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万見
- PDB-4f13: Alginate lyase A1-III Y246F complexed with tetrasaccharide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f13
タイトルAlginate lyase A1-III Y246F complexed with tetrasaccharide
要素Alginate lyase
キーワードLYASE / ALPHA BARREL / POLYSACCHARIDE LYASE / Alginate
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Alginate lyase domain / Alginate lyase / Alginate lyase 2 / Alginate lyase / Chondroitin AC/alginate lyase / Chondroitin AC/alginate lyase / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Sphingomonas (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.208 Å
データ登録者Mikami, B. / Ban, M. / Suzuki, S. / Yoon, H.-J. / Miyake, O. / Yamasaki, M. / Ogura, K. / Maruyama, Y. / Hashimoto, W. / Murata, K.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Induced-fit motion of a lid loop involved in catalysis in alginate lyase A1-III
著者: Mikami, B. / Ban, M. / Suzuki, S. / Yoon, H.-J. / Miyake, O. / Yamasaki, M. / Ogura, K. / Maruyama, Y. / Hashimoto, W. / Murata, K.
履歴
登録2012年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2012年6月27日ID: 4E25
改定 1.02012年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月26日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alginate lyase
B: Alginate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7124
ポリマ－79,6382
非ポリマー1,0752
水4,846269
1
A: Alginate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5232
ポリマ－39,8191
非ポリマー7041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Alginate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1892
ポリマ－39,8191
非ポリマー3701
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.571, 77.560, 145.678
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111CHAIN A AND (RESSEQ 5:9 OR RESSEQ 11:13 OR RESSEQ...A5 - 9
121CHAIN A AND (RESSEQ 5:9 OR RESSEQ 11:13 OR RESSEQ...A11 - 13
131CHAIN A AND (RESSEQ 5:9 OR RESSEQ 11:13 OR RESSEQ...A15 - 31
141CHAIN A AND (RESSEQ 5:9 OR RESSEQ 11:13 OR RESSEQ...A35 - 60
151CHAIN A AND (RESSEQ 5:9 OR RESSEQ 11:13 OR RESSEQ...A86 - 157
161CHAIN A AND (RESSEQ 5:9 OR RESSEQ 11:13 OR RESSEQ...A159 - 168
171CHAIN A AND (RESSEQ 5:9 OR RESSEQ 11:13 OR RESSEQ...A170 - 208
181CHAIN A AND (RESSEQ 5:9 OR RESSEQ 11:13 OR RESSEQ...A212 - 296
191CHAIN A AND (RESSEQ 5:9 OR RESSEQ 11:13 OR RESSEQ...A298 - 352
211CHAIN B AND (RESSEQ 5:9 OR RESSEQ 11:13 OR RESSEQ...B5 - 9
221CHAIN B AND (RESSEQ 5:9 OR RESSEQ 11:13 OR RESSEQ...B11 - 13
231CHAIN B AND (RESSEQ 5:9 OR RESSEQ 11:13 OR RESSEQ...B15 - 31
241CHAIN B AND (RESSEQ 5:9 OR RESSEQ 11:13 OR RESSEQ...B35 - 60
251CHAIN B AND (RESSEQ 5:9 OR RESSEQ 11:13 OR RESSEQ...B86 - 157
261CHAIN B AND (RESSEQ 5:9 OR RESSEQ 11:13 OR RESSEQ...B159 - 168
271CHAIN B AND (RESSEQ 5:9 OR RESSEQ 11:13 OR RESSEQ...B170 - 208
281CHAIN B AND (RESSEQ 5:9 OR RESSEQ 11:13 OR RESSEQ...B212 - 296
291CHAIN B AND (RESSEQ 5:9 OR RESSEQ 11:13 OR RESSEQ...B298 - 352
112CHAIN A AND (RESSEQ 402:403 )A402 - 403
212CHAIN B AND (RESSEQ 401:402 )B401 - 413

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Alginate lyase / ALGINATE LYASE A1-III


分子量: 39818.773 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 54-404 / 変異: Y246F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sphingomonas (バクテリア) / 株: A1 / 遺伝子: aly / プラスミド: PISA412 / 発現宿主: BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
参照: UniProt: Q9KWU1, mannuronate-specific alginate lyase
#2: 多糖 4-deoxy-alpha-L-erythro-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D- ...4-deoxy-alpha-L-erythro-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 704.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,4,3/[a1122A-1b_1-5][a11eEA-1a_1-5]/1-1-1-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-ManpA]{[(4+1)][a-L-4-deoxy-AllpA]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 370.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpAb1-4DManpAb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a1122A-1b_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-ManpA]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 24%(W/V) PEG4000, 0.3M AMMONIUM ACETATE, 0.1M SODIUM CITRATE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月11日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.733 Å / Num. all: 37971 / Num. obs: 36529 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.39 % / Biso Wilson estimate: 25.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 3249 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 4E1Y

4e1y


解像度: 2.208→48.733 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.8397 / SU ML: 0.25 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2144 1835 5.03 %RANDOM
Rwork0.1771 ---
obs0.179 36472 95.85 %-
all-38051 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.015 Å2 / ksol: 0.354 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 120.02 Å2 / Biso mean: 31.0681 Å2 / Biso min: 9.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.7695 Å20 Å20 Å2
2--1.3412 Å20 Å2
3---1.4283 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 2.3 Å / Luzzati d res low obs: 4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.208→48.733 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5555 0 73 269 5897
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015871
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3057991
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085857
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061045
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5552216
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2424X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.082
12B2424X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.082
21A24X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.2
22B24X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.2
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2084-2.26810.32731310.24822472260391
2.2681-2.33480.30381320.23552591272395
2.3348-2.41020.30651340.22982615274995
2.4102-2.49630.22351360.22152624276095
2.4963-2.59630.31351530.2132576272995
2.5963-2.71440.23131220.21732627274995
2.7144-2.85750.28121450.21342612275795
2.8575-3.03650.24021380.19362624276296
3.0365-3.27090.21441450.18642655280095
3.2709-3.60.21061230.16712693281696
3.6-4.12070.17541570.13952757291498
4.1207-5.19070.15151610.132728182979100
5.1907-48.74510.17921580.156129733131100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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