PDB-3i05: Tryptophanyl-tRNA synthetase from Trypanosoma brucei

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3i05

タイトル

Tryptophanyl-tRNA synthetase from Trypanosoma brucei

要素

Tryptophanyl-tRNA synthetase

キーワード

LIGASE / apo tRNA-ligase / ATP-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase / Nucleotide-binding / Protein biosynthesis / Structural Genomics / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa / MSGPP

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptophan-tRNA ligase / tryptophan-tRNA ligase activity / tryptophanyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Arakaki, T. / Merritt, E.A. / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa (MSGPP)

引用

ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structures of three protozoan homologs of tryptophanyl-tRNA synthetase.
著者: Merritt, E.A. / Arakaki, T.L. / Gillespie, R. / Napuli, A.J. / Kim, J.E. / Buckner, F.S. / Van Voorhis, W.C. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Zucker, F. / Hol, W.G.

履歴

登録	2009年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3i05.cif.gz	138.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3i05.ent.gz	107.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3i05.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3i05_validation.pdf.gz	439.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3i05_full_validation.pdf.gz	450.9 KB	表示
XML形式データ	3i05_validation.xml.gz	23.7 KB	表示
CIF形式データ	3i05_validation.cif.gz	32.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/3i05 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/3i05	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hv0C 3hzrC 2dr2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3iu3-2 1kb5-d 6oh4-d 5e9d-1 1fo0-d 3i0o-2 5e9d-2 4xdn-d 1xed-d 7d85-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Tryptophanyl-tRNA synthetase

B: Tryptophanyl-tRNA synthetase

90.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.294, 51.426, 89.970
Angle α, β, γ (deg.)	95.290, 100.140, 106.050
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	A	1 - 400
2	1	1	2	B	1 - 400

#1: タンパク質	Tryptophanyl-tRNA synthetase 分子量: 45101.941 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 3-389 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: Tb927.3.5580 / プラスミド: BG1861 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q580R7, tryptophan-tRNA ligase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 0.2 M Sodium Malonate, 20% PEG 3350, 1mM TCEP, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å

検出器

検出器: CCD / 日付: 2008年10月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→30.76 Å / Num. obs: 20576 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.07 % / B_iso Wilson estimate: 76 Å² / R_merge(I) obs: 0.077 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 9.2 / Scaling rejects: 478

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.8-2.9	3.08	0.324	2.6	6356	2053	1.17	95.7
2.9-3.02	3.1	0.262	3.1	6329	2035	1.06	95.4
3.02-3.15	3.08	0.21	3.7	6319	2041	1	97.7
3.15-3.32	3.07	0.174	4.4	6277	2039	0.97	96.7
3.32-3.53	3.07	0.132	5.8	6304	2043	0.97	97
3.53-3.8	3.07	0.108	6.9	6346	2054	0.88	97.1
3.8-4.18	3.05	0.069	11.8	6345	2066	0.96	97.4
4.18-4.78	3.08	0.054	14.8	6519	2102	0.87	98.1
4.78-6.02	3.07	0.052	16	6403	2072	0.9	98.7
6.02-30.76	3.01	0.038	22.5	6404	2071	1.02	97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.7 W8RSSI	データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
d*TREK		データ削減
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2dr2

2dr2

解像度: 2.8→30.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.871 / WR_factor R_free: 0.274 / WR_factor R_work: 0.219 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.748 / SU B: 42.09 / SU ML: 0.375 / SU R Cruickshank DPI: 0.371 / SU R_free: 0.449 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.449 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.301	1065	5.2 %	RANDOM
R_work	0.241	-	-	-
obs	0.244	20555	96.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 37.81 Å² / B_iso mean: 5.391 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.33 Å²	1.18 Å²	0.91 Å²
2-	-	1.21 Å²	1.93 Å²
3-	-	-	0.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→30.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5199	0	0	0	5199

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	5350
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3630
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.238	1.954	7249
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.922	3	8808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.046	5	655
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.38	23.347	242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.491	15	870
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.535	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	801
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	5930
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.367	1.5	3302
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.06	1.5	1317
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.686	2	5321
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.933	3	2048
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.547	4.5	1928

