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- PDB-3h9v: Crystal structure of the ATP-gated P2X4 ion channel in the closed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h9v
タイトルCrystal structure of the ATP-gated P2X4 ion channel in the closed, apo state at 3.1 Angstroms
要素P2X purinoceptor
キーワードTRANSPORT PROTEIN / P2X / Purinergic receptor / ion channel / closed state / apo state / Ion transport / Ionic channel / Receptor / Transmembrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


Elevation of cytosolic Ca2+ levels / Platelet homeostasis / purine nucleotide binding / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / purinergic nucleotide receptor activity / transmembrane transporter complex / ATP-gated ion channel activity / ligand-gated monoatomic ion channel activity / CTP binding / response to ATP ...Elevation of cytosolic Ca2+ levels / Platelet homeostasis / purine nucleotide binding / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / purinergic nucleotide receptor activity / transmembrane transporter complex / ATP-gated ion channel activity / ligand-gated monoatomic ion channel activity / CTP binding / response to ATP / monoatomic cation transport / monoatomic ion channel complex / calcium ion transport / postsynapse / lysosomal membrane / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
P2X4 purinoceptor / atp-gated p2x4 ion channel / atp-gated p2x4 ion channel fold / atp-gated p2x4 ion channel domain / : / ATP P2X receptors signature. / ATP P2X receptor / P2X purinoreceptor / P2X purinoreceptor extracellular domain superfamily / Helix Hairpins ...P2X4 purinoceptor / atp-gated p2x4 ion channel / atp-gated p2x4 ion channel fold / atp-gated p2x4 ion channel domain / : / ATP P2X receptors signature. / ATP P2X receptor / P2X purinoreceptor / P2X purinoreceptor extracellular domain superfamily / Helix Hairpins / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
GADOLINIUM ATOM / P2X purinoceptor 4a
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Kawate, T. / Michel, J.C. / Gouaux, E.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the ATP-gated P2X(4) ion channel in the closed state.
著者: Kawate, T. / Michel, J.C. / Birdsong, W.T. / Gouaux, E.
履歴
登録2009年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P2X purinoceptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4605
ポリマ－40,2971
非ポリマー1,1634
水00
1
A: P2X purinoceptor
ヘテロ分子

A: P2X purinoceptor
ヘテロ分子

A: P2X purinoceptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,38115
ポリマ－120,8913
非ポリマー3,49012
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area14010 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area45980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.836, 100.836, 431.316
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-382-

GD

21A-383-

GD

-
要素

#1: タンパク質 P2X purinoceptor


分子量: 40297.004 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-381 / 変異: C51F,N78K,N187R,H252R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: p2rx4a, P2X4.1 / プラスミド: pFastBac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: Q6NYR1
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-GD / GADOLINIUM ATOM


分子量: 157.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.4
詳細: 20% PEG 2,000, 300mM Mg(NO3)2, and 100mM Tris pH 8.4, and 1mM GdCl3, vapor diffusion, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E
検出器検出器: CCD / 日付: 2009年3月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.09→50 Å / Num. obs: 14414 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 97.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 3.09→3.2 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 69.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→29.109 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.79 / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2782 729 5.07 %
Rwork0.2479 --
obs0.2494 14372 90.74 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 65.839 Å2 / ksol: 0.26 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 103.646 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--28.24 Å20 Å20 Å2
2---28.24 Å20 Å2
3---56.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→29.109 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2443 0 58 0 2501
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082562
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4833499
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.7661548
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091410
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005448
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.33930.39331310.32812465X-RAY DIFFRACTION84
3.3393-3.67480.31491670.2592750X-RAY DIFFRACTION94
3.6748-4.20520.26851490.23622816X-RAY DIFFRACTION94
4.2052-5.29290.24891540.20132794X-RAY DIFFRACTION93
5.2929-29.11010.26891280.25962818X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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