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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hwp
タイトルCrystal structure and computational analyses provide insights into the catalytic mechanism of 2, 4-diacetylphloroglucinol hydrolase PhlG from Pseudomonas fluorescens
要素PhlG
キーワードHYDROLASE / beta-grip fold
機能・相同性2,4-diacetylphloroglucinol hydrolase / DAPG hydrolase, PhiG domain / DAPG hydrolase PhiG domain / hydrolase activity / metal ion binding / NICKEL (II) ION / 2,4-diacetylphloroglucinol hydrolase
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者He, Y.-X. / Huang, L. / Xue, Y. / Fei, X. / Teng, Y.-B. / Zhou, C.-Z.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure and Computational Analyses Provide Insights into the Catalytic Mechanism of 2,4-Diacetylphloroglucinol Hydrolase PhlG from Pseudomonas fluorescens.
著者: He, Y.X. / Huang, L. / Xue, Y. / Fei, X. / Teng, Y.B. / Rubin-Pitel, S.B. / Zhao, H. / Zhou, C.Z.
履歴
登録2009年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22014年4月16日Group: Refinement description
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PhlG
B: PhlG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1936
ポリマ－70,9682
非ポリマー2254
水4,900272
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2790 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area23950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.785, 132.612, 95.059
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-297-

NI

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要素

#1: タンパク質 PhlG


分子量: 35484.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株: Pf-5 / 遺伝子: PhlG / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosseta (DE3) / 参照: UniProt: Q4K423
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.61 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 20% polyethylene glycol 4,000, 17% isopropanol, 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.9794, 0.9799, 0.9752
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月5日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.97991
30.97521
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 53600 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 23.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.447 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→25.991 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2174 2680 5.07 %
Rwork0.1899 --
obs0.1912 52895 98.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.435 Å2 / ksol: 0.367 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 75.63 Å2 / Biso mean: 27.544 Å2 / Biso min: 14.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.798 Å20 Å2-0 Å2
2--14.886 Å2-0 Å2
3----5.583 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25.991 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4682 0 4 272 4958
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064855
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.066591
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.041761
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074677
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005860
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.999-2.03530.26751140.23322420X-RAY DIFFRACTION91
2.0353-2.07440.23851310.22912513X-RAY DIFFRACTION95
2.0744-2.11670.27161170.2112629X-RAY DIFFRACTION97
2.1167-2.16280.22141670.19682572X-RAY DIFFRACTION99
2.1628-2.2130.24011520.19962601X-RAY DIFFRACTION99
2.213-2.26830.22671470.19142646X-RAY DIFFRACTION100
2.2683-2.32960.22151640.18612607X-RAY DIFFRACTION99
2.3296-2.39810.21481430.18972645X-RAY DIFFRACTION99
2.3981-2.47550.26351260.19912640X-RAY DIFFRACTION100
2.4755-2.56390.24411450.20212647X-RAY DIFFRACTION100
2.5639-2.66650.24841630.21522637X-RAY DIFFRACTION100
2.6665-2.78770.25851330.22382660X-RAY DIFFRACTION100
2.7877-2.93450.24121460.20992669X-RAY DIFFRACTION99
2.9345-3.1180.23551400.21042649X-RAY DIFFRACTION100
3.118-3.35830.19981460.19622685X-RAY DIFFRACTION100
3.3583-3.69540.20181470.17242671X-RAY DIFFRACTION100
3.6954-4.22820.161230.15122726X-RAY DIFFRACTION100
4.2282-5.31950.16431420.15152747X-RAY DIFFRACTION100
5.3195-25.99310.19851340.18072851X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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