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万見
- PDB-3hy6: Structure of human MTHFS with ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hy6
タイトルStructure of human MTHFS with ADP
要素5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase
キーワードLIGASE / antifolate / cancer / ADP / ATP-binding / Folate-binding / Magnesium / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


folic acid catabolic process / 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase / 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase activity / folic acid-containing compound biosynthetic process / formate metabolic process / glutamate metabolic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / folic acid binding / tetrahydrofolate interconversion ...folic acid catabolic process / 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase / 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase activity / folic acid-containing compound biosynthetic process / formate metabolic process / glutamate metabolic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / folic acid binding / tetrahydrofolate interconversion / folic acid metabolic process / mitochondrial matrix / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NagB/RpiA/CoA transferase-like / 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase / 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase family / 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase-like domain superfamily / NagB/RpiA transferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / NICKEL (II) ION / PHOSPHATE ION / 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wu, D. / Li, Y. / Song, G. / Cheng, C. / Shaw, N. / Liu, Z.-J.
引用ジャーナル: Cancer Res. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for the inhibition of human 5,10-methenyltetrahydrofolate synthetase by N10-substituted folate analogues
著者: Wu, D. / Li, Y. / Song, G. / Cheng, C. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Shaw, N. / Liu, Z.-J.
履歴
登録2009年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,28018
ポリマ－23,2901
非ポリマー99017
水2,648147
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase
ヘテロ分子

A: 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,55936
ポリマ－46,5792
非ポリマー1,98034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-1/21
Buried area5110 Å2
ΔGint-284 kcal/mol
Surface area19160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.511, 145.221, 59.655
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-240-

HOH

21A-332-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase / 5 / 10-methenyl-tetrahydrofolate synthetase / Methenyl-THF synthetase / MTHFS


分子量: 23289.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTHFS / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P49914, 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase

-
非ポリマー , 5種, 164分子

#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 100mM HEPES, pH6.6, 20mM MgCl2.6H2O, 20mM NiCl2.6H2O, 20% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→72.55 Å / Num. all: 12640 / Num. obs: 12552 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0066精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3HXT

3hxt


解像度: 2.1→46.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 6.42 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.278 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25527 610 4.9 %RANDOM
Rwork0.21535 ---
obs0.21728 11929 99.22 %-
all-12640 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.977 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.36 Å20 Å20 Å2
2--0.71 Å20 Å2
3----2.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1579 0 29 147 1755
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221628
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.281.9872187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4055199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.11823.55376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.08915310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9331515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2233
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.751.5993
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4421591
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2733635
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8464.5596
LS精密化 シェル解像度: 2.104→2.159 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 33 -
Rwork0.286 812 -
obs--92.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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