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- PDB-1fm5: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CD69 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fm5
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CD69
要素EARLY ACTIVATION ANTIGEN CD69
キーワードIMMUNE SYSTEM / C-type Lectin-Like Domain / Natural Killer cell receptor / lectin / C-type Lectin
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane signaling receptor activity / cellular response to xenobiotic stimulus / carbohydrate binding / external side of plasma membrane / protein-containing complex / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Early activation antigen CD69
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Natarajan, K. / Sawicki, M.W. / Margulies, D.H. / Mariuzza, R.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of human CD69: a C-type lectin-like activation marker of hematopoietic cells.
著者: Natarajan, K. / Sawicki, M.W. / Margulies, D.H. / Mariuzza, R.A.
履歴
登録2000年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32016年9月21日Group: Structure summary

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EARLY ACTIVATION ANTIGEN CD69


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0981
ポリマ－16,0981
非ポリマー00
水2,306128
1
A: EARLY ACTIVATION ANTIGEN CD69

A: EARLY ACTIVATION ANTIGEN CD69


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1962
ポリマ－32,1962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_665-x+1,-x+y+1,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)48.2, 48.2, 117.9
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number152
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3121
詳細The biological assembly is a disulfide linked homodimer

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要素

#1: タンパク質 EARLY ACTIVATION ANTIGEN CD69 / EARLY T-CELL ACTIVATION ANTIGEN P6 / GP32/28 / LEU-23 / MLR-3 / EA1 / BL-AC/P26 / ACTIVATION ...EARLY T-CELL ACTIVATION ANTIGEN P6 / GP32/28 / LEU-23 / MLR-3 / EA1 / BL-AC/P26 / ACTIVATION INDUCER MOLECULE / AIM


分子量: 16098.035 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TYPE LECTIN-LIKE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET21A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07108
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.92 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Sodium Acetate, pH 4.5, 0.2M Zinc Acetate, 20% PEG 1000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
詳細: drop was mixed with an equal volume of reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
17 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES1drop
3100 mM1dropNaCl
40.1 Msodium acetate1reservoir
50.2 Mzinc acetate1reservoir
620 %PEG10001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.08
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→50 Å / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2.27→2.35 Å / Rmerge(I) obs: 0.306 / % possible all: 86.5
反射
*PLUS
Num. obs: 13674 / Num. measured all: 36807
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 86.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化解像度: 2.27→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.299 354 5.4 %Random
Rwork0.243 ---
all-7836 --
obs-6598 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数962 0 0 128 1090
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.38
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0069
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.76
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.27 Å / 最低解像度: 2.35 Å / Rfactor Rfree: 0.309 / Rfactor Rwork: 0.288

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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