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- PDB-3hup: High-resolution structure of the extracellular domain of human CD69 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hup
タイトルHigh-resolution structure of the extracellular domain of human CD69
要素Early activation antigen CD69
キーワードIMMUNE SYSTEM / C-TYPE LECTIN-LIKE DOMAIN / Disulfide bond / Glycoprotein / Lectin / Membrane / Phosphoprotein / Signal-anchor / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane signaling receptor activity / cellular response to xenobiotic stimulus / carbohydrate binding / external side of plasma membrane / protein-containing complex / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Early activation antigen CD69
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / ISOMORPHOUS / 解像度: 1.371 Å
データ登録者Kolenko, P. / Dohnalek, J. / Skalova, T. / Hasek, J. / Duskova, J. / Vanek, O. / Bezouska, K.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: The high-resolution structure of the extracellular domain of human CD69 using a novel polymer
著者: Kolenko, P. / Skalova, T. / Vanek, O. / Stepankova, A. / Duskova, J. / Hasek, J. / Bezouska, K. / Dohnalek, J.
履歴
登録2009年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Early activation antigen CD69
B: Early activation antigen CD69
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4928
ポリマ－30,2922
非ポリマー2006
水5,134285
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area11880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.067, 86.067, 61.975
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Early activation antigen CD69 / Early T-cell activation antigen p60 / GP32/28 / Leu-23 / MLR-3 / EA1 / BL-AC/P26 / Activation ...Early T-cell activation antigen p60 / GP32/28 / Leu-23 / MLR-3 / EA1 / BL-AC/P26 / Activation inducer molecule / AIM


分子量: 15145.969 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, UNP residues 70-199 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: REFOLDING / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD69 / プラスミド: pRSETB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q07108
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.77 %
結晶化温度: 301 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 30% di[polyethyleneglycol]adipate (MW 900), 0.1M Imidazole pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 301K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月18日 / 詳細: 2 mirrors and a double-crystal monochromator
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h-k,k,-l / Fraction: 0.113
反射解像度: 1.37→30 Å / Num. all: 51840 / Num. obs: 51840 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 16.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 34.1
反射 シェル解像度: 1.37→1.4 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2576 / % possible all: 65.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.4_82) - twin refinement精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: ISOMORPHOUS
開始モデル: PDB ENTRY 3CCK

3cck


解像度: 1.371→28.172 Å / FOM work R set: 0.873 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 20.51 / 立体化学のターゲット値: CCP4 MONOMER LIBRARY / 詳細: twin refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1836 1982 3.99 %RANDOM
Rwork0.1331 ---
obs0.1351 49718 90.69 %-
all-51820 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.242 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 92.94 Å2 / Biso mean: 24.7 Å2 / Biso min: 8.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.112 Å2-0 Å20 Å2
2---2.112 Å2-0 Å2
3---4.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.371→28.172 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1964 0 6 285 2255
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092184
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1142970
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085290
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004381
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.284818
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.371-1.40530.2393820.24022110211054
1.4053-1.44330.2691990.24162548254866
1.4433-1.48570.24211380.21753366336687
1.4857-1.53370.21821340.21653351335186
1.5337-1.58850.22421410.19293489348989
1.5885-1.6520.23341440.18633539353991
1.652-1.72720.20921370.17433565356592
1.7272-1.81820.1991450.17323626362692
1.8182-1.9320.19931440.1693539353991
1.932-2.08110.16541450.14863650365094
2.0811-2.29030.19611500.13083660366094
2.2903-2.62110.18391530.12833711371194
2.6211-3.30020.16931580.10033760376095
3.3002-20.6750.15861530.0913830383096

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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