolution / uric acid degradation / thyroid hormones / Peroxisome / Purine metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxyisourate hydrolase / hydroxyisourate hydrolase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / urate catabolic process / purine nucleobase metabolic process / peroxisome
類似検索 - 分子機能
Hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / Immunoglobulin-like ...Hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-hydroxyisourate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Cendron, L. / Ramazzina, I. / Berni, R. / Percudani, R. / Zanotti, G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 2011
タイトル: Probing the evolution of hydroxyisourate hydrolase into transthyretin through active-site redesign.
著者: Cendron, L. / Ramazzina, I. / Percudani, R. / Rasore, C. / Zanotti, G. / Berni, R.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 2006
タイトル: Structure of zebra fish HIUase: insights into evolution of an enzyme to a hormone transporter
著者: Zanotti, G. / Cendron, L. / Ramazzina, I. / Folli, C. / Percudani, R. / Berni, R.
履歴
登録2009年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-hydroxyisourate hydrolase
B: 5-hydroxyisourate hydrolase
C: 5-hydroxyisourate hydrolase
D: 5-hydroxyisourate hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7674
ポリマ-61,7674
非ポリマー00
4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6070 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area19990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.920, 103.690, 52.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERASPASPAA7 - 3326 - 52
21SERSERASPASPBB7 - 3326 - 52
31SERSERASPASPCC7 - 3326 - 52
41SERSERASPASPDD7 - 3326 - 52
12THRTHRPROPROAA44 - 5463 - 73
22THRTHRPROPROBB44 - 5463 - 73
32THRTHRPROPROCC44 - 5463 - 73
42THRTHRPROPRODD44 - 5463 - 73
13PHEPHETHRTHRAA62 - 11581 - 134
23PHEPHETHRTHRBB62 - 11581 - 134
33PHEPHETHRTHRCC62 - 11581 - 134
43PHEPHETHRTHRDD62 - 11581 - 134

-
要素

#1: タンパク質
5-hydroxyisourate hydrolase / HIU hydrolase / HIUHase / Transthyretin-related protein


