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- PDB-3iwu: Crystal structure of Y116T/I16A double mutant of 5-hydroxyisourat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iwu
タイトルCrystal structure of Y116T/I16A double mutant of 5-hydroxyisourate hydrolase
要素5-hydroxyisourate hydrolase
キーワードHYDROLASE / HIUase / Transthyretin / TRP / thyroid hormones / molecular evolution / Peroxisome / Purine metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxyisourate hydrolase / hydroxyisourate hydrolase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / urate catabolic process / purine nucleobase metabolic process / peroxisome
類似検索 - 分子機能
Hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / Immunoglobulin-like ...Hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-hydroxyisourate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Cendron, L. / Ramazzina, I. / Berni, R. / Percudani, R. / Zanotti, G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 2011
タイトル: Probing the evolution of hydroxyisourate hydrolase into transthyretin through active-site redesign.
著者: Cendron, L. / Ramazzina, I. / Percudani, R. / Rasore, C. / Zanotti, G. / Berni, R.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 2006
タイトル: Structure of zebra fish HIUase: insights into evolution of an enzyme to a hormone transporter
著者: Zanotti, G. / Cendron, L. / Ramazzina, I. / Folli, C. / Percudani, R. / Berni, R.
履歴
登録2009年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 5-hydroxyisourate hydrolase
B: 5-hydroxyisourate hydrolase
C: 5-hydroxyisourate hydrolase
D: 5-hydroxyisourate hydrolase
E: 5-hydroxyisourate hydrolase
F: 5-hydroxyisourate hydrolase
G: 5-hydroxyisourate hydrolase
H: 5-hydroxyisourate hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,1978
ポリマ-123,1978
非ポリマー00
11,458636
1
A: 5-hydroxyisourate hydrolase
B: 5-hydroxyisourate hydrolase
C: 5-hydroxyisourate hydrolase
D: 5-hydroxyisourate hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5984
ポリマ-61,5984
非ポリマー00
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6070 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area19240 Å2
手法PISA
2
E: 5-hydroxyisourate hydrolase
F: 5-hydroxyisourate hydrolase
G: 5-hydroxyisourate hydrolase
H: 5-hydroxyisourate hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5984
ポリマ-61,5984
非ポリマー00
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6120 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area19250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.580, 66.592, 236.757
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERASPASPAA7 - 3326 - 52
21SERSERASPASPBB7 - 3326 - 52
31SERSERASPASPCC7 - 3326 - 52
41SERSERASPASPDD7 - 3326 - 52
51SERSERASPASPEE7 - 3326 - 52
61SERSERASPASPFF7 - 3326 - 52
71SERSERASPASPGG7 - 3326 - 52
81SERSERASPASPHH7 - 3326 - 52
12THRTHRPROPROAA44 - 5463 - 73
22THRTHRPROPROBB44 - 5463 - 73
32THRTHRPROPROCC44 - 5463 - 73
42THRTHRPROPRODD44 - 5463 - 73
52THRTHRPROPROEE44 - 5463 - 73
62THRTHRPROPROFF44 - 5463 - 73
72THRTHRPROPROGG44 - 5463 - 73
82THRTHRPROPROHH44 - 5463 - 73
13PHEPHETHRTHRAA62 - 11581 - 134
23PHEPHETHRTHRBB62 - 11581 - 134
33PHEPHETHRTHRCC62 - 11581 - 134
43PHEPHETHRTHRDD62 - 11581 - 134
53PHEPHETHRTHREE62 - 11581 - 134
63PHEPHETHRTHRFF62 - 11581 - 134
73PHEPHETHRTHRGG62 - 11581 - 134
83PHEPHETHRTHRHH62 - 11581 - 134

-
要素

#1: タンパク質
5-hydroxyisourate hydrolase / HIU hydrolase / HIUHase / Transthyretin-related protein


分子量: 15399.574 Da / 分子数: 8 / 変異: Y116T, I16A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: urah / プラスミド: pET28b-HIUase / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q06S87, hydroxyisourate hydrolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 636 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.47 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 20% PEG10,000, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 278K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.983 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.983 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→66.52 Å / Num. all: 46362 / Num. obs: 46362 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.446 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique all: 6632 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2H1X
