PDB-3i5d: Crystal structure of the ATP-gated P2X4 ion channel in the closed...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3i5d

タイトル

Crystal structure of the ATP-gated P2X4 ion channel in the closed, apo state at 3.5 Angstroms (R3)

要素

P2X purinoceptor

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / P2X / Purinergic receptor / ion channel / closed state / apo state / Ion transport / Ionic channel / Receptor / Transmembrane / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

Elevation of cytosolic Ca2+ levels / Platelet homeostasis / purine nucleotide binding / purinergic nucleotide receptor activity / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / ATP-gated ion channel activity / CTP binding / monoatomic ion channel complex / response to ATP / monoatomic cation transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.46 Å

データ登録者

Kawate, T. / Michel, J.C. / Gouaux, E.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the ATP-gated P2X(4) ion channel in the closed state.
著者: Kawate, T. / Michel, J.C. / Birdsong, W.T. / Gouaux, E.

履歴

登録	2009年7月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2021年10月13日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3i5d.cif.gz	195.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3i5d.ent.gz	159.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3i5d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3i5d_validation.pdf.gz	1010.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3i5d_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	3i5d_validation.xml.gz	41.8 KB	表示
CIF形式データ	3i5d_validation.cif.gz	55.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/3i5d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/3i5d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3h9vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4dw0-1 5u1x-1 5jtl-d 5svl-2 5svm-2 5u1w-1 3h9v-1 6412 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: P2X purinoceptor

B: P2X purinoceptor

C: P2X purinoceptor

ヘテロ分子

124 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	234.910, 234.910, 138.433
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A and (resseq 36:64 )	A	36 - 64
2	1	1	chain B and (resseq 36:64 )	B	36 - 64
3	1	1	chain C and (resseq 36:64 )	C	36 - 64
1	1	2	chain B and (resseq 36:64 )	B	36 - 64
2	1	2	chain C and (resseq 36:64 )	C	36 - 64
1	1	3	chain A and (resseq 65:118 )	A	65 - 118
2	1	3	chain B and (resseq 65:118 )	B	65 - 118
3	1	3	chain C and (resseq 65:118 )	C	65 - 118
1	1	4	chain B and (resseq 65:118 )	B	65 - 118
2	1	4	chain C and (resseq 65:118 )	C	65 - 118
1	1	5	chain A and (resseq 119:169 )	A	119 - 169
2	1	5	chain B and (resseq 119:169 )	B	119 - 169
3	1	5	chain C and (resseq 119:169 )	C	119 - 169
1	1	6	chain B and (resseq 119:169 )	B	119 - 169
2	1	6	chain C and (resseq 119:169 )	C	119 - 169
1	1	7	chain A and (resseq 170:325 )	A	170 - 325
2	1	7	chain B and (resseq 170:325 )	B	170 - 325
3	1	7	chain C and (resseq 170:325 )	C	170 - 325
1	1	8	chain B and (resseq 170:325 )	B	170 - 325
2	1	8	chain C and (resseq 170:325 )	C	170 - 325
1	1	9	chain A and (resseq 326:352 )	A	326 - 352
2	1	9	chain B and (resseq 326:352 )	B	326 - 352
3	1	9	chain C and (resseq 326:352 )	C	326 - 352
1	1	10	chain B and (resseq 326:352 )	B	326 - 352
2	1	10	chain C and (resseq 326:352 )	C	326 - 352

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

#1: タンパク質

P2X purinoceptor

分子量: 40194.805 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 28-381 / 変異: H252R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: p2rx4a, P2X4.1 / プラスミド: pFastBac
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: Q6NYR1

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 79.82 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.4 詳細: 12 % PEG 4,000, 100 mM sodium acetate, 100 mM ammonium sulfate, 1 mM GdCl3, pH 4.4, vapor diffusion, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	検出器: CCD / 日付: 2008年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.46→50 Å / Num. obs: 43062 / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 3.46→3.52 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.791 / Mean I/σ(I) obs: 1.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.46→47.74 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.755 / SU ML: 0.53 / σ(F): 0.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	1571	4.81 %
R_work	0.276	-	-
obs	0.277	32647	87.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.925 Å² / k_sol: 0.224 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 248.25 Å² / B_iso mean: 125.9 Å² / B_iso min: 20 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	10.414 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	10.414 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-20.828 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.46→47.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7101	0	196	0	7297

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7487
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.272	10243
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	1217
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1327
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.6	4502

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	179	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
1	2	B	179	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
1	3	C	182	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.015
2	1	B	194	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.01
2	2	C	194	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.01
3	1	A	368	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.026
3	2	B	368	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.026
3	3	C	362	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025
4	1	B	379	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.018
4	2	C	379	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.018
5	1	A	305	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
5	2	B	305	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
5	3	C	303	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
6	1	B	313	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.014
6	2	C	313	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.014
7	1	A	1153	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
7	2	B	1153	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
7	3	C	1170	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
8	1	B	1147	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.017
8	2	C	1147	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.017
9	1	A	153	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.017
9	2	B	153	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.017
9	3	C	156	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
10	1	B	140	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011
10	2	C	140	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.46-3.572	0.348	125	0.346	2485	2610	76
3.572-3.699	0.361	134	0.335	2492	2626	78
3.699-3.847	0.364	132	0.322	2566	2698	80
3.847-4.022	0.347	123	0.291	2503	2626	78
4.022-4.234	0.339	137	0.285	2696	2833	84
4.234-4.499	0.283	141	0.245	2880	3021	89
4.499-4.846	0.244	148	0.225	2928	3076	91
4.846-5.334	0.265	145	0.222	3097	3242	95
5.334-6.104	0.262	159	0.243	3081	3240	97
6.104-7.685	0.301	164	0.258	3163	3327	98
7.685-47.744	0.247	163	0.287	3185	3348	99

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