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- PDB-3iv3: The Structure of a putative tagatose 1,6-aldolase from Streptococ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iv3
タイトルThe Structure of a putative tagatose 1,6-aldolase from Streptococcus mutans
要素Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
キーワードLYASE / TIM barrel / phosphate binding / TAGATOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE / D-TAGATOSE-1 / 6-BISPHOSPHATE ALDOLASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Lactose metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


tagatose-bisphosphate aldolase / tagatose-bisphosphate aldolase activity / 6-deoxy-6-sulfofructose-1-phosphate aldolase activity / lactose catabolic process via tagatose-6-phosphate / 6-sulfoquinovose(1-) catabolic process / D-tagatose 6-phosphate catabolic process / tagatose-6-phosphate kinase activity
類似検索 - 分子機能
Tagatose 1,6-diphosphate aldolase / : / DeoC/LacD family aldolase / DeoC/FbaB/LacD aldolase / DeoC/LacD family aldolase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Hatzos, C. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The Structure of a putative tagatose 1,6-aldolase from Streptococcus mutans
著者: Cuff, M.E. / Hatzos, C. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,86412
ポリマ－37,1941
非ポリマー67011
水6,521362
1
A: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
ヘテロ分子

A: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,72724
ポリマ－74,3882
非ポリマー1,33922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area5590 Å2
ΔGint18 kcal/mol
Surface area26880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.214, 113.759, 74.399
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2 / Tagatose-bisphosphate aldolase 2 / D-tagatose-1 / 6-bisphosphate aldolase 2


分子量: 37193.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
株: UA159 / 遺伝子: lacD2, SMU_116 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8DWE5, tagatose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.51 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 0.49 M Sodium phosphate monobasic monohydrate, 0.91 M Potassium phosphate dibasic, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97951, 0.97937
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月13日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979511
20.979371
Reflection冗長度: 15.1 % / Av σ(I) over netI: 27.86 / 数: 669906 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Χ2: 1.26 / D res high: 1.75 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 44503 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.75509910.0842.20513.9
3.774.7510010.081.6814.1
3.293.7710010.0911.80414.4
2.993.2910010.1021.78214.6
2.782.9910010.111.6714.9
2.612.7810010.1211.63114.9
2.482.6110010.1321.55215.1
2.382.4810010.1451.51715.2
2.282.3810010.1521.39315.3
2.22.2810010.1691.34415.3
2.142.210010.1871.28515.4
2.072.1410010.2081.16215.5
2.022.0710010.2361.04915.5
1.972.0210010.2630.96315.6
1.931.9710010.3150.84115.6
1.891.9310010.3670.76815.6
1.851.8910010.4210.69915.6
1.811.8510010.5160.66315.5
1.781.8110010.6110.61715.3
1.751.7810010.7370.5914
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 44503 / Num. obs: 44503 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.1 % / Biso Wilson estimate: 27.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Χ2: 1.257 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.737 / Num. unique all: 2200 / Χ2: 0.59 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MADD res high: 1.75 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.319 / FOM acentric: 0.334 / FOM centric: 0.144 / 反射: 44479 / Reflection acentric: 40944 / Reflection centric: 3535
Phasing MAD set