分子量: 15441.656 Da / 分子数: 4 / 変異: Y116T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: urah / プラスミド: pET28b-HIUase / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q06S87, hydroxyisourate hydrolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 20% PEG10,000, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→44.91 Å / Num. all: 43900 / Num. obs: 43900 / % possible obs: 83.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.68→1.77 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 5810 / % possible all: 75.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2H1X
解像度: 1.68→25.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 9.155 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25962 2250 5.1 %RANDOM
Rwork0.20293 ---
obs0.20578 41609 83.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.493 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.83 Å20 Å23.67 Å2
2---3.39 Å20 Å2
3---0.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→25.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3616 0 0 269 3885
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0223712
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0881.9475073
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6025457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.41722.895152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.85915572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg28.791520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.2588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212804
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0941.52293
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.77723744
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it331419
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2624.51329
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
A368medium positional0.150.5
B368medium positional0.150.5
C368medium positional0.170.5
D368medium positional0.160.5
A362loose positional0.395
B362loose positional0.385
C362loose positional0.395
D362loose positional0.425
A368medium thermal1.32
B368medium thermal1.122
C368medium thermal1.92
D368medium thermal1.482
A362loose thermal1.7410
B362loose thermal1.5610
C362loose thermal1.9310
D362loose thermal1.7110
LS精密化 シェル解像度: 1.683→1.727 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.451 145 -
Rwork0.439 2737 -
obs-2737 73.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.55130.80740.06852.1484-0.12950.8939-0.08480.1936-0.0116-0.18090.0721-0.0115-0.01280.03590.01260.14290.0096-0.00550.1493-0.00020.12740.55711.59912.597
22.16530.92051.66610.79380.53721.4218-0.1118-0.01920.1708-0.0356-0.00950.0237-0.1981-0.00760.12120.18320.0030.00690.18210.0010.184210.57823.96520.065
34.64171.23721.52.04450.65121.6698-0.190.25560.3137-0.14390.1313-0.0803-0.24170.21250.05870.24510.01160.01310.22670.00880.20810.8716.9688.904
412.3660.8909-0.16211.8856-0.51582.39590.03520.134-0.0128-0.08010.02-0.0717-0.0370.0166-0.05520.19330-0.00450.1389-0.0030.161212.3919.04720.886
52.0774-0.52070.13321.3393-0.07141.262-0.00080.07620.1191-0.0654-0.00210.1282-0.0325-0.12810.00280.1503-0.00110.00030.1212-0.00050.1206-2.9514.94721.251
62.92761.2559-0.85311.5906-0.25931.6252-0.01570.1537-0.0763-0.11590.0064-0.2216-0.02770.15110.00930.18390.0099-0.01870.14480.00380.14587.6598.16318.098
72.4067-0.8853-2.44951.62961.56113.3422-0.1547-0.2155-0.06920.20820.0810.11940.10760.06080.07360.17950.0082-0.01350.18060.01780.15331.9131.48337.252
81.2155-2.20120.22314.2617-0.4550.4096-0.1011-0.09470.05860.2260.0832-0.0456-0.0732-0.02870.0180.1728-0.0093-0.00470.19060.00040.18022.35316.06939.514
96.3169-0.6236-0.98995.67771.97456.6962-0.0453-0.0915-0.15490.12030.01430.10780.0884-0.06720.0310.2252-0.0137-0.00240.22140.01670.20592.7741.11343.996
101.87910.4403-1.08391.4593-1.00723.9313-0.0286-0.4105-0.16960.42260.0120.21960.0431-0.10190.01660.22930.01120.00650.1950.00030.2142-7.22615.85741.166
111.5942-0.2902-0.21831.6728-0.10791.5411-0.046-0.1306-0.0240.09020.0217-0.05730.0280.06240.02430.1866-0.0144-0.01720.1342-0.00830.12514.8819.72233.296
123.4964-0.0985-1.66142.46450.04373.3154-0.0252-0.014-0.01690.05580.01430.07640.0083-0.08580.01090.1554-0.0045-0.02360.1159-0.00080.11672.4873.83529.699
130.86780.2853-0.00781.24910.23361.1864-0.01840.12670.0028-0.0820.038-0.0082-0.00260.0783-0.01970.13990.01260.00930.14750.00630.14927.448-9.1319.977
141.1719-0.11910.65981.06190.51041.26860.01560.1-0.2968-0.06620.01810.11580.1915-0.1342-0.03370.2699-0.01390.02070.2591-0.02160.231.156-19.2984.953
153.82493.01543.61522.48532.68175.3725-0.06490.1560.0018-0.11050.02730.0169-0.08660.03950.03760.21050.0110.01470.20580.00140.21248.223-7.0992.411
161.87390.08350.71192.1744-1.08494.6907-0.01770.35170.1436-0.3662-0.0097-0.1101-0.02910.19910.02740.1870.00130.0010.1785-0.00990.2004-3.72-13.2181.761
171.0395-0.2928-0.18221.5571-0.34481.36330.0381-0.0263-0.09180.0662-0.0099-0.16930.07420.2099-0.02820.1427-0.00010.0120.1303-0.0060.13467.678-14.17918.31
181.48950.22880.62461.7757-0.11013.393-0.01670.16550.0821-0.1811-0.01140.1554-0.0822-0.09070.0280.13770.00090.02950.1396-0.01130.16980.868-4.66712.391
192.4925-1.92941.64145.179-2.81283.3565-0.0539-0.2619-0.21590.42190.14820.0956-0.0874-0.0834-0.09440.1561-0.00870.0070.1829-0.0220.1709-7.118-8.80332.126
201.4423-0.60140.13462.6711-0.14631.01190.05630.0793-0.1712-0.1034-0.05920.00020.12480.06830.0030.1634-0.0233-0.00750.19930.00520.1481-6.352-20.13625.739
212.3483-1.1451-0.53140.82070.27970.24-0.1367-0.3161-0.10820.30360.12460.07310.0294-0.02990.01220.2440.00390.0020.21650.00530.1981-6.837-18.69433.994
225.9077-3.20471.02046.6173-1.22152.77940.09630.1758-0.199-0.2616-0.05610.22570.1365-0.0975-0.04010.1393-0.01770.01560.15760.00010.125-12.711-11.5920.513
231.98160.06970.44150.9264-0.01651.609-0.026-0.00740.00210.00040.05620.1328-0.091-0.1421-0.03020.1466-0.01620.00960.1365-0.01080.1374-7.124-11.58719.263
241.3477-0.72060.41032.9337-1.56523.0998-0.0179-0.1995-0.13250.22350.0178-0.15570.06730.120.00010.1373-0.01750.01350.1526-0.01920.1667-0.705-9.70329.031
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2A30 - 48
3X-RAY DIFFRACTION3A49 - 62
4X-RAY DIFFRACTION4A63 - 70
5X-RAY DIFFRACTION5A71 - 95
6X-RAY DIFFRACTION6A96 - 119
7X-RAY DIFFRACTION7B6 - 19
8X-RAY DIFFRACTION8B20 - 47
9X-RAY DIFFRACTION9B48 - 55
10X-RAY DIFFRACTION10B56 - 69
11X-RAY DIFFRACTION11B70 - 102
12X-RAY DIFFRACTION12B103 - 119
13X-RAY DIFFRACTION13C6 - 33
14X-RAY DIFFRACTION14C34 - 48
15X-RAY DIFFRACTION15C49 - 59
16X-RAY DIFFRACTION16C60 - 69
17X-RAY DIFFRACTION17C70 - 95
18X-RAY DIFFRACTION18C96 - 119
19X-RAY DIFFRACTION19D6 - 17
20X-RAY DIFFRACTION20D18 - 42
21X-RAY DIFFRACTION21D43 - 68
22X-RAY DIFFRACTION22D69 - 78
23X-RAY DIFFRACTION23D79 - 95
24X-RAY DIFFRACTION24D96 - 119

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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