解像度: 2.3→66.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 12.52 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.322 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24283 2348 5.1 %RANDOM
Rwork0.17711 ---
all0.18035 46362 --
obs0.18035 44005 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å20 Å2
2---0.54 Å20 Å2
3---0.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→66.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7144 0 0 636 7780
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0227336
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7841.94510024
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3235904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.04822.895304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.574151120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg28.4461540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.21152
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9321.54536
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.80827392
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.09232800
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8844.52632
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
A368medium positional0.130.5
B368medium positional0.150.5
C368medium positional0.130.5
D368medium positional0.10.5
E368medium positional0.150.5
F368medium positional0.150.5
G368medium positional0.110.5
H368medium positional0.120.5
A359loose positional0.315
B359loose positional0.45
C359loose positional0.35
D359loose positional0.265
E359loose positional0.325
F359loose positional0.415
G359loose positional0.315
H359loose positional0.335
A368medium thermal1.112
B368medium thermal1.282
C368medium thermal0.972
D368medium thermal0.932
E368medium thermal1.222
F368medium thermal0.92
G368medium thermal1.172
H368medium thermal0.962
A359loose thermal1.3810
B359loose thermal1.510
C359loose thermal1.2710
D359loose thermal1.1410
E359loose thermal1.410
F359loose thermal1.3110
G359loose thermal1.3910
H359loose thermal1.4310
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 163 -
Rwork0.179 3169 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.67870.5399-0.34941.9447-0.43170.931-0.01230.05650.0475-0.09550.0091-0.0553-0.04010.03940.00320.02870.02380.00340.0475-0.00870.03327.0679-0.3691-63.4296
24.64441.47650.17166.03520.08673.52980.01290.31490.0848-0.18030.0499-0.40980.01650.4216-0.06290.05690.00980.00590.07010.00140.038430.801210.3051-66.6609
31.29810.2927-0.30031.3968-0.21880.90210.0127-0.0149-0.0525-0.02320.0084-0.11770.0149-0.0011-0.02110.02370.0040.00440.05270.00780.040720.2288-0.5264-62.1918
41.08671.1331-0.05173.05891.21253.24920.1203-0.1702-0.07650.0221-0.1605-0.2839-0.02410.08120.04020.04180.01060.00440.06640.00910.094716.143-0.5797-55.7328
50.9949-0.4104-0.14670.77390.65051.7216-0.0008-0.00070.0038-0.0407-0.0503-0.0102-0.011-0.18260.05110.04220.01170.00240.04570.00570.00963.19097.6324-66.645
62.02020.0823-0.09385.16453.12513.95390.05690.0482-0.009-0.2567-0.2620.3732-0.2063-0.57850.2050.01790.0167-0.02120.1226-0.00610.0305-2.29683.1603-68.067
71.48670.71090.13871.99140.27661.6726-0.03430.01280.0251-0.05230.03060.06270.0044-0.07620.00370.03180.0181-0.00310.06310.01290.0258.02947.5081-62.6395
80.7623-0.2968-0.18333.32370.08952.6211-0.0469-0.1262-0.0001-0.0334-0.12810.29470.0797-0.21920.1750.04870.0302-0.00410.0939-0.01380.058910.5185.7523-56.0237
91.7003-0.399-0.32912.07841.49462.78880.0182-0.14930.06640.148-0.05440.0668-0.1085-0.1420.03630.0603-0.02630.00240.06850.00010.0152-2.8505-0.6016-38.1729
107.4564-3.34520.90333.95550.43827.19110.1868-0.44280.05520.3873-0.1710.706-0.1841-0.646-0.01580.1324-0.05790.14470.1135-0.09330.2373-4.20369.4717-32.4171
111.56410.40010.07781.27340.20591.09120.0016-0.03820.0650.1141-0.03670.0196-0.0295-0.06450.0350.0555-0.0175-0.00140.0953-0.00650.00383.9299-1.9519-39.558
122.7748-0.2197-0.87864.45710.15772.75550.0313-0.0224-0.0445-0.2636-0.09150.524-0.2102-0.06180.06020.0444-0.009-0.02690.0912-0.00970.06858.2017-1.1705-45.8268
