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- PDB-3hs0: Cobra Venom Factor (CVF) in complex with human factor B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hs0
タイトルCobra Venