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- PDB-3i6k: Newly identified epitope from SARS-CoV membrane protein complexed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i6k
タイトルNewly identified epitope from SARS-CoV membrane protein complexed with HLA-A*0201
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
  • Membrane glycoprotein peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA-A2 / SARS-CoV / Membrane glycoprotein / Disulfide bond / Glycoprotein / Host-virus interaction / Immune response / Membrane / MHC I / Phosphoprotein / Transmembrane / Disease mutation / Glycation / Immunoglobulin domain / Pyrrolidone carboxylic acid / Secreted / Envelope protein / Golgi apparatus / Viral matrix protein / Virion
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of protein M / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP complex binding ...Maturation of protein M / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / CD8 receptor binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / host cell Golgi membrane / endoplasmic reticulum exit site / TAP binding / detection of bacterium / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / T cell receptor binding / Attachment and Entry / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / Endosomal/Vacuolar pathway / T cell mediated cytotoxicity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / regulation of iron ion transport / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of iron ion transport / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / transferrin transport / MHC class I peptide loading complex / cellular response to iron ion / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / positive regulation of immune response / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / peptide antigen binding / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of type II interferon production / recycling endosome membrane / positive regulation of T cell activation / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of cellular senescence / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / MHC class II protein complex binding / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / antibacterial humoral response / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / structural constituent of virion / amyloid fibril formation / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / signaling receptor binding / Golgi membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / lysosomal membrane / focal adhesion / viral envelope / Neutrophil degranulation
類似検索 - 分子機能
M matrix/glycoprotein, SARS-CoV-like / M matrix/glycoprotein, coronavirus / Coronavirus M matrix/glycoprotein / Coronavirus membrane (Cov-M) protein profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 ...M matrix/glycoprotein, SARS-CoV-like / M matrix/glycoprotein, coronavirus / Coronavirus M matrix/glycoprotein / Coronavirus membrane (Cov-M) protein profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Membrane protein / Beta-2-microglobulin / Membrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
SARS coronavirus TJF (SARSコロナウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Liu, J. / Sun, Y. / Qi, J. / Chu, F. / Wu, H. / Gao, F. / Li, T. / Yan, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: J Infect Dis / 年: 2010
タイトル: The membrane protein of severe acute respiratory syndrome coronavirus acts as a dominant immunogen revealed by a clustering region of novel functionally and structurally defined ...タイトル: The membrane protein of severe acute respiratory syndrome coronavirus acts as a dominant immunogen revealed by a clustering region of novel functionally and structurally defined cytotoxic T-lymphocyte epitopes
著者: Liu, J. / Sun, Y. / Qi, J. / Chu, F. / Wu, H. / Gao, F. / Li, T. / Yan, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2009年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Membrane glycoprotein peptide
E: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
F: Beta-2-microglobulin
G: Membrane glycoprotein peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,4826
ポリマ－89,4826
非ポリマー00
水3,297183
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Membrane glycoprotein peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7413
ポリマ－44,7413
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18670 Å2
手法PISA
2
E: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
F: Beta-2-microglobulin
G: Membrane glycoprotein peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7413
ポリマ－44,7413
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.540, 108.028, 134.975
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / HLA-A*0201 / MHC class I antigen A*2


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 2 / 断片: alpha 1-3 regions, UNP residues 25-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: HLA-A, HLA-A*0201 allele, HLAA, Homo sapiens MHC class I antigen (HLA-A)
プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, beta-2-microglobulin, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pGMT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Membrane glycoprotein peptide / peptide Md3


分子量: 1007.246 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residue 60-69 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical synthesized
由来: (合成) SARS coronavirus TJF (SARSコロナウイルス)
参照: UniProt: Q692E0, UniProt: P59596*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.93 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M BIS-TRIS pH 5.5, 10% w/v Polyethylene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.17 / 数: 173044
反射解像度: 2.75→32.209 Å / Num. obs: 25460 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 35.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rrim(I) all: 0.17 / Rsym value: 0.17 / Χ2: 2.156 / Net I/σ(I): 15.836 / Num. measured all: 173044
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.75-2.856.50.4754.82124711.50198.8
2.85-2.966.60.4224851.59399.5
2.96-3.16.70.33925151.68999.2
3.1-3.266.90.26625031.93799.6
3.26-3.467.10.22225262.0999.6
3.46-3.737.10.16825332.28999.9
3.73-4.1170.1425522.41299.8
4.11-4.770.11125712.50799.9
4.7-5.926.90.10125882.00199.8
5.92-506.30.08327163.45798.9
Cell measurementReflection used: 173044

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JF1

1jf1


解像度: 2.8→32.209 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.61 / FOM work R set: 0.845 / SU ML: 0.29 / σ(F): 0.11 / 位相誤差: 22.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2435 1184 5.08 %
Rwork0.1975 22138 -
obs0.1999 23322 96.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 19.509 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 114.13 Å2 / Biso mean: 35.595 Å2 / Biso min: 12.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.323 Å2-0 Å2-0 Å2
2---16.479 Å20 Å2
3----11.169 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→32.209 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6270 0 0 183 6453
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036451
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6568740
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8782302
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049896
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021138
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8001-2.92740.29271370.22712641X-RAY DIFFRACTION92
2.9274-3.08160.3141300.23262642X-RAY DIFFRACTION93
3.0816-3.27450.29611520.21682716X-RAY DIFFRACTION96
3.2745-3.52710.24381610.20422690X-RAY DIFFRACTION96
3.5271-3.88150.22981470.17782819X-RAY DIFFRACTION98
3.8815-4.44190.18321700.16472776X-RAY DIFFRACTION97
4.4419-5.59150.1851500.15072856X-RAY DIFFRACTION98
5.5915-32.21110.2411370.19942998X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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