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- PDB-3imd: Crystal Structure of the Grb2 SH2 Domain in Complex with a Flexib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3imd
タイトルCrystal Structure of the Grb2 SH2 Domain in Complex with a Flexible Ac-pY-Q-N-NH2 Tripeptide Mimic
要素Growth factor receptor-bound protein 2
キーワードSIGNALING PROTEIN/PEPTIDE / ligand preorganization / peptide mimics / Golgi apparatus / Host-virus interaction / Phosphoprotein / SH2 domain / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-pseudopeptide ligand complex / SIGNALING PROTEIN-PEPTIDE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


guanyl-nucleotide exchange factor adaptor activity / Grb2-EGFR complex / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / STAT5 Activation / COP9 signalosome / neurotrophin TRKA receptor binding / Activated NTRK2 signals through PI3K / MET receptor recycling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants ...guanyl-nucleotide exchange factor adaptor activity / Grb2-EGFR complex / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / STAT5 Activation / COP9 signalosome / neurotrophin TRKA receptor binding / Activated NTRK2 signals through PI3K / MET receptor recycling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / Interleukin-15 signaling / MET activates PTPN11 / MET activates RAP1 and RAC1 / vesicle membrane / Costimulation by the CD28 family / CD28 dependent Vav1 pathway / Signaling by LTK / MET activates PI3K/AKT signaling / Signal regulatory protein family interactions / natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of actin filament polymerization / epidermal growth factor receptor binding / Regulation of KIT signaling / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR3 / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / endodermal cell differentiation / regulation of MAPK cascade / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / RHOU GTPase cycle / PI3K events in ERBB2 signaling / PI3K Cascade / RET signaling / SOS-mediated signalling / insulin receptor substrate binding / Activated NTRK3 signals through RAS / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / Signalling to RAS / signal transduction in response to DNA damage / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / GAB1 signalosome / SHC-related events triggered by IGF1R / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Interleukin receptor SHC signaling / Signal attenuation / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / Schwann cell development / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / Erythropoietin activates RAS / Signaling by CSF3 (G-CSF) / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / Signaling by FGFR2 in disease / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / GRB2 events in EGFR signaling / FLT3 Signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FLT3 fusion proteins / phosphotyrosine residue binding / Signaling by FGFR1 in disease / myelination / ephrin receptor binding / GRB2 events in ERBB2 signaling / NCAM signaling for neurite out-growth / SHC1 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Insulin receptor signalling cascade / FCERI mediated Ca+2 mobilization / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / T cell activation / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of signaling by CBL / cellular response to ionizing radiation / Negative regulation of FGFR2 signaling / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Negative regulation of FGFR3 signaling / B cell receptor signaling pathway / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / EGFR downregulation
類似検索 - 分子機能
GRB2, N-terminal SH3 domain / GRB2, C-terminal SH3 domain / Grb2-like / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain ...GRB2, N-terminal SH3 domain / GRB2, C-terminal SH3 domain / Grb2-like / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SUCCINATE-DERIVED PHOSPHOTYROSINE FLEXIBLE AC-PY-Q-N-NH2 TRIPEPTIDE MIMIC / Chem-FYQ / Growth factor receptor-bound protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Clements, J.H.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Thermodynamic and Structural Effects of Conformational Constraints in Protein-Ligand Interactions. Entropic Paradoxy Associated with Ligand Preorganization.
著者: Delorbe, J.E. / Clements, J.H. / Teresk, M.G. / Benfield, A.P. / Plake, H.R. / Millspaugh, L.E. / Martin, S.F.
#1: ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2006
タイトル: Ligand Preorganization May Be Accompanied by Entropic Penalties in Protein-Ligand Interactions
著者: Benfield, A.P. / Teresk, M.G. / Plake, H.R. / DeLorbe, J.E. / Millspaugh, L.E. / Martin, S.F.
履歴
登録2009年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年12月12日Group: Other
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Growth factor receptor-bound protein 2
B: Growth factor receptor-bound protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8009
ポリマ－27,5172
非ポリマー1,2837
水3,441191
1
A: Growth factor receptor-bound protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4486
ポリマ－13,7591
非ポリマー6895
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Growth factor receptor-bound protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3523
ポリマ－13,7591
非ポリマー5942
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2760 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area10630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.239, 42.243, 110.384
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Growth factor receptor-bound protein 2 / Adapter protein GRB2 / SH2/SH3 adapter GRB2 / Protein Ash


分子量: 13758.543 Da / 分子数: 2 / 断片: SH2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence was expressed with a C-terminal 6-his tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRB2, ASH / プラスミド: pQE-60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: P62993
#2: 化合物 ChemComp-FYQ / N~2~-{(2R)-4-(methylamino)-4-oxo-2-[4-(phosphonooxy)benzyl]butanoyl}-L-glutaminyl-L-aspartamide


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 558.479 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H31N6O10P
参照: SUCCINATE-DERIVED PHOSPHOTYROSINE FLEXIBLE AC-PY-Q-N-NH2 TRIPEPTIDE MIMIC
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.789 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.262 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Ligand in lyphilized powder form was dissolved in a 9.1 mg/mL solution of Grb2 SH2 in water such to give a protein/ligand molar ratio of 2:1. 3 uL of this solution was mixed with 4 uL of 0.2 ...詳細: Ligand in lyphilized powder form was dissolved in a 9.1 mg/mL solution of Grb2 SH2 in water such to give a protein/ligand molar ratio of 2:1. 3 uL of this solution was mixed with 4 uL of 0.2 M MgCl2 x 6H2O, 30% w/v PEG MW4000, 0.1 M TRIS, pH 8.5 to create the hanging drop, which yielded crystals of the protein-ligand complex in the presence of the above-mentioned solution after four weeks at room temperature., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年3月1日
放射モノクロメーター: blue max-flux confocal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→50 Å / Num. all: 19302 / Num. obs: 18279 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 1.536 / Net I/σ(I): 50.8
反射 シェル解像度: 1.79→1.85 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Num. unique all: 1797 / Χ2: 1.85 / % possible all: 96.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3C7I

3c7i


解像度: 2→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 641 4.6 %random
Rwork0.199 ---
all-13945 --
obs-12970 93 %-
溶媒の処理Bsol: 11.411 Å2
原子変位パラメータBiso max: 99.99 Å2 / Biso mean: 11.313 Å2 / Biso min: 1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.005 Å20 Å20 Å2
2--0.049 Å20 Å2
3----0.055 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1664 0 81 191 1936
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.544
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1141.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.7762
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.6632
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5282.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5fpYQN.paramfpYQN.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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