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万見
- PDB-3iny: Crystal structure of human purine nucleoside phosphorylase in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iny
タイトルCrystal structure of human purine nucleoside phosphorylase in complex with 7-deazaguanine
要素Purine nucleoside phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / 7-deazaguanine / Cytoskeleton / Disease mutation / Glycosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinamide riboside catabolic process / Defective PNP disrupts phosphorolysis of (deoxy)guanosine and (deoxy)inosine / purine-containing compound salvage / deoxyinosine catabolic process / purine nucleobase binding / nucleotide biosynthetic process / deoxyadenosine catabolic process / dAMP catabolic process / inosine catabolic process / urate biosynthetic process ...nicotinamide riboside catabolic process / Defective PNP disrupts phosphorolysis of (deoxy)guanosine and (deoxy)inosine / purine-containing compound salvage / deoxyinosine catabolic process / purine nucleobase binding / nucleotide biosynthetic process / deoxyadenosine catabolic process / dAMP catabolic process / inosine catabolic process / urate biosynthetic process / IMP catabolic process / Ribavirin ADME / guanosine phosphorylase activity / nucleoside binding / allantoin metabolic process / Purine salvage / Purine catabolism / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine ribonucleoside salvage / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / nucleobase-containing compound metabolic process / phosphate ion binding / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / immune response / response to xenobiotic stimulus / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Purine nucleoside phosphorylase I, inosine/guanosine-specific / Purine phosphorylase, family 2, conserved site / Purine and other phosphorylases family 2 signature. / Purine nucleoside phosphorylase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7-DEAZAGUANINE / Purine nucleoside phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者de Azevedo Jr, W.F. / Santos, D.S. / Basso, L.A.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure and molecular dynamics studies of human purine nucleoside phosphorylase complexed with 7-deazaguanine.
著者: Caceres, R.A. / Timmers, L.F. / Pauli, I. / Gava, L.M. / Ducati, R.G. / Basso, L.A. / Santos, D.S. / de Azevedo, W.F.
履歴
登録2009年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6235
ポリマ－32,1851
非ポリマー4384
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,87015
ポリマ－96,5553
非ポリマー1,31512
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area10240 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area30820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.748, 138.748, 159.366
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Purine nucleoside phosphorylase / PNP / Inosine phosphorylase


分子量: 32184.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NP, PNP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00491, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-7DG / 7-DEAZAGUANINE / 7-カルバグアニン


分子量: 150.138 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6N4O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHOR'S COORDINATES SEQUENCE HAS ONE CONFLICT G51S WITH DATABASE SEQUENCE P00491. AUTHOR DOES NOT ...AUTHOR'S COORDINATES SEQUENCE HAS ONE CONFLICT G51S WITH DATABASE SEQUENCE P00491. AUTHOR DOES NOT PROVIDE ANY EXPLANATION FOR THE CONFLICT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Hanging drops were prepared mixing 1 microL of protein solution and 1 microL of reservoir solution containing 19% ammonium sulfate and 0.5 M sodium citrate pH 5.6. , VAPOR DIFFUSION, HANGING ...詳細: Hanging drops were prepared mixing 1 microL of protein solution and 1 microL of reservoir solution containing 19% ammonium sulfate and 0.5 M sodium citrate pH 5.6. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.431 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月2日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.431 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→47.95 Å / Num. all: 14793 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル最高解像度: 2.75 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Mean I/σ(I) obs: 3.91 / Num. unique all: 15340 / Rsym value: 0.081 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1V41

1v41


解像度: 2.75→43.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 9.736 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.385 / ESU R Free: 0.301 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2693 765 5 %RANDOM
Rwork0.20933 ---
all0.2123 ---
obs0.2123 14566 98.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.404 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20.01 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→43.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2251 0 26 24 2301
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.040.0222327
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.571.9683152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.4235287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.4323.551107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg25.88415385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.6831517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2260.2337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.021783
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3220.21473
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3680.21597
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2260.2151
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2620.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.210.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7511.51490
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.83722295
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7673988
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6044.5857
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.46 69 -
Rwork0.345 1067 -
obs--99.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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