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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ibo | ||||||
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タイトル | Pseudomonas aeruginosa E2Q/H83Q/T126H-azurin RE(PHEN)(CO)3 | ||||||
![]() | Azurin | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / blue copper / electron transfer / protein dynamics / rhenium / vibrational spectroscopy solvation / Copper / Disulfide bond / Electron transport / Metal-binding / Periplasm / Transport | ||||||
機能・相同性 | ![]() transition metal ion binding / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gradinaru, C. / Crane, B.R. / Sudhamsu, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Relaxation dynamics of Pseudomonas aeruginosa Re(I)(CO)3(alpha-diimine)(HisX)+ (X = 83, 107, 109, 124, 126)Cu(II) azurins. 著者: Blanco-Rodriguez, A.M. / Busby, M. / Ronayne, K. / Towrie, M. / Gradinaru, C. / Sudhamsu, J. / Sykora, J. / Hof, M. / Zalis, S. / Di Bilio, A.J. / Crane, B.R. / Gray, H.B. / Vlcek, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 134.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 104.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 45.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13987.839 Da / 分子数: 4 / 変異: E2Q, H83Q, T126H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CU / #3: 化合物 | ChemComp-REP / ( #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.82 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG4000, 100 MM LINO3, 100 MM IMIDAZOLE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月15日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.948 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.45→30 Å / Num. obs: 84131 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 10.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 2I7S 解像度: 1.45→28.858 Å / Occupancy max: 1.05 / Occupancy min: 0.04 / FOM work R set: 0.876 / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 20.617 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 31.71 Å2 / Biso mean: 11.714 Å2 / Biso min: 2.89 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→28.858 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.45→1.46 Å /
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Xplor file |
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