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万見
- PDB-3hug: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis anti-sigma factor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hug
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis anti-sigma factor RslA in complex with -35 promoter binding domain of sigL
要素
  • PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN
  • RNA polymerase sigma factor
キーワードTranscription/MEMBRANE PROTEIN / ECF sigma factor / Zinc binding anti-sigma factor / oxidative stress / transcription regulation / DNA binding / metal binding / HXXXCXXC motif / DNA-binding / Sigma factor / Transcription / Transcription-MEMBRANE PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor antagonist activity / sigma factor activity / : / DNA-templated transcription initiation / membrane => GO:0016020 / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Anti-sigma factor, zinc-finger domain / Putative zinc-finger / Putative zinc-finger / RNA polymerase sigma factor 70, ECF, conserved site / Sigma-70 factors ECF subfamily signature. / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain ...Anti-sigma factor, zinc-finger domain / Putative zinc-finger / Putative zinc-finger / RNA polymerase sigma factor 70, ECF, conserved site / Sigma-70 factors ECF subfamily signature. / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ECF RNA polymerase sigma factor SigL / Anti-sigma-L factor RslA / Anti-sigma-L factor RslA / ECF RNA polymerase sigma factor SigL
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Thakur, K.G. / Gopal, B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural and biochemical bases for the redox sensitivity of Mycobacterium tuberculosis RslA
著者: Thakur, K.G. / Praveena, T. / Gopal, B.
履歴
登録2009年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年9月28日Group: Database references / Refinement description
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase sigma factor
B: PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN
C: RNA polymerase sigma factor
D: PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN
E: RNA polymerase sigma factor
F: PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN
G: RNA polymerase sigma factor
H: PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN
I: RNA polymerase sigma factor
J: PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN
K: RNA polymerase sigma factor
L: PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN
M: RNA polymerase sigma factor
N: PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN
O: RNA polymerase sigma factor
P: PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN
Q: RNA polymerase sigma factor
R: PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN
S: RNA polymerase sigma factor
T: PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,45640
ポリマ－215,84220
非ポリマー1,61520
水4,846269
1
A: RNA polymerase sigma factor
B: PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN
C: RNA polymerase sigma factor
D: PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4918
ポリマ－43,1684
非ポリマー3234
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8360 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area12670 Å2
手法PISA
2
E: RNA polymerase sigma factor
F: PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN
G: RNA polymerase sigma factor
H: PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3957
ポリマ－43,1684
非ポリマー2273
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7340 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area11950 Å2
手法PISA
3
I: RNA polymerase sigma factor
J: PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN
K: RNA polymerase sigma factor
L: PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5879
ポリマ－43,1684
非ポリマー4195
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7860 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area12620 Å2
手法PISA
4
M: RNA polymerase sigma factor
N: PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN
O: RNA polymerase sigma factor
P: PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4918
ポリマ－43,1684
非ポリマー3234
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7850 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area12040 Å2
手法PISA
5
Q: RNA polymerase sigma factor
R: PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN
S: RNA polymerase sigma factor
T: PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4918
ポリマ－43,1684
非ポリマー3234
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8080 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area12520 Å2
手法PISA
6


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.070, 166.770, 178.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
RNA polymerase sigma factor


分子量: 10249.418 Da / 分子数: 10
断片: -35 promoter binding region of SigL, UNP residues 99-177
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: sigL / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q7D9D4, UniProt: P9WGH5*PLUS
#2: タンパク質
PROBABLE CONSERVED MEMBRANE PROTEIN / Putative uncharacterized protein


分子量: 11334.758 Da / 分子数: 10
断片: SigL interacting Zinc binding cystosolic domain of RslA, UNP residues 1-108
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: RslA (Rv0736) / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q7D9D3, UniProt: P9WJ67*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.0-1.2M Ammonium Sulphate, 0.1M Bis Tris Propane, 0.5-5% peg 8000 , pH 7.0-7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
PH範囲: 7.0-7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→44.72 Å / Num. obs: 103640 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 60924

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0066精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.35→41.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 14.094 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.078 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26014 5174 5 %RANDOM
Rwork0.21089 ---
obs0.21332 98462 99.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.425 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.9 Å2-0 Å20 Å2
2---2.03 Å20 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→41.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10423 0 60 269 10752
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02110543
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3841.95514323
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.90951349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.33822.084475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.036151646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.88115123
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.21662
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027961
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8241.56747
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.508210626
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.00533796
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2694.53694
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.286310543
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.1423288
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.151310392
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 394 -
Rwork0.273 7192 -
obs--99.97 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -10.729 Å / Origin y: 152.037 Å / Origin z: 28.625 Å
111213212223313233
T0.0057 Å2-0.0004 Å20.0013 Å2-0.0022 Å2-0.0016 Å2--0.0033 Å2
L0.0182 °2-0.0116 °2-0.0051 °2-0.2006 °20.1037 °2--0.2935 °2
S0.0054 Å °-0.0014 Å °-0.0024 Å °0.0065 Å °0.0196 Å °-0.0101 Å °-0.0252 Å °0.0178 Å °-0.0251 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A98 - 177
2X-RAY DIFFRACTION1B25 - 86
3X-RAY DIFFRACTION1C101 - 177
4X-RAY DIFFRACTION1D24 - 85
5X-RAY DIFFRACTION1E105 - 177
6X-RAY DIFFRACTION1F24 - 79
7X-RAY DIFFRACTION1G104 - 177
8X-RAY DIFFRACTION1H24 - 84
9X-RAY DIFFRACTION1I104 - 177
10X-RAY DIFFRACTION1J24 - 87
11X-RAY DIFFRACTION1K107 - 177
12X-RAY DIFFRACTION1L24 - 86
13X-RAY DIFFRACTION1M104 - 177
14X-RAY DIFFRACTION1N24 - 84
15X-RAY DIFFRACTION1O105 - 177
16X-RAY DIFFRACTION1P24 - 83
17X-RAY DIFFRACTION1Q101 - 177
18X-RAY DIFFRACTION1R24 - 86
19X-RAY DIFFRACTION1S105 - 177
20X-RAY DIFFRACTION1T24 - 85

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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