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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3iv3 | ||||||
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タイトル | The Structure of a putative tagatose 1,6-aldolase from Streptococcus mutans | ||||||
要素 | Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2 | ||||||
キーワード | LYASE / TIM barrel / phosphate binding / TAGATOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE / D-TAGATOSE-1 / 6-BISPHOSPHATE ALDOLASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Lactose metabolism | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tagatose-bisphosphate aldolase / lactose catabolic process via tagatose-6-phosphate / D-tagatose 6-phosphate catabolic process / tagatose-6-phosphate kinase activity / tagatose-bisphosphate aldolase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus mutans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Cuff, M.E. / Hatzos, C. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: The Structure of a putative tagatose 1,6-aldolase from Streptococcus mutans 著者: Cuff, M.E. / Hatzos, C. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3iv3.cif.gz | 87.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3iv3.ent.gz | 68.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3iv3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3iv3_validation.pdf.gz | 445.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3iv3_full_validation.pdf.gz | 447 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3iv3_validation.xml.gz | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3iv3_validation.cif.gz | 27.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/3iv3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/3iv3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37193.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア) 株: UA159 / 遺伝子: lacD2, SMU_116 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8DWE5, tagatose-bisphosphate aldolase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.51 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 0.49 M Sodium phosphate monobasic monohydrate, 0.91 M Potassium phosphate dibasic, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97951, 0.97937 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月13日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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Reflection | 冗長度: 15.1 % / Av σ(I) over netI: 27.86 / 数: 669906 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Χ2: 1.26 / D res high: 1.75 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 44503 / % possible obs: 99.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 44503 / Num. obs: 44503 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.1 % / Biso Wilson estimate: 27.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Χ2: 1.257 / Net I/σ(I): 8.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.737 / Num. unique all: 2200 / Χ2: 0.59 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 1.75 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.319 / FOM acentric: 0.334 / FOM centric: 0.144 / 反射: 44479 / Reflection acentric: 40944 / Reflection centric: 3535 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | 最高解像度: 1.75 Å / 最低解像度: 50 Å
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Phasing MAD set shell |
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Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | 手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 44479 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→38.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / WRfactor Rfree: 0.186 / WRfactor Rwork: 0.161 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.926 / SU B: 3.643 / SU ML: 0.053 / SU R Cruickshank DPI: 0.094 / SU Rfree: 0.09 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.09 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, U VALUES RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 66.46 Å2 / Biso mean: 21.262 Å2 / Biso min: 11.53 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→38.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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