PDB-3imo: Structure from the mobile metagenome of Vibrio cholerae. Integron...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3imo

タイトル

Structure from the mobile metagenome of Vibrio cholerae. Integron cassette protein VCH_CASS14

要素

Integron cassette protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Novel / Integron protein / Vibrio cholerae / Argentinean O139 strain

機能・相同性

Metal Transport, Frataxin; Chain A - #70 / Integron cassette protein VCH_CASS1 chain / Integron cassette protein VCH_CASS1 chain / Metal Transport, Frataxin; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / ACETATE ION / Integron cassette protein VCH-CASS1 chain domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Vibrio cholerae O139 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Deshpande, C.N. / Sureshan, V. / Harrop, S.J. / Boucher, Y. / Stokes, H.W. / Curmi, P.M.G. / Mabbutt, B.C.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Integron gene cassettes: a repository of novel protein folds with distinct interaction sites
著者: Sureshan, V. / Deshpande, C.N. / Boucher, Y. / Koenig, J.E. / Stokes, H.W. / Harrop, S.J. / Curmi, P.M.G. / Mabbutt, B.C.

履歴

登録	2009年8月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年2月6日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3imo.cif.gz	189.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3imo.ent.gz	152.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3imo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3imo_validation.pdf.gz	462.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3imo_full_validation.pdf.gz	465.2 KB	表示
XML形式データ	3imo_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	3imo_validation.cif.gz	27.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/3imo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/3imo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3fuyC 3fxhC 3fy6C 3if4C 3jrtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1vj2-d 1xk1-1 3czy-1 4mec-2 5btq-2 3mc1-1 3qu5-1 6rvu-d 4nf0-5 3tgm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Integron cassette protein

B: Integron cassette protein

C: Integron cassette protein

D: Integron cassette protein

ヘテロ分子

59.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Integron cassette protein

C: Integron cassette protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Integron cassette protein

D: Integron cassette protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.899, 64.705, 81.853
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 131.26, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Integron cassette protein 分子量: 14742.679 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae O139 (コレラ菌) / 株: Arg3 O139 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: C7U313*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	BOUND LIGANDS INCLUDE ACETATE ION FROM CRYSTALLIZATION SOLUTION AND A YET TO BE IDENTIFIED MOLECULE
配列の詳細	THERE IS NO UNP REFERENCE SEQUENCE DATABASE FOR THIS PROTEIN AT THE TIME OF PROCESSING. THE FIRST ...THERE IS NO UNP REFERENCE SEQUENCE DATABASE FOR THIS PROTEIN AT THE TIME OF PROCESSING. THE FIRST 20 RESIDUES MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH ARE EXPRESSION TAGS.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.22 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 20% PEG 3350, 0.20M Lithium acetate, Cryoprotectant: Perfluoropolyether PFO-X175/08 (Hampton Research), VAPOR DIFFUSION, temperature 296K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03319 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03319 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→45.08 Å / Num. all: 43702 / Num. obs: 43702 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 30.693 Å² / R_merge(I) obs: 0.066 / R_sym value: 0.077 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.629 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 6365 / R_sym value: 0.737 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHENIX	(phenix.autosol)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.4_118)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: local model built from low resolution SAD data from p212121 selenomethionine crystals

解像度: 1.8→32.568 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.26 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.22 / 位相誤差: 26.02 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2296	4294	5.03 %	RANDOM
R_work	0.1934	81121	-	-
all	0.1953	85415	-	-
obs	0.1953	41948	99.67 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 59.035 Å² / k_sol: 0.391 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 164.07 Å² / B_iso mean: 45.852 Å² / B_iso min: 17.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.133 Å²	0 Å²	7.374 Å²
2-	-	-0.548 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.585 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→32.568 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3435	0	8	208	3651

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3498
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.944	4718
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	536
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	601
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.024	1250

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8205	0.3824	146	0.3711	2657	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8205-1.8419	0.3118	152	0.3269	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8419-1.8643	0.3451	146	0.3088	2681	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8643-1.8879	0.3681	142	0.2965	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8879-1.9128	0.2863	148	0.2828	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9128-1.939	0.3258	129	0.2628	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
1.939-1.9667	0.2652	138	0.2543	2639	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9667-1.996	0.3415	119	0.2429	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
1.996-2.0272	0.3128	169	0.2456	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0272-2.0605	0.2724	133	0.2337	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0605-2.096	0.2944	149	0.2093	2675	X-RAY DIFFRACTION	99
2.096-2.1341	0.2285	152	0.2027	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1341-2.1751	0.2329	133	0.1895	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1751-2.2195	0.2299	142	0.1827	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2195-2.2678	0.2237	133	0.1777	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2678-2.3205	0.2133	112	0.1721	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3205-2.3785	0.258	149	0.1798	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3785-2.4428	0.2238	151	0.1758	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4428-2.5147	0.2347	164	0.1774	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5147-2.5958	0.2339	151	0.1791	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5958-2.6885	0.2282	155	0.172	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6885-2.7961	0.2106	145	0.1661	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7961-2.9233	0.2233	147	0.1906	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9233-3.0773	0.2372	120	0.1963	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0773-3.2699	0.2563	156	0.1988	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2699-3.5221	0.2348	123	0.1878	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5221-3.8761	0.2233	160	0.1726	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8761-4.4357	0.1551	120	0.1527	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4357-5.584	0.1798	167	0.155	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
5.584-32.5735	0.2239	143	0.2059	2653	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7151	-0.354	0.4613	2.541	-0.2309	3.0302	-0.06	0.0185	0.0917	-0.1929	-0.0159	-0.0538	0.2288	0.1267	0.0707	0.185	0.0227	0.0007	0.1811	0.0124	0.2123	10.3128	-10.679	23.5442
2	0.9813	0.1964	-1.3379	0.8945	-0.2439	4.8038	-0.0067	-0.0187	-0.0611	0.2274	0.0143	0.082	-0.2723	0.019	-0.0061	0.2511	-0.0083	0.0273	0.1605	-0.0259	0.2299	31.7189	-37.4377	17.4178
3	2.7105	-0.1936	0.0051	2.7098	1.5315	2.5572	-0.2569	-0.4198	-0.0649	1.0632	0.2092	-0.0824	0.3626	-0.0805	0.0275	0.4353	0.0888	-0.0586	0.2489	-0.0217	0.1651	9.7701	-6.5407	44.7526
4	2.6207	0.141	-2.5982	0.3929	-0.2383	4.8244	0.1677	0.2531	0.0116	-0.2323	-0.0122	-0.0483	-0.4982	0.2076	-0.1616	0.3172	-0.0576	0.0385	0.2982	-0.0398	0.2509	40.1266	-33.8522	-1.1682

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	0 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	0 - 113
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	2 - 113
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D	D	2 - 113

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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