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- PDB-3ibo: Pseudomonas aeruginosa E2Q/H83Q/T126H-azurin RE(PHEN)(CO)3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ibo
タイトルPseudomonas aeruginosa E2Q/H83Q/T126H-azurin RE(PHEN)(CO)3
要素Azurin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / blue copper / electron transfer / protein dynamics / rhenium / vibrational spectroscopy solvation / Copper / Disulfide bond / Electron transport / Metal-binding / Periplasm / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Azurin / : / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Chem-REP / Azurin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Gradinaru, C. / Crane, B.R. / Sudhamsu, J.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Relaxation dynamics of Pseudomonas aeruginosa Re(I)(CO)3(alpha-diimine)(HisX)+ (X = 83, 107, 109, 124, 126)Cu(II) azurins.
著者: Blanco-Rodriguez, A.M. / Busby, M. / Ronayne, K. / Towrie, M. / Gradinaru, C. / Sudhamsu, J. / Sykora, J. / Hof, M. / Zalis, S. / Di Bilio, A.J. / Crane, B.R. / Gray, H.B. / Vlcek, A.
履歴
登録2009年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Azurin
B: Azurin
C: Azurin
D: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,00712
ポリマ－55,9514
非ポリマー2,0568
水13,277737
1
A: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5023
ポリマ－13,9881
非ポリマー5142
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5023
ポリマ－13,9881
非ポリマー5142
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5023
ポリマ－13,9881
非ポリマー5142
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5023
ポリマ－13,9881
非ポリマー5142
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.480, 56.710, 97.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Azurin


分子量: 13987.839 Da / 分子数: 4 / 変異: E2Q, H83Q, T126H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: azu, PA4922 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P00282
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-REP / (1,10 PHENANTHROLINE)-(TRI-CARBON MONOXIDE) RHENIUM (I)


分子量: 450.443 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H8N2O3Re
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 737 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG4000, 100 MM LINO3, 100 MM IMIDAZOLE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.948 Å
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.948 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→30 Å / Num. obs: 84131 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.45-1.532.80.2631.834552122690.263100
1.53-1.622.80.1873.432647115500.187100
1.62-1.732.80.1454.430989108960.145100
1.73-1.872.90.1195.529077101640.119100
1.87-2.052.90.11342677293560.113100
2.05-2.292.90.0953.52424584670.095100
2.29-2.652.90.07392161175210.073100
2.65-3.242.90.0659.91814463370.065100
3.24-4.592.80.05910.71385449060.05999.5
4.59-28.862.70.0668.8709126650.06696.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA2.7.2データスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2I7S

2i7s


解像度: 1.45→28.858 Å / Occupancy max: 1.05 / Occupancy min: 0.04 / FOM work R set: 0.876 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 8392 10 %
Rwork0.206 --
obs-84104 99.8 %
溶媒の処理Bsol: 20.617 Å2
原子変位パラメータBiso max: 31.71 Å2 / Biso mean: 11.714 Å2 / Biso min: 2.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.128 Å20 Å20.8 Å2
2---2.016 Å20 Å2
3---0.888 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→28.858 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4162 0 88 737 4987
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.46 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.271 173
Rwork0.251 -
obs-1473
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein.param
X-RAY DIFFRACTION2param19x.heme
X-RAY DIFFRACTION3water.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param
X-RAY DIFFRACTION5rephen-noCH3.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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