PDB-3iby: Structure of cytosolic domain of L. pneumophila FeoB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3iby

タイトル

Structure of cytosolic domain of L. pneumophila FeoB

要素

Ferrous iron transport protein B

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / G protein / G domain / iron uptake / Cell inner membrane / Cell membrane / GTP-binding / Ion transport / Iron / Iron transport / Membrane / Nucleotide-binding / Transmembrane / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

ferrous iron transmembrane transporter activity / GTP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Petermann, N. / Hansen, G. / Hilgenfeld, R.

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2010
タイトル: Structure of the GTPase and GDI domains of FeoB, the ferrous iron transporter of Legionella pneumophila.
著者: Petermann, N. / Hansen, G. / Schmidt, C.L. / Hilgenfeld, R.

履歴

登録	2009年7月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDBx/mmCIF形式	3iby.cif.gz	190.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3iby.ent.gz	154.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	3iby_full_validation.pdf.gz	476.5 KB	表示
XML形式データ	3iby_validation.xml.gz	35.4 KB	表示
CIF形式データ	3iby_validation.cif.gz	49.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/3iby ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/3iby	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3i8s 3i8x 3i92
類似構造データ	2xyn-2 1uuz-1 6nyh-2 6bzr-2 2v7a-1 2wia-3 6jol-d 4non-2 3egl-1 2gbt-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferrous iron transport protein B

B: Ferrous iron transport protein B

C: Ferrous iron transport protein B

D: Ferrous iron transport protein B

114 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Ferrous iron transport protein B

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Ferrous iron transport protein B

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Ferrous iron transport protein B

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Ferrous iron transport protein B

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	53.056, 130.697, 157.616
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ferrous iron transport protein B 分子量: 28403.684 Da / 分子数: 4 / 断片: Cytosolic domain (UNP residues 1-256) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: feoB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(placI) / 参照: UniProt: Q8GNS3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.86 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% tacsimate, 10% poly-L-lysine, 50 mM Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.75 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月11日
放射	モノクロメーター: Double crystal monochromator, Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.75 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→78.81 Å / Num. obs: 36133 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 43.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.081
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.481 / Num. unique all: 3743 / % possible all: 68.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ProDC		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0088	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→78.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / SU B: 25.373 / SU ML: 0.25 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.775 / ESU R Free: 0.353 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2877	1813	5 %	RANDOM
R_work	0.21249	-	-	-
obs	0.21621	34319	92.99 %	-
all	-	34319	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.168 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.93 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→78.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7491	0	0	117	7608

