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万見
- PDB-3ia2: Pseudomonas fluorescens esterase complexed to the R-enantiomer of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ia2
タイトルPseudomonas fluorescens esterase complexed to the R-enantiomer of a sulfonate transition state analog
要素Arylesterase
キーワードHYDROLASE / alpha-beta hydrolase fold / transition state analog / Oxidoreductase / Peroxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


arylesterase / 酸化還元酵素 / arylesterase activity / peroxidase activity
類似検索 - 分子機能
: / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-butane-2-sulfonate / Arylesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Schrag, J.D. / Kazlauskas, R.J. / Jiang, Y. / Morley, K.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2011
タイトル: Different active-site loop orientation in serine hydrolases versus acyltransferases.
著者: Jiang, Y. / Morley, K.L. / Schrag, J.D. / Kazlauskas, R.J.
履歴
登録2009年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年9月14日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arylesterase
B: Arylesterase
C: Arylesterase
D: Arylesterase
E: Arylesterase
F: Arylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,56942
ポリマ－179,9646
非ポリマー3,60636
水25,5631419
1
A: Arylesterase
B: Arylesterase
C: Arylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,78721
ポリマ－89,9823
非ポリマー1,80518
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8280 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area27790 Å2
手法PISA
2
D: Arylesterase
E: Arylesterase
F: Arylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,78321
ポリマ－89,9823
非ポリマー1,80118
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8280 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area27740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.215, 146.215, 129.964
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 271 / Label seq-ID: 1 - 271

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF

-
要素

#1: タンパク質
Arylesterase / Aryl-ester hydrolase / PFE / Putative bromoperoxidase


分子量: 29993.955 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / プラスミド: pJOE2792 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: P22862, arylesterase, 酸化還元酵素
#2: 化合物
ChemComp-J6Z / (2R)-butane-2-sulfonate


分子量: 137.177 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9O3S
#3: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.7 M ammonium sulfate, 3% PEG 400, 100 mM sodium-potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月21日 / 詳細: SI(111) MONOCHROMATOR
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→48.57 Å / Num. all: 373997 / Num. obs: 364141 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.65 % / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 2.57 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.343 / % possible all: 91.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
Oモデル構築
REFMAC5.4.0069精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VA4

1va4


解像度: 1.65→48.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.712 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20797 18410 5.1 %RANDOM
Rwork0.19711 ---
obs0.19766 345685 97.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.959 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.07 Å2-0.54 Å20 Å2
2---1.07 Å20 Å2
3---1.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→48.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12720 0 217 1419 14356
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.02213585
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7751.96218452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.28651710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.49924.099627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.607152173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8671574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.22017
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02110414
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2891.58283
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.565213348
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.85935302
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4874.55086
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 1993 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Aloose positional0.245
Bloose positional0.275
Cloose positional0.215
Dloose positional0.185
Eloose positional0.215
Floose positional0.295
Aloose thermal1.4610
Bloose thermal1.0310
Cloose thermal0.7410
Dloose thermal0.510
Eloose thermal1.4110
Floose thermal1.2910
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 1263 -
Rwork0.31 23296 -
obs--88.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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