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Yorodumi- PDB-4mec: Crystal structure of RAT Heme oxygenase-1 in complex with ZN(II)-... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4mec | ||||||
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Title | Crystal structure of RAT Heme oxygenase-1 in complex with ZN(II)-Protoporphyrin IX | ||||||
Components | Heme oxygenase 1 | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / All Alpha / Oxygenase / Heme Binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information Regulation of HMOX1 expression and activity / arachidonate omega-hydroxylase activity / Iron uptake and transport / response to 3-methylcholanthrene / Heme degradation / Cytoprotection by HMOX1 / negative regulation of mast cell degranulation / response to arachidonate / heme metabolic process / phospholipase D activity ...Regulation of HMOX1 expression and activity / arachidonate omega-hydroxylase activity / Iron uptake and transport / response to 3-methylcholanthrene / Heme degradation / Cytoprotection by HMOX1 / negative regulation of mast cell degranulation / response to arachidonate / heme metabolic process / phospholipase D activity / heme oxygenase (biliverdin-producing) / cellular response to cisplatin / heme oxidation / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / heme oxygenase (decyclizing) activity / wound healing involved in inflammatory response / negative regulation of muscle cell apoptotic process / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of mast cell cytokine production / heme catabolic process / cellular response to arsenic-containing substance / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / cellular response to nutrient / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / erythrocyte homeostasis / negative regulation of ferroptosis / epithelial cell apoptotic process / negative regulation of macroautophagy / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / small GTPase-mediated signal transduction / positive regulation of macroautophagy / cellular response to cadmium ion / phospholipid metabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / liver regeneration / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / caveola / macroautophagy / regulation of blood pressure / response to nicotine / response to hydrogen peroxide / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / response to estrogen / positive regulation of angiogenesis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to hypoxia / cellular response to heat / angiogenesis / intracellular iron ion homeostasis / negative regulation of neuron apoptotic process / response to oxidative stress / response to hypoxia / intracellular signal transduction / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / regulation of transcription by RNA polymerase II / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rattus norvegicus (Norway rat) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.2 Å | ||||||
Authors | Sugishima, M. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2015 Title: Distal regulation of heme binding of heme oxygenase-1 mediated by conformational fluctuations Authors: Harada, E. / Sugishima, M. / Harada, J. / Fukuyama, K. / Sugase, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4mec.cif.gz | 595.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4mec.ent.gz | 498.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4mec.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4mec_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4mec_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | |
Data in XML | 4mec_validation.xml.gz | 52.7 KB | Display | |
Data in CIF | 4mec_validation.cif.gz | 69.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/4mec ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/4mec | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1dveS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
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