最高解像度: 1.75 Å / 最低解像度: 50 Å

IDR cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
11.3510.20.200409443535
20.990.9717.928.80.310.24375643338
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
111.25-501.1510.60.50011971
16.33-11.251.1410.60.400650179
14.41-6.331.1210.50.4001647286
13.38-4.411.0110.40.4003077393
12.74-3.381.2210.20.2004977504
12.31-2.741.4810.10.1007336608
11.99-2.311.8810.100010134706
11.75-1.993.7110.100013004788
211.25-500.970.8630.732.40.960.7811868
26.33-11.250.960.892832.10.770.55648178
24.41-6.330.980.9532.7460.510.321647286
23.38-4.410.990.9838.552.70.320.223077393
22.74-3.380.990.9726.336.50.30.194977504
22.31-2.740.990.9817.524.60.280.197335608
21.99-2.310.990.9812.918.60.230.1610118706
21.75-1.990.990.999.413.20.190.139644595
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se32.552910.330.3030.1350
2Se27.160780.0690.5980.1570
3Se28.213070.7810.7110.0240
4Se34.659680.4460.1420.1530
5Se32.455830.5650.0640.1970
6Se26.176340.0470.6070.1030
7Se57.380.9240.6210.0590
8Se30.315210.330.3040.137-0.099
9Se19.244480.0690.5980.156-0.092
10Se23.223340.7820.7120.025-0.065
11Se28.626390.4460.1420.154-0.093
12Se38.592650.5670.0640.196-0.138
13Se18.354640.0470.6070.103-0.062
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
11.25-500.5120.6320.31119011971
6.33-11.250.5510.6170.315829650179
4.41-6.330.5060.5530.23719331647286
3.38-4.410.4340.4680.1734703077393
2.74-3.380.4450.4730.16954814977504
2.31-2.740.4060.4280.14379447336608
1.99-2.310.3060.3190.1191084010134706
1.75-1.990.1590.1650.0511379213004788
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 44479
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
8.07-10057.40.762502
6.15-8.0750.70.899618
5.16-6.1548.30.909744
4.53-5.1653.40.931854
4.09-4.5352.80.911961
3.75-4.0956.70.911056
3.49-3.7556.60.9041116
3.28-3.4958.20.8721199
3.1-3.2858.60.8821273
2.94-3.157.20.8971342
2.81-2.9457.80.8821406
2.7-2.8156.60.8961457
2.59-2.756.40.91512
2.5-2.59580.9061566
2.42-2.557.50.9091624
2.34-2.4257.50.9141683
2.28-2.3458.20.8981718
2.21-2.2858.70.91793
2.15-2.2159.70.8921841
2.1-2.15630.881851
2.05-2.162.20.8811932
2.01-2.05670.8811940
1.96-2.0166.30.8722010
1.92-1.9667.60.8712042
1.88-1.9267.80.8682061
1.85-1.8870.10.8632159
1.81-1.8574.50.8582158
1.78-1.8177.50.8352217
1.75-1.7881.20.7451844

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法6位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→38.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / WRfactor Rfree: 0.186 / WRfactor Rwork: 0.161 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.926 / SU B: 3.643 / SU ML: 0.053 / SU R Cruickshank DPI: 0.094 / SU Rfree: 0.09 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.09
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, U VALUES RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.176 2071 5 %RANDOM
Rwork0.153 ---
all0.154 41262 --
obs0.154 41262 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 66.46 Å2 / Biso mean: 21.262 Å2 / Biso min: 11.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.16 Å20 Å20 Å2
2--0.43 Å20 Å2
3---0.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→38.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2572 0 39 362 2973
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222731
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021862
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3551.9713697
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92434571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9585352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.10825.504129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.51115488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.1071512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2410
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023046
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02526
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7721.51671
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2291.5678
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.42822695
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.40531060
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.924.5990
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 148 -
Rwork0.215 2847 -
all-2995 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7336-0.39610.05440.73810.41931.2877-0.0542-0.03840.03920.10760.03220.0311-0.0178-0.10760.0220.04220.02720.01860.063-0.00150.044431.385811.207921.1971
20.5251-0.3135-0.00550.97210.09840.8014-0.04760.03490.1571-0.06820.0196-0.0582-0.1282-0.05710.0280.05090.023-0.01860.05740.00880.072133.740619.73054.2486
30.9341-0.83640.43691.11930.46412.2375-0.0472-0.1530.13450.04810.1568-0.0918-0.26-0.1361-0.10960.08170.0560.03020.0613-0.00510.102930.611921.64724.4764
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 88
2X-RAY DIFFRACTION2A89 - 274
3X-RAY DIFFRACTION3A275 - 329

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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