PDB-3i4e: Crystal structure of Isocitrate Lyase from Burkholderia pseudomallei

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3i4e

タイトル

Crystal structure of Isocitrate Lyase from Burkholderia pseudomallei

要素

Isocitrate lyase

キーワード

LYASE / isocitrate lyase / structural genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

isocitrate lyase / isocitrate lyase activity / carboxylic acid metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.69 Å

データ登録者

Staker, B.L. / Arakaki, T. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Isocitrate Lyase from Burkholderia pseudomallei
著者: Staker, B.L. / Arakaki, T.

履歴

登録	2009年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3i4e.cif.gz	311.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3i4e.ent.gz	252 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3i4e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3i4e_validation.pdf.gz	457 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3i4e_full_validation.pdf.gz	471.2 KB	表示
XML形式データ	3i4e_validation.xml.gz	55.6 KB	表示
CIF形式データ	3i4e_validation.cif.gz	76.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/3i4e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/3i4e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1igwS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1igw-d 5j6f-1 6c4a-1 4n4l-1 1f8i-d 5dql-d 6px2-2 6c4a-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: bupsA.00014.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Isocitrate lyase

B: Isocitrate lyase

C: Isocitrate lyase

D: Isocitrate lyase

193 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.666, 137.025, 160.162
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 412 / Label seq-ID: 5 - 416

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D

#1: タンパク質	Isocitrate lyase 分子量: 48127.086 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 遺伝子: aceA, BPSL2188 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q63SY3, isocitrate lyase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.43 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 5.8 詳細: 24% PEG 1500, 100 MM MES, PROTEIN CONCENTRATION 22MG/ML, PH 5.8, VAPOR DIFFUSIONI, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1
検出器	日付: 2008年6月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.69→48.91 Å / Num. obs: 48029 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 5.8
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.66 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0088	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1IGW

1igw

解像度: 2.69→48.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.867 / SU B: 15.524 / SU ML: 0.314 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.401 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.277	2426	5.1 %	RANDOM
R_work	0.213	-	-	-
obs	0.216	47959	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.2 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.86 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.69→48.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12580	0	0	150	12730

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	12853
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8494
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.019	1.941	17435
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.815	3	20693
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.108	5	1644
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.812	24.722	593
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.073	15	2038
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.746	15	62
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	1904
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	14680
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2650
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.308	1.5	8160
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.056	1.5	3368
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.577	2	12937
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.671	3	4693
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.146	4.5	4498
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	2422	medium positional	0.16	0.5
2	B	2422	medium positional	0.16	0.5
3	C	2422	medium positional	0.16	0.5
4	D	2422	medium positional	0.17	0.5
1	A	2749	loose positional	0.28	5
2	B	2749	loose positional	0.31	5
3	C	2749	loose positional	0.31	5
4	D	2749	loose positional	0.28	5
1	A	2422	medium thermal	0.32	2
2	B	2422	medium thermal	0.24	2
3	C	2422	medium thermal	0.24	2
4	D	2422	medium thermal	0.22	2
1	A	2749	loose thermal	0.32	10
2	B	2749	loose thermal	0.28	10
3	C	2749	loose thermal	0.28	10
4	D	2749	loose thermal	0.26	10

LS精密化シェル

解像度: 2.69→2.76 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.463	173	-
R_work	0.344	3219	-
obs	-	-	96.5 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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