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	7598
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4990
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.655	1.976	10293
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.946	3	12361
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.324	5	950
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.049	25.964	332
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.597	15	1399
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.501	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	8308
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1324
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.551	1.5	4767
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.121	1.5	1942
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.028	2	7701
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.78	3	2831
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.879	4.5	2592
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.388	98	-
R_work	0.267	1712	-
obs	-	-	63.71 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1466	-0.1758	-1.3859	3.4205	1.7638	1.4898	-0.0251	0.0284	0.2343	0.0276	0.055	0.0209	0.0095	0.0211	-0.0299	0.0501	-0.0086	-0.0137	0.0445	0.0235	0.0934	11.6753	12.5836	-53.734
2	6.1273	0.6479	0.4199	2.0609	0.8479	1.6897	-0.008	0.1253	-0.2316	0.052	0.0623	0.1321	0.1638	0.1393	-0.0543	0.1438	0.0347	-0.0074	0.0189	-0.0209	0.0878	7.0981	0.1899	-57.7652
3	2.0191	-1.8677	0.4338	2.5716	1.0251	3.112	-0.1708	-0.0891	-0.2125	0.3514	0.1791	0.1337	0.3759	0.7006	-0.0083	0.194	0.0404	0.0322	0.5152	-0.0133	0.4054	24.0982	-6.6269	-66.5425
4	10.6947	5.1321	-8.1471	4.3629	-3.5707	9.739	-0.0384	0.7122	-0.2509	-0.1528	0.0408	-0.1122	-0.0149	0.1391	-0.0024	0.2822	0.0504	-0.063	0.2563	-0.0518	0.232	14.907	-5.5525	-74.8895
5	1.9029	0.6036	1.7261	3.91	0.0749	1.6373	0.1218	-0.0141	-0.147	0.0097	-0.028	-0.0108	0.1186	0.0162	-0.0938	0.0739	0.0021	0.0503	0.0729	0.0609	0.1095	11.2075	14.7471	-24.9279
6	5.3793	0.7025	0.5425	2.976	1.2581	1.3625	0.0055	-0.2793	0.3563	0.0631	-0.0096	0.0349	-0.022	-0.0183	0.0041	0.0955	-0.0094	0.0501	0.0233	-0.009	0.084	7.9839	26.9324	-20.2773
7	7.0787	1.3786	4.1369	2.4899	0.5939	3.8055	0.0298	-0.3144	0.5589	0.1802	0.0312	-0.1165	-0.137	0.1474	-0.061	0.2955	-0.0724	0.0706	0.1316	-0.095	0.3018	18.1861	35.9753	-13.0115
8	2.7822	-0.6428	2.3942	3.4959	-0.326	4.6271	0.0231	0.1283	-0.0648	0.0809	-0.0439	-0.0129	0.0371	-0.1378	0.0208	0.0559	0.0242	0.0454	0.0434	0.0205	0.0956	-13.4315	15.3514	-53.7793
9	7.0288	1.6008	-0.2257	3.5651	-1.1983	1.0535	-0.0456	0.4037	0.4884	-0.0685	0.0829	-0.0892	-0.0907	0.0465	-0.0373	0.1319	0.0493	0.044	0.1071	0.0718	0.1423	-9.9555	27.8474	-60.1706
10	4.6824	-1.46	2.1332	1.0189	-1.0597	3.0805	-0.067	-0.3423	0.3069	0.0594	0.1926	0.1965	-0.316	-0.5731	-0.1256	0.2635	0.0279	0.0218	0.1246	0.0777	0.3305	-19.8098	32.8843	-60.7908
11	4.7909	0.7178	5.2291	2.8785	3.1193	10.0579	-0.2311	1.1218	0.2078	-0.4211	0.0529	-0.2854	-0.3937	0.4786	0.1782	0.3385	-0.0331	0.083	0.5037	0.1577	0.514	-9.8561	38.1166	-70.4227
12	2.796	0.8383	-1.3498	3.4019	-1.1869	2.9365	-0.053	-0.0216	0.1639	-0.0449	-0.0156	0.0008	-0.0089	-0.1761	0.0686	0.0563	-0.0341	-0.0277	0.0627	0.0077	0.0919	-13.5361	12.9459	-24.7821
13	5.9515	-3.1213	0.1393	4.1554	-2.0781	1.6552	-0.1282	-0.4098	0.128	0.259	0.3107	0.0091	-0.1603	-0.1492	-0.1825	0.0912	-0.0259	0.0122	0.0991	0.0818	0.213	-14.7602	3.228	-15.641
14	3.4342	1.0612	-2.1652	2.5031	-1.6921	3.706	-0.2526	0.6036	-0.7113	-0.3444	0.0968	-0.0704	0.4468	-0.2786	0.1558	0.2003	-0.0083	0.049	0.158	-0.0448	0.3728	-6.5256	-3.9658	-24.3396
15	1.8793	0.9972	-1.8377	1.5495	-0.0468	3.5016	-0.0293	-0.2226	-0.1298	0.0803	-0.0986	0.0544	-0.0628	0.0427	0.1279	0.2708	-0.0217	-0.0181	0.0961	0.0278	0.2096	-22.3191	-3.9248	-5.2018

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 59
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	60 - 160
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	161 - 208
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	209 - 256
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 47
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	48 - 157
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	158 - 208
8	X-RAY DIFFRACTION	7	B	209 - 256
9	X-RAY DIFFRACTION	8	C	2 - 59
10	X-RAY DIFFRACTION	9	C	60 - 136
11	X-RAY DIFFRACTION	10	C	137 - 210
12	X-RAY DIFFRACTION	11	C	211 - 256
13	X-RAY DIFFRACTION	12	D	2 - 59
14	X-RAY DIFFRACTION	13	D	60 - 117
15	X-RAY DIFFRACTION	14	D	118 - 175
16	X-RAY DIFFRACTION	15	D	176 - 256

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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