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- PDB-3iwv: Crystal structure of Y116T mutant of 5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE (TRP) -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3iwv | ||||||
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Title | Crystal structure of Y116T mutant of 5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE (TRP) | ||||||
![]() | 5-hydroxyisourate hydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Transthyretin / molecular evolution / uric acid degradation / thyroid hormones / Peroxisome / Purine metabolism | ||||||
Function / homology | ![]() hydroxyisourate hydrolase / hydroxyisourate hydrolase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / urate catabolic process / purine nucleobase metabolic process / peroxisome Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cendron, L. / Ramazzina, I. / Berni, R. / Percudani, R. / Zanotti, G. | ||||||
![]() | ![]() Title: Probing the evolution of hydroxyisourate hydrolase into transthyretin through active-site redesign. Authors: Cendron, L. / Ramazzina, I. / Percudani, R. / Rasore, C. / Zanotti, G. / Berni, R. #1: ![]() Title: Structure of zebra fish HIUase: insights into evolution of an enzyme to a hormone transporter Authors: Zanotti, G. / Cendron, L. / Ramazzina, I. / Folli, C. / Percudani, R. / Berni, R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 466.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 21.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 31.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3iwuC ![]() 3q1eC ![]() 2h1xS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Refine code: 5
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Components
#1: Protein | Mass: 15441.656 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: Y116T Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.92 Å3/Da / Density % sol: 35.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.5 Details: 0.1M HEPES, 20% PEG10,000, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 25, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.68→44.91 Å / Num. all: 43900 / Num. obs: 43900 / % possible obs: 83.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 9.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.68→1.77 Å / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 5810 / % possible all: 75.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2H1X Resolution: 1.68→25.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 9.155 / SU ML: 0.124 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.145 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.493 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.68→25.44 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 1.683→1.727 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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