131.2302-0.00710.76583.5355-1.30791.66170.02170.0353-0.04540.1353-0.0243-0.07620.0827-0.01350.00260.0413-0.0207-0.01350.0644-0.01410.019523.1132.8705-37.2995
141.536-0.6441-0.23472.8621-0.83324.52350.1411-0.1756-0.07620.206-0.09410.0070.20060.0509-0.04690.08-0.0396-0.0380.07290.00840.040424.6105-1.5196-30.6535
1510.0093-4.851-1.30525.2428-2.48884.16520.169-0.4975-0.16190.0671-0.2384-0.5372-0.08530.34870.06950.0633-0.0751-0.16570.11950.22720.604822.6691-9.7307-30.3131
161.351-0.47370.35672.5644-0.7191.25920.0298-0.0128-0.06050.0831-0.0232-0.13360.04010.0433-0.00660.0472-0.0214-0.00780.0714-0.00040.044416.93053.0722-38.8599
171.7557-0.81390.36172.2188-1.19921.8758-0.0261-0.1161-0.09610.15730.0033-0.0389-0.09220.04830.02290.0503-0.0236-0.00970.0823-0.0220.027726.6522-1.3814-90.7905
182.6802-0.53380.83842.3772-0.15541.48380.0319-0.2316-0.2670.1859-0.0573-0.1457-0.09630.34890.02540.0555-0.0287-0.03880.18340.06270.056629.5282-8.4193-89.9218
193.2888-0.1146-0.83892.07851.09711.02960.02030.05260.21760.08840.0795-0.1054-0.22370.1065-0.09990.2701-0.0577-0.01620.0541-0.00280.020622.342210.7079-94.9421
201.2964-0.1256-0.27462.052-0.74041.8546-0.0016-0.0004-0.11820.05370.0031-0.14580.1010.1322-0.00150.0510.0081-0.02120.0502-0.0080.034221.6095-5.0677-97.4346
211.3051-0.6015-0.56412.08111.10721.83540.0527-0.01960.05980.0794-0.0423-0.0065-0.1616-0.1352-0.01030.05890.00280.01610.09430.02660.02934.00313.0476-96.312
221.28970.38110.80220.92081.17441.67070.1252-0.01720.08-0.0682-0.23070.0908-0.1011-0.37870.10550.09470.08020.02410.17240.01580.02471.01157.5753-92.9264
231.1035-0.15610.29321.7946-0.26681.47030.0126-0.02730.03480.08740.03590.1388-0.076-0.1048-0.04850.07340.01450.0220.0888-0.00270.01728.06390.2998-96.8858
243.9295-1.5505-0.45139.29641.26272.76530.0160.15510.1221-0.21240.00840.0036-0.2017-0.1722-0.02440.0845-0.00890.0240.0873-0.00920.013712.1861-1.0331-102.8788
251.8790.31880.58951.10060.72682.2123-0.08030.07280.0925-0.0543-0.0280.1256-0.0726-0.12970.10830.08960.0150.00230.0340.02090.04298.61666.0609-124.2027
267.3623-1.1272-0.75495.21280.58973.3333-0.0250.20610.0892-0.38880.01220.3604-0.2306-0.26670.01280.08780.0062-0.02550.0470.01320.03132.6997-2.1498-129.0345
271.51120.28470.23580.84120.1651.268-0.01540.02740.0504-0.06810.03530.0127-0.15710.0348-0.01990.08780.0180.00390.04390.00720.026914.17934.3486-121.0692
284.03063.34350.73775.20520.213.78260.0902-0.188-0.00680.2037-0.0590.1007-0.063-0.1816-0.03110.11370.0381-0.01390.03370.00880.032315.90293.3556-113.7423
291.59860.5137-0.6281.1794-0.63111.3998-0.0522-0.0004-0.0006-0.1105-0.0086-0.1554-0.05560.13740.06090.0613-0.00810.02340.02630.00470.026630.4316-8.3953-119.7108
3010.38610.5850.36924.4952-0.74164.45550.1650.0605-0.26510.0713-0.2335-0.677-0.05740.49160.06850.0533-0.0186-0.01050.0620.02940.105436.89820.3756-124.1521
311.5277-0.36860.09911.08860.03571.5454-0.00380.0312-0.0269-0.01650.038-0.062-0.06670.0245-0.03430.07780.01820.00630.05020.01370.012823.7024-6.4008-118.7206
324.75532.0203-0.52564.7270.91852.802-0.0289-0.31050.07090.043-0.0071-0.1876-0.07310.27110.0360.09610.03160.01160.05670.01050.038419.7335-4.3568-112.5805
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2A59 - 69
3X-RAY DIFFRACTION3A70 - 106
4X-RAY DIFFRACTION4A107 - 119
5X-RAY DIFFRACTION5B6 - 48
6X-RAY DIFFRACTION6B49 - 69
7X-RAY DIFFRACTION7B70 - 107
8X-RAY DIFFRACTION8B108 - 119
9X-RAY DIFFRACTION9C6 - 58
10X-RAY DIFFRACTION10C59 - 69
11X-RAY DIFFRACTION11C70 - 106
12X-RAY DIFFRACTION12C107 - 119
13X-RAY DIFFRACTION13D6 - 33
14X-RAY DIFFRACTION14D34 - 59
15X-RAY DIFFRACTION15D60 - 69
16X-RAY DIFFRACTION16D70 - 119
17X-RAY DIFFRACTION17E6 - 48
18X-RAY DIFFRACTION18E49 - 68
19X-RAY DIFFRACTION19E69 - 88
20X-RAY DIFFRACTION20E89 - 119
21X-RAY DIFFRACTION21F6 - 37
22X-RAY DIFFRACTION22F38 - 70
23X-RAY DIFFRACTION23F71 - 106
24X-RAY DIFFRACTION24F107 - 119
25X-RAY DIFFRACTION25G6 - 55
26X-RAY DIFFRACTION26G56 - 69
27X-RAY DIFFRACTION27G70 - 106
28X-RAY DIFFRACTION28G107 - 119
29X-RAY DIFFRACTION29H6 - 58
30X-RAY DIFFRACTION30H59 - 69
31X-RAY DIFFRACTION31H70 - 106
32X-RAY DIFFRACTION32H107 - 119

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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