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- PDB-3ii2: Structure of ORF157 from Acidianus Filamentous Virus 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ii2
タイトルStructure of ORF157 from Acidianus Filamentous Virus 1
要素Putative uncharacterized protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / virus / archaea / nuclease
機能・相同性Protein of unknown function DUF3258 / Protein of unknown function DUF3258 / Immunoglobulin-like - #2930 / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : / NICKEL (II) ION / Uncharacterized protein ORF157
機能・相同性情報
生物種Acidianus filamentous virus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Goulet, A. / Porciero, S. / Prangishvili, D. / van Tilbeurgh, H. / Cambillau, C. / Campanacci, V.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010
タイトル: ORF157 from the archaeal virus Acidianus filamentous virus 1 defines a new class of nuclease
著者: Goulet, A. / Pina, M. / Redder, P. / Prangishvili, D. / Vera, L. / Lichiere, J. / Leulliot, N. / van Tilbeurgh, H. / Ortiz-Lombardia, M. / Campanacci, V. / Cambillau, C.
履歴
登録2009年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2010年3月23日ID: 2OQ8
改定 1.02010年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月5日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,63710
ポリマ－18,8621
非ポリマー7769
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.637, 65.637, 85.568
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-164-

NI

21A-165-

NI

31A-298-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein / ORF157


分子量: 18861.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: TEV cleavage site inserted between attB1 and the gene of interest
由来: (組換発現) Acidianus filamentous virus 1 (ウイルス)
遺伝子: AFV1 orf157 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q70LE6

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非ポリマー , 5種, 125分子

#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.9M LiSO4, 0.01M NiCl2, 0.1M Tris, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.005 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月8日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.005 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 14251 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 27.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.4_153精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→47.348 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / FOM work R set: 0.887 / SU ML: 0.22 / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 17.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2367 852 6.01 %
Rwork0.1697 --
obs0.1735 14181 95.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 69.513 Å2 / ksol: 0.414 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 81.44 Å2 / Biso mean: 32.986 Å2 / Biso min: 12.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.303 Å20 Å20 Å2
2---0.303 Å2-0 Å2
3---0.606 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.348 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1285 0 14 116 1415
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011363
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.141845
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.951513
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084193
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005230
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.1250.2051390.1472175231495
2.125-2.2890.1921470.1382192233996
2.289-2.520.2091460.1492221236796
2.52-2.8840.2261420.1572237237997
2.884-3.6340.2311450.1572271241697
3.634-47.3610.2751330.1962233236691
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.83-0.33370.13891.2-0.30522.2754-0.0137-0.0285-0.4175-0.06180.03970.02140.23490.187-0.00010.14270.0397-0.0040.13970.01610.164327.01814.39383.4872
20.36520.2947-0.09590.3033-0.23140.33310.0437-0.28990.05620.10680.0959-0.4331-0.11630.56130.00050.18710.0263-0.03980.29880.02250.216834.103820.108710.7253
31.45340.08721.44161.35160.69532.5074-0.0682-0.2209-0.0752-0.15090.0985-0.06070.0428-0.01141.73420.15460.07360.03640.20380.03540.128124.914923.179610.6642
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 5:105)A5 - 105
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 106:123)A106 - 123
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 124:154)A124 - 154

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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