PDB-3i0z: Crystal structure of putative putative tagatose-6-phosphate ketos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3i0z

タイトル

Crystal structure of putative putative tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase (NP_344614.1) from STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE TIGR4 at 1.70 A resolution

要素

putative tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase

キーワード

ISOMERASE / NP_344614.1 / putative putative tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate derivative metabolic process / carbohydrate derivative binding / isomerase activity / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae TIGR4 (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative putative tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase (NP_344614.1) from STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE TIGR4 at 1.70 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2009年6月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3i0z.cif.gz	181.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3i0z.ent.gz	146.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3i0z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3i0z_validation.pdf.gz	458.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3i0z_full_validation.pdf.gz	461.3 KB	表示
XML形式データ	3i0z_validation.xml.gz	36.6 KB	表示
CIF形式データ	3i0z_validation.cif.gz	57.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/3i0z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/3i0z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3odp-1 1mor-1 4a8s-3 1dmu-1 1jil-1 1mos-1 2zj3-1 4y06-1 3c3j-2 1moq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 391414

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: putative tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase

B: putative tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase

ヘテロ分子

88 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.635, 111.267, 126.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.090, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	putative tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase / Sugar isomerase domain protein AgaS 分子量: 43441.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae TIGR4 (肺炎レンサ球菌) 遺伝子: agaS, NP_344614.1, SP_0065 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q97T85, UniProt: A0A0H2UN25*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 825 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.94 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1860M calcium acetate, 22.2000% polyethylene glycol 3350, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837,0.97964

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月17日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97964	1

反射

解像度: 1.7→29.748 Å / Num. obs: 85864 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 16.104 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / R_sym value: 0.082 / Net I/σ(I): 7.225

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.7-1.74	2.8	0.532	1.4	17573	6303	0.532	98
1.74-1.79	2.8	0.428	1.7	17096	6112	0.428	98.4
1.79-1.84	2.8	0.344	2.1	16670	5963	0.344	98.5
1.84-1.9	2.8	0.278	2.6	16287	5813	0.278	98.4
1.9-1.96	2.8	0.226	3.2	15701	5595	0.226	98.5
1.96-2.03	2.8	0.192	3.8	15354	5473	0.192	98.7
2.03-2.11	2.8	0.15	4.8	14749	5252	0.15	98.8
2.11-2.19	2.8	0.125	5.8	14289	5092	0.125	99
2.19-2.29	2.8	0.109	6.5	13722	4881	0.109	99
2.29-2.4	2.8	0.095	7.3	13130	4672	0.095	99
2.4-2.53	2.8	0.089	7.8	12497	4443	0.089	99.5
2.53-2.69	2.8	0.082	8.2	11808	4208	0.082	99.5
2.69-2.87	2.8	0.068	9.6	11230	4005	0.068	99.5
2.87-3.1	2.8	0.06	10.9	10368	3681	0.06	99.7
3.1-3.4	2.8	0.05	12.3	9563	3409	0.05	99.7
3.4-3.8	2.8	0.043	14.4	8681	3093	0.043	99.9
3.8-4.39	2.8	0.042	14.1	7688	2741	0.042	99.9
4.39-5.38	2.8	0.045	13	6517	2327	0.045	100
5.38-7.6	2.8	0.047	13.4	5009	1809	0.047	100
7.6-29.75	2.7	0.039	13.7	2687	992	0.039	98.4

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SOLVE		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA	3.2.5	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.7→29.748 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / SU B: 3.642 / SU ML: 0.062 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.091
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.178	4302	5 %	RANDOM
R_work	0.139	-	-	-
obs	0.141	85861	98.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 68.36 Å² / B_iso mean: 20.225 Å² / B_iso min: 7.83 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.81 Å²	0 Å²	0.13 Å²
2-	-	0.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.748 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6021	0	67	825	6913

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	6401
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4191
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.521	1.969	8717
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.863	3	10271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.84	5	822
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.411	24.513	277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.772	15	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.541	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	1021
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	7218
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.3	1410
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.2	0.3	4537
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.5	3237
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.5	3158
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.5	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.442	0.3	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.422	0.3	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.292	0.5	61
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.982	3	4294
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.572	3	1622
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.496	5	6511
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.373	8	2606
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.585	11	2206

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	348	-
R_work	0.196	5952	-
all	-	6300	-
obs	-	-	97.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.777	0.0812	0.0891	0.327	0.0767	0.4473	0.0366	-0.1566	-0.0179	0.0722	-0.0196	0.0558	-0.0048	-0.0403	-0.017	-0.0244	-0.0119	0.0118	-0.0273	0.006	-0.0415	7.8174	64.8513	43.8185
2	0.7276	0.0379	0.0859	0.368	0.0939	0.4561	0.0063	0.1354	0.0087	-0.058	0.0084	-0.0122	-0.069	0.0476	-0.0147	-0.0269	-0.0121	0.0059	-0.0272	0.0008	-0.0549	17.5046	69.5907	17.944

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 387
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 387

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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