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万見
- PDB-3hv8: Crystal structure of FimX EAL domain from Pseudomonas aeruginosa ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hv8
タイトルCrystal structure of FimX EAL domain from Pseudomonas aeruginosa bound to c-di-GMP
要素Protein FimX
キーワードHYDROLASE / EAL phosphodiesterase / biofilm / c-di-GMP
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of single-species biofilm formation / cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase activity / phosphorelay signal transduction system / nucleotide binding / regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
EAL domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. ...EAL domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.445 Å
データ登録者Navarro, M.V.A.S. / De, N. / Bae, N. / Sondermann, H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structural analysis of the GGDEF-EAL domain-containing c-di-GMP receptor FimX.
著者: Navarro, M.V. / De, N. / Bae, N. / Wang, Q. / Sondermann, H.
履歴
登録2009年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月21日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein FimX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0122
ポリマ－29,3211
非ポリマー6901
水5,729318
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.950, 93.950, 68.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Protein FimX


分子量: 29321.281 Da / 分子数: 1 / 断片: EAL domain: UNP residues 429-691 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: fimX, PA4959 / プラスミド: ppSUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9HUK6, cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase
#2: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: Ammonium sulfate, PEG 8000, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月2日
放射モノクロメーター: Si(111) Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.445→42.1 Å / Num. all: 54448 / Num. obs: 54441 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 1.445→1.56 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.619 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 8121 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3HVB

3hvb
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.445→26.54 Å / SU ML: 0.89 / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2118 2765 5.08 %RANDOM
Rwork0.1915 ---
all0.1956 55333 --
obs0.1925 54441 98.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 73.618 Å2 / ksol: 0.389 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.445→26.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1889 0 46 318 2253
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.171
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.445-1.46960.31521190.29462067X-RAY DIFFRACTION80
1.4696-1.49630.2631310.25392475X-RAY DIFFRACTION96
1.4963-1.52510.28381460.25362562X-RAY DIFFRACTION99
1.5251-1.55620.2771240.24012585X-RAY DIFFRACTION99
1.5562-1.590.27121310.23052601X-RAY DIFFRACTION100
1.59-1.6270.25931580.23692519X-RAY DIFFRACTION100
1.627-1.66770.24241520.22062571X-RAY DIFFRACTION100
1.6677-1.71280.24451410.21352611X-RAY DIFFRACTION100
1.7128-1.76320.22541430.20882567X-RAY DIFFRACTION100
1.7632-1.82010.22251250.20212615X-RAY DIFFRACTION100
1.8201-1.88510.23111470.20352586X-RAY DIFFRACTION100
1.8851-1.96050.21021160.19582647X-RAY DIFFRACTION100
1.9605-2.04970.22031570.18992591X-RAY DIFFRACTION100
2.0497-2.15780.2141250.18652632X-RAY DIFFRACTION100
2.1578-2.29290.19471500.18352617X-RAY DIFFRACTION100
2.2929-2.46980.20471220.1892661X-RAY DIFFRACTION100
2.4698-2.71810.2311700.19572621X-RAY DIFFRACTION100
2.7181-3.11090.18671420.17972681X-RAY DIFFRACTION100
3.1109-3.91740.18861410.16092702X-RAY DIFFRACTION100
3.9174-26.540.17631250.17432765X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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