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- PDB-4mec: Crystal structure of RAT Heme oxygenase-1 in complex with ZN(II)-... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4mec | ||||||
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Title | Crystal structure of RAT Heme oxygenase-1 in complex with ZN(II)-Protoporphyrin IX | ||||||
![]() | Heme oxygenase 1 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / All Alpha / Oxygenase / Heme Binding | ||||||
Function / homology | ![]() Regulation of HMOX1 expression and activity / arachidonic acid omega-hydroxylase activity / Iron uptake and transport / response to 3-methylcholanthrene / Heme degradation / Cytoprotection by HMOX1 / negative regulation of mast cell degranulation / response to arachidonic acid / heme metabolic process / phospholipase D activity ...Regulation of HMOX1 expression and activity / arachidonic acid omega-hydroxylase activity / Iron uptake and transport / response to 3-methylcholanthrene / Heme degradation / Cytoprotection by HMOX1 / negative regulation of mast cell degranulation / response to arachidonic acid / heme metabolic process / phospholipase D activity / heme oxygenase (biliverdin-producing) / cellular response to cisplatin / heme oxidation / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / heme oxygenase (decyclizing) activity / wound healing involved in inflammatory response / negative regulation of muscle cell apoptotic process / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of mast cell cytokine production / heme catabolic process / cellular response to arsenic-containing substance / cellular response to nutrient / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / erythrocyte homeostasis / epithelial cell apoptotic process / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / small GTPase-mediated signal transduction / negative regulation of macroautophagy / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of macroautophagy / phospholipid metabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / cellular response to cadmium ion / caveola / liver regeneration / macroautophagy / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / response to nicotine / response to hydrogen peroxide / regulation of blood pressure / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / response to estrogen / positive regulation of angiogenesis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to heat / cellular response to hypoxia / angiogenesis / intracellular iron ion homeostasis / response to oxidative stress / negative regulation of neuron apoptotic process / response to hypoxia / intracellular signal transduction / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / regulation of transcription by RNA polymerase II / structural molecule activity / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sugishima, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Distal regulation of heme binding of heme oxygenase-1 mediated by conformational fluctuations Authors: Harada, E. / Sugishima, M. / Harada, J. / Fukuyama, K. / Sugase, K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 595.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 498.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.8 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.9 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 52.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 69.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1dveS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
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