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万見
- PDB-6b10: C. Jejuni Agmatine Deiminase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b10
タイトルC. Jejuni Agmatine Deiminase
要素Putative peptidyl-arginine deiminase family protein
キーワードHYDROLASE / polyamine biosynthesis / agmatine iminohydrolase / putrescine / N-carbamoylputrescine
機能・相同性
機能・相同性情報


agmatine deiminase activity / putrescine biosynthetic process / protein-arginine deiminase activity
類似検索 - 分子機能
Peptidyl-arginine deiminase, Porphyromonas-type / Porphyromonas-type peptidyl-arginine deiminase / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / 5-stranded Propeller / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / Peptidyl-arginine deiminase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Shek, R. / Hicks, K.A. / French, J.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM124898 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Structural and Functional Basis for Targeting Campylobacter jejuni Agmatine Deiminase To Overcome Antibiotic Resistance.
著者: Shek, R. / Dattmore, D.A. / Stives, D.P. / Jackson, A.L. / Chatfield, C.H. / Hicks, K.A. / French, J.B.
履歴
登録2017年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22018年1月17日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative peptidyl-arginine deiminase family protein
B: Putative peptidyl-arginine deiminase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,4818
ポリマ－78,0232
非ポリマー4586
水5,278293
1
A: Putative peptidyl-arginine deiminase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2404
ポリマ－39,0111
非ポリマー2293
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative peptidyl-arginine deiminase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2404
ポリマ－39,0111
非ポリマー2293
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.400, 80.296, 83.923
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.360, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative peptidyl-arginine deiminase family protein


分子量: 39011.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (カンピロバクター)
株: ATCC 700819 / NCTC 11168 / 遺伝子: Cj0949c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0P9V0
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.22 % / 解説: rod-shaped
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.2M potassium phosphate, pH 4.6 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 40360 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 1.181 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.09-2.143.50.24416630.9380.1440.2840.8680.8
2.14-2.183.60.22717520.9580.1320.2640.84684.1
2.18-2.223.70.22918250.960.1310.2650.86488.2
2.22-2.263.70.20618840.9660.1190.2390.87291
2.26-2.313.70.19719900.9720.1140.2290.89695.9
2.31-2.373.80.18620240.9740.1080.2160.93597.2
2.37-2.423.90.16520680.9810.0940.190.97898.4
2.42-2.4940.15320370.9840.0870.1770.97298.8
2.49-2.5640.13420750.9880.0760.1541.04599.3
2.56-2.654.10.12320680.9890.0690.1421.12699.9
2.65-2.744.10.10920680.9910.0610.1251.10699.9
2.74-2.854.10.09521030.9920.0530.1091.182100
2.85-2.984.20.08520850.9930.0480.0981.277100
2.98-3.144.20.07520850.9950.0410.0851.499100
3.14-3.334.20.06620930.9950.0370.0761.571100
3.33-3.594.20.05820770.9950.0320.0671.44100
3.59-3.954.20.05320870.9960.0290.0611.556100
3.95-4.524.20.05221060.9960.0290.061.676100
4.52-5.74.20.0521100.9950.0280.0581.587100
5.7-5040.04621600.9960.0260.0530.7899.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HVM

3hvm


解像度: 2.09→47.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 6.856 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2495 1967 4.9 %RANDOM
Rwork0.1999 ---
obs0.2023 38374 95.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 99.95 Å2 / Biso mean: 37.985 Å2 / Biso min: 19.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.84 Å20 Å2-4.15 Å2
2---2.93 Å20 Å2
3---4.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.09→47.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5176 0 22 293 5491
Biso mean--72.16 41.19 -
残基数----646
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0195323
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024971
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0221.9547198
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.709311421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.875645
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.4125.15266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.0615926
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.041519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2787
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.026025
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021254
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.139 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 118 -
Rwork0.268 2123 -
all-2241 -
obs--72.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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