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万見
- PDB-2gbt: C6A/C111A CuZn Superoxide dismutase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gbt
タイトルC6A/C111A CuZn Superoxide dismutase
要素Superoxide dismutase [Cu-Zn]
キーワードOXIDOREDUCTASE / HUMAN CU/ZN SUPEROXIDE DISMUTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential initiation / response to antipsychotic drug / neurofilament cytoskeleton organization / response to carbon monoxide / relaxation of vascular associated smooth muscle / dense core granule / regulation of organ growth / response to superoxide / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / peripheral nervous system myelin maintenance ...action potential initiation / response to antipsychotic drug / neurofilament cytoskeleton organization / response to carbon monoxide / relaxation of vascular associated smooth muscle / dense core granule / regulation of organ growth / response to superoxide / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / peripheral nervous system myelin maintenance / protein phosphatase 2B binding / regulation of T cell differentiation in thymus / anterograde axonal transport / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く / regulation of GTPase activity / retina homeostasis / auditory receptor cell stereocilium organization / cellular response to potassium ion / hydrogen peroxide biosynthetic process / retrograde axonal transport / myeloid cell homeostasis / superoxide anion generation / superoxide metabolic process / response to copper ion / superoxide dismutase / muscle cell cellular homeostasis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / superoxide dismutase activity / heart contraction / cellular response to ATP / cellular response to cadmium ion / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / transmission of nerve impulse / regulation of multicellular organism growth / ectopic germ cell programmed cell death / response to axon injury / ovarian follicle development / neuronal action potential / positive regulation of superoxide anion generation / axon cytoplasm / removal of superoxide radicals / embryo implantation / reactive oxygen species metabolic process / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / positive regulation of phagocytosis / dendrite cytoplasm / placenta development / thymus development / positive regulation of cytokine production / determination of adult lifespan / regulation of mitochondrial membrane potential / response to amphetamine / glutathione metabolic process / response to hydrogen peroxide / sensory perception of sound / locomotory behavior / response to nutrient levels / mitochondrial intermembrane space / negative regulation of inflammatory response / regulation of blood pressure / small GTPase binding / Platelet degranulation / peroxisome / response to heat / protein-folding chaperone binding / cytoplasmic vesicle / spermatogenesis / gene expression / intracellular iron ion homeostasis / negative regulation of neuron apoptotic process / response to ethanol / positive regulation of MAPK cascade / lysosome / positive regulation of apoptotic process / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / : / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (I) ION / Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Hornberg, A. / Logan, D.T. / Marklund, S.L. / Oliveberg, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The Coupling between Disulphide Status, Metallation and Dimer Interface Strength in Cu/Zn Superoxide Dismutase
著者: Hornberg, A. / Logan, D.T. / Marklund, S.L. / Oliveberg, M.
履歴
登録2006年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32018年5月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3128
ポリマ－63,0544
非ポリマー2584
水9,674537
1
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7856
ポリマ－31,5272
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1430 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area14230 Å2
手法PISA
2
C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5272
ポリマ－31,5272
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1440 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area12120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.618, 35.257, 114.971
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.17, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-273-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Cu/Zn superoxide dismutase


分子量: 15763.430 Da / 分子数: 4 / 変異: C6A/C111A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOD1 / プラスミド: pACA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/DE3 / 参照: UniProt: P00441, superoxide dismutase
#2: 化合物 ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.22 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 18% PEG8000, 50mM TRIS-HCL, 50mM NaAc, 1mM EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.092 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月20日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.092 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. all: 64389 / Num. obs: 64389 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.059
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.378 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1HL4

1hl4


解像度: 1.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 5.979 / SU ML: 0.098 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 3249 5.1 %RANDOM
Rwork0.203 ---
all0.204 64389 --
obs0.204 64189 98.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.885 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5 Å20 Å2-0.73 Å2
2--2.16 Å20 Å2
3----1.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4026 0 4 537 4567
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0214094
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023650
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0311.9415532
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.67338533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6875546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.78925.491173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.40415657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.3241514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2621
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02744
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1810.2637
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1710.23563
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1560.21962
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0790.22344
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1130.2438
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1740.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.080.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1820.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1040.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5691.53547
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.091.51184
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.67724289
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.20131678
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6044.51243
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 235 -
Rwork0.291 4458 -
obs-4693 99.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.28930.18411.21491.53620.20094.68420.0610.1605-0.1477-0.0523-0.082-0.050.1859-0.28440.021-0.2331-0.06820.0042-0.040.0059-0.2186-13.0429-2.899220.8128
22.28680.02070.10021.27580.13893.67760.0247-0.33950.01310.14570.0641-0.00420.1141-0.0202-0.0888-0.2364-0.0204-0.0023-0.00330.0104-0.222-3.75383.088746.3614
34.05330.3474-0.08471.3111-0.01124.51780.0669-0.39930.2244-0.01390.01910.0109-0.20110.1988-0.086-0.2413-0.0402-0.0042-0.1314-0.0127-0.214829.15711.811230.512
42.8302-0.04650.37662.20320.13225.64110.01620.45-0.0564-0.1130.00130.01690.09030.0209-0.0175-0.1985-0.0352-0.0102-0.14290.0166-0.215723.05015.04228.3858
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA2 - 1532 - 153
22BB2 - 1532 - 153
33CC1 - 1531 - 153
44DD2 - 1532 - 153

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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