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1919	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
2380	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
1919	TIGHT THERMAL	0.63	5
2380	MEDIUM THERMAL	0.75	10

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.48	72	-
R_work	0.365	1413	-
all	-	1485	-
obs	-	-	94.71 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.5331	3.0096	0.4381	6.9639	0.611	11.2441	-0.1217	-0.316	-1.1335	-0.1724	-0.3517	-0.9855	1.3603	1.1584	0.4734	0.3991	0.3336	0.1103	0.6298	0.3947	0.7243	65.872	-3.777	1.204
2	8.4817	-0.1764	2.0355	1.9328	-1.0437	2.2669	0.083	-0.7679	-0.1736	0.0235	-0.277	0.0578	0.187	0.0279	0.1941	0.3759	0.186	0.0386	0.3578	0.0561	0.369	47.419	6.431	-1.925
3	3.2849	3.7309	2.1585	5.6131	2.2897	3.8373	-0.2241	-0.2242	-0.1551	-0.3947	0.0363	-0.195	0.6358	0.3435	0.1878	0.4825	0.2621	0.0826	0.1869	0.0742	0.3978	44.718	2.908	-19.296
4	5.3983	-4.7766	-0.409	6.682	-3.489	10.4118	0.3537	0.1401	-0.5867	-1.6237	-0.7874	0.1248	1.2346	0.3391	0.4337	0.6222	0.357	0.0236	0.5336	0.1868	0.449	56.73	5.091	-12.686
5	9.5161	-1.473	-1.7798	5.8202	-6.6834	8.5576	-0.8194	-1.0256	-1.1726	0.2981	0.2528	0.2985	1.0628	-0.1045	0.5666	0.9049	-0.0165	0.2328	0.7701	0.2306	0.6893	49.581	-10.145	12.706
6	6.9908	-1.4486	-1.3393	4.3578	-2.5111	6.1824	-0.2225	-1.2306	-0.3845	1.5239	0.4719	0.1824	-0.8141	-0.3388	-0.2494	0.5336	0.065	-0.0809	0.6885	-0.0916	0.3037	47.848	3.719	12.163
7	10.1159	-1.8464	-1.8517	6.2095	-2.5678	8.2594	-0.0763	1.771	-0.3674	-0.7061	0.4721	0.8305	0.7368	-2.1944	-0.3957	0.3998	-0.1897	-0.1437	1.4386	0.4697	0.5709	11.142	19.92	-40.728
8	8.6312	-0.7062	1.6203	1.1776	-1.2171	4.9243	0.3063	1.1456	0.4225	-0.1802	0.307	-0.1366	0.0364	-1.177	-0.6134	0.3334	0.0493	-0.0089	0.5655	0.3086	0.5369	20.861	22.594	-33.114
9	2.9829	-0.529	-1.6839	4.2888	-1.0799	3.0204	-0.0129	0.0795	0.1686	-0.3278	0.1706	0.082	0.3724	-0.0672	-0.1578	0.328	0.0687	-0.1219	0.1659	0.0742	0.3585	33.552	15.215	-25.614
10	2.2312	1.7953	-2.7959	4.796	-1.7949	9.7915	-0.2943	1.142	-0.3437	-0.9852	0.1267	-0.9203	2.241	-0.9005	0.1675	0.7816	-0.0632	-0.0908	0.9203	0.2976	0.6283	25.918	17.005	-41.287
11	14.8546	4.2925	4.0812	6.9576	1.0806	18.2123	-0.4018	1.6382	-0.122	-0.8915	0.3529	0.4524	-1.1882	-1.035	0.0489	0.7897	0.169	-0.0571	1.5689	0.5574	0.7102	18.785	29.916	-58.178
12	6.2983	2.6024	-0.4372	5.1212	-3.1975	2.2525	0.7809	0.6928	1.035	0.6216	-0.0001	0.2906	-1.4544	0.4652	-0.7809	0.5915	0.1826	0.3128	0.1311	0.2299	0.8372	32.181	33.697	-34.595

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	16 - 56
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	57 - 161
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	162 - 208
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	209 - 251
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	252 - 326
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	327 - 384
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	16 - 54
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	55 - 106
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	107 - 221
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	222 - 317
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	318 - 345
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	346 - 384

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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