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- PDB-3c3j: Crystal structure of tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c3j
タイトルCrystal structure of tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase from Escherichia coli
要素Putative tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase
キーワードISOMERASE / tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase / structural genomics / PSI / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; その他の化合物に作用 / carbohydrate derivative metabolic process / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / carbohydrate derivative binding / isomerase activity / hydrolase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sugar isomerase, AgaS / AgaS, SIS domain / : / GlmS/AgaS, SIS domain 1 / SIS domain / SIS domain / SIS domain profile. / SIS domain superfamily / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Rossmann fold ...Sugar isomerase, AgaS / AgaS, SIS domain / : / GlmS/AgaS, SIS domain 1 / SIS domain / SIS domain / SIS domain profile. / SIS domain superfamily / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative D-galactosamine-6-phosphate deaminase AgaS
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zhang, R. / Skarina, T. / Egorova, O. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase from Escherichia coli.
著者: Zhang, R. / Skarina, T. / Egorova, O. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase
B: Putative tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase
C: Putative tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase
D: Putative tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase
E: Putative tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase
F: Putative tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)253,7246
ポリマ－253,7246
非ポリマー00
水41,3262294
1
A: Putative tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase
B: Putative tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,5752
ポリマ－84,5752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
手法PISA
2
C: Putative tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase
D: Putative tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,5752
ポリマ－84,5752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
手法PISA
3
E: Putative tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase
F: Putative tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,5752
ポリマ－84,5752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.941, 81.211, 138.325
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Putative tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase


分子量: 42287.254 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: agaS, yraB, b3136, JW3105 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P42907
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.95 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M di-Ammonium citrate, 2.5 mM Glucose-6-phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月4日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→138.68 Å / Num. all: 196168 / Num. obs: 195226 / % possible obs: 99.52 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 17.81
反射 シェル解像度: 1.8→1.848 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 15168 / % possible all: 97.17

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→47.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 4.95 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.235 / ESU R Free: 0.107
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18512 10357 5 %RANDOM
Rwork0.13597 ---
all0.13844 195226 --
obs0.13844 195226 99.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.69 Å20 Å20.07 Å2
2--0.49 Å20 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16991 0 0 2294 19285
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02217410
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0211421
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.391.95123762
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.999327838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.65552201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.33723.668758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.008152648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.53515108
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.22717
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219560
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023558
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.24150
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2060.212522
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.28670
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.28488
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.21694
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1670.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3150.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2350.2104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4221.513499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5351.54415
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.698217817
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.22137106
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3454.55945
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 787 -
Rwork0.185 13952 -
obs-15168 97.17 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.328 Å / Origin y: 37.851 Å / Origin z: 103.762 Å
111213212223313233
T-0.0012 Å2-0.0054 Å2-0.0089 Å2--0.0113 Å2-0.0038 Å2---0.0039 Å2
L0.055 °2-0.0154 °2-0.0297 °2-0.0122 °2-0.0035 °2--0.0338 °2
S-0.0038 Å °-0.0053 Å °0.002 Å °-0.0042 Å °0.0022 Å °-0.0019 Å °0.0021 Å °-0.0016 Å °0.0016 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 1004 - 100
2X-RAY DIFFRACTION1AA101 - 200101 - 200
3X-RAY DIFFRACTION1AA201 - 300201 - 300
4X-RAY DIFFRACTION1AA301 - 364301 - 364
5X-RAY DIFFRACTION1AA376 - 384376 - 384
6X-RAY DIFFRACTION1BB5 - 1005 - 100
7X-RAY DIFFRACTION1BB101 - 200101 - 200
8X-RAY DIFFRACTION1BB201 - 300201 - 300
9X-RAY DIFFRACTION1BB301 - 364301 - 364
10X-RAY DIFFRACTION1BB376 - 383376 - 383
11X-RAY DIFFRACTION1CC5 - 1005 - 100
12X-RAY DIFFRACTION1CC101 - 200101 - 200
13X-RAY DIFFRACTION1CC201 - 300201 - 300
14X-RAY DIFFRACTION1CC301 - 363301 - 363
15X-RAY DIFFRACTION1CC376 - 383376 - 383
16X-RAY DIFFRACTION1DD5 - 1005 - 100
17X-RAY DIFFRACTION1DD101 - 200101 - 200
18X-RAY DIFFRACTION1DD201 - 300201 - 300
19X-RAY DIFFRACTION1DD301 - 364301 - 364
20X-RAY DIFFRACTION1DD376 - 383376 - 383
21X-RAY DIFFRACTION1EE5 - 1005 - 100
22X-RAY DIFFRACTION1EE101 - 200101 - 200
23X-RAY DIFFRACTION1EE201 - 300201 - 300
24X-RAY DIFFRACTION1EE301 - 364301 - 364
25X-RAY DIFFRACTION1EE376 - 383376 - 383
26X-RAY DIFFRACTION1FF5 - 1005 - 100
27X-RAY DIFFRACTION1FF101 - 200101 - 200
28X-RAY DIFFRACTION1FF201 - 300201 - 300
29X-RAY DIFFRACTION1FF301 - 364301 - 364
30X-RAY DIFFRACTION1FF376 - 383376 - 383

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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