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万見
- PDB-3ism: Crystal structure of the EndoG/EndoGI complex: Mechanism of EndoG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ism
タイトルCrystal structure of the EndoG/EndoGI complex: Mechanism of EndoG inhibition
要素
  • CG4930
  • CG8862
キーワードHYDROLASE INHIBITOR/HYDROLASE / ENDONUCLEASE / ENDONUCLEASE INHIBITOR COMPLEX / METAL COMPLEX / Hydrolase / HYDROLASE INHIBITOR-HYDROLASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm mitochondrion organization / ribonuclease inhibitor activity / mitochondrion inheritance / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / apoptotic DNA fragmentation / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / positive regulation of Notch signaling pathway / ectopic germ cell programmed cell death / spermatid development / RNA endonuclease activity ...sperm mitochondrion organization / ribonuclease inhibitor activity / mitochondrion inheritance / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / apoptotic DNA fragmentation / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / positive regulation of Notch signaling pathway / ectopic germ cell programmed cell death / spermatid development / RNA endonuclease activity / DNA endonuclease activity / nucleic acid binding / mitochondrial inner membrane / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ku, C-terminal domain / DNA/RNA non-specific endonuclease, active site / DNA/RNA non-specific endonucleases active site. / Non-specific endonuclease / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Ku, C-terminal / Ku, C-terminal domain superfamily / Ku C terminal domain like / Extracellular Endonuclease, subunit A ...Ku, C-terminal domain / DNA/RNA non-specific endonuclease, active site / DNA/RNA non-specific endonucleases active site. / Non-specific endonuclease / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Ku, C-terminal / Ku, C-terminal domain superfamily / Ku C terminal domain like / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / His-Me finger superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endonuclease / Endonuclease G inhibitor, isoform A
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Loll, B. / Gebhardt, M. / Wahle, E. / Meinhart, A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the EndoG/EndoGI complex: mechanism of EndoG inhibition.
著者: Loll, B. / Gebhardt, M. / Wahle, E. / Meinhart, A.
履歴
登録2009年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CG8862
B: CG8862
C: CG4930
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,9886
ポリマ－101,8183
非ポリマー1713
水5,909328
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7560 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area34800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.790, 109.150, 121.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CG8862 / Endonuclease G / EndoG / LD35517p


分子量: 30587.285 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 56-310 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG8862, Dmel_CG8862, EndoG / プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: Q7JXB9
#2: タンパク質 CG4930 / EndoGI / SD16985p


分子量: 40643.148 Da / 分子数: 1 / Mutation: S2A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: EndoGI, BG:DS07473.2, CG4930, Dmel_CG4930 / プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: Q9V3V9, adenosinetriphosphatase
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20%(w/v)PEG 2000 MME, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.0075 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月4日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→43.23 Å / Num. all: 46364 / Num. obs: 46364 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rsym value: 0.184 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 5385 / Rsym value: 0.201 / % possible all: 90.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2O3B

2o3b


解像度: 2.2→43.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 9.38 / SU ML: 0.128 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22308 2412 5 %RANDOM
Rwork0.18444 ---
obs0.1864 45828 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.796 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.91 Å20 Å20 Å2
2--0.37 Å20 Å2
3---0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→43.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6299 0 10 328 6637
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0226611
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.151.9418994
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8965818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.42823.761351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.109151112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6081551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2951
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025184
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1790.32975
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.54472
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.5757
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0740.52
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.150.341
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2360.527
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5331.54066
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.87826429
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.37832900
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.034.52542
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 175 -
Rwork0.201 3325 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8226-0.1361-0.18892.4607-3.04493.92450.0391-0.1066-0.0711-0.1113-0.0320.48650.3028-0.0162-0.0071-0.1299-0.0248-0.02310.0335-0.0005-0.0347-36.657-37.58629.7591
20.89630.4545-0.2032.1689-0.67441.2657-0.0022-0.0461-0.04950.03730.03870.01140.1234-0.0621-0.0365-0.2317-0.0005-0.0163-0.1255-0.0144-0.1951-21.9544-37.883113.8288
312.16.94121.345811.65461.05119.16760.4222-0.8898-0.44570.8194-0.43510.47120.4476-0.58850.01290.0228-0.03160.04110.03310.0270.0151-13.439-8.638538.5849
41.75720.99930.19752.24230.18521.8696-0.08090.02780.091-0.13210.0726-0.1112-0.23460.12840.0083-0.05690.00180.0166-0.0918-0.0311-0.0467-6.33140.004623.1348
511.3852-10.08614.517526.3459-4.596414.7836-0.09480.32090.0997-0.533-0.3902-0.7682-0.54270.0560.4850.24860.00210.03130.1945-0.04710.152-8.3325-75.1461-0.3549
62.1324-2.42721.147712.55691.67592.98620.1757-0.1067-0.22580.21850.0229-0.21270.5108-0.228-0.19860.2398-0.0619-0.06350.07470.07390.1781-12.1249-79.306114.9819
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A67 - 90
2X-RAY DIFFRACTION1B65 - 90
3X-RAY DIFFRACTION2A91 - 311
4X-RAY DIFFRACTION2B91 - 311
5X-RAY DIFFRACTION3C21 - 48
6X-RAY DIFFRACTION4C49 - 174
7X-RAY DIFFRACTION5C219 - 274
8X-RAY DIFFRACTION6C275 - 354

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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