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- PDB-3ibd: Crystal structure of a cytochrome P450 2B6 genetic variant in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ibd
タイトルCrystal structure of a cytochrome P450 2B6 genetic variant in complex with the inhibitor 4-(4-chlorophenyl)imidazole
要素Cytochrome P450 2B6
キーワードOxidoreductase/Oxidoreductase Inhibitor / P450 / cytochrome P450 2B6 / monooxygenase / oxidoreductase / membrane protein / CYP 2B6 / Endoplasmic reticulum / Heme / Iron / Membrane / Metal-binding / Microsome / Phosphoprotein / Oxidoreductase-Oxidoreductase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


testosterone 16-alpha-hydroxylase activity / testosterone 16-beta-hydroxylase activity / Fatty acids / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む / ketone metabolic process / CYP2E1 reactions / arachidonate epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / anandamide 8,9 epoxidase activity / anandamide 11,12 epoxidase activity ...testosterone 16-alpha-hydroxylase activity / testosterone 16-beta-hydroxylase activity / Fatty acids / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む / ketone metabolic process / CYP2E1 reactions / arachidonate epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / anandamide 8,9 epoxidase activity / anandamide 11,12 epoxidase activity / anandamide 14,15 epoxidase activity / estrogen 2-hydroxylase activity / Xenobiotics / Phase I - Functionalization of compounds / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / xenobiotic metabolic process / monooxygenase activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2B-like / : / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 ...Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2B-like / : / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(4-CHLOROPHENYL)IMIDAZOLE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / THIOCYANATE ION / Cytochrome P450 2B6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gay, S.C. / Sun, L. / Talakad, J.C. / Shah, M.B. / Stout, D.C. / Halpert, J.R.
引用ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of a cytochrome P450 2B6 genetic variant in complex with the inhibitor 4-(4-chlorophenyl)imidazole at 2.0-A resolution.
著者: Gay, S.C. / Shah, M.B. / Talakad, J.C. / Maekawa, K. / Roberts, A.G. / Wilderman, P.R. / Sun, L. / Yang, J.Y. / Huelga, S.C. / Hong, W.X. / Zhang, Q. / Stout, C.D. / Halpert, J.R.
履歴
登録2009年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年10月26日Group: Non-polymer description
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 2B6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6639
ポリマ－54,6461
非ポリマー2,0178
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.573, 55.740, 99.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.51, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cytochrome P450 2B6 / CYPIIB6 / P450 IIB1


分子量: 54646.004 Da / 分子数: 1 / 変異: Y226H, K262R / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Deleted residues 3-21, E2A, R22K, H23K, P24T, N25S, T26S, H27K, D28G, R29K, Y226H, K262R, 4x Cterm His tag
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP2B6 / プラスミド: pKK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P20813, unspecific monooxygenase

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非ポリマー , 5種, 184分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CPZ / 4-(4-CHLOROPHENYL)IMIDAZOLE


分子量: 178.618 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H7ClN2
#4: 化合物 ChemComp-CM5 / 5-CYCLOHEXYL-1-PENTYL-BETA-D-MALTOSIDE / 5-CYCLOHEXYLPENTYL 4-O-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / CYMAL-5


分子量: 494.573 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION


分子量: 58.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.3 %
結晶化温度: 291 K / pH: 5.5
詳細: 0.1 M sodium acetate (pH 5.5), 0.2 M potassium thiocyanate, 10% (w/v) PEG 1000, 10% (w/v) PEG 8000, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月19日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.9 % / Av σ(I) over netI: 4.6 / 数: 223616 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rsym value: 0.131 / D res high: 1.998 Å / D res low: 98.451 Å / Num. obs: 32536 / % possible obs: 98.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
6.3449.3599.810.0660.0667.1
4.486.3410010.080.087.5
3.664.4810010.0870.0877.5
3.173.6610010.1070.1077.6
2.833.1710010.1260.1267.6
2.592.8310010.1570.1577.6
2.42.5910010.2090.2097.6
2.242.410010.2930.2937.4
2.112.2410010.4280.4286.1
22.1188.110.4870.4874.1
反射解像度: 1.998→98.451 Å / Num. obs: 32536 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rsym value: 0.131 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Rsym value: 0.487 / % possible all: 88.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å49.23 Å
Translation2.5 Å49.23 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25データスケーリング
PHASER1.3.3位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ENSEMBLE OF PDB ID 2Q6N (A CHAIN), 1SUO, 2BDM, 3G5N (A CHAIN) EACH WITH RESIDUES 101-120, 205-232 OMITTED

2q6n

1suo

2bdm

3g5n


解像度: 2→98.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.02 / SU B: 4.01 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 1640 5 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.181 32494 98.1 %-
all-32545 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.88 Å20 Å2-0.26 Å2
2---0.69 Å20 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→98.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3699 0 89 176 3964
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0223925
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7672.0075327
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3845474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.82522.793179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.35815633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7421529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2567
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023007
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.21928
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.22697
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2200
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0350.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.320.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1980.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0611.52346
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.92523784
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0331580
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8134.51538
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 101 -
Rwork0.207 1955 -
obs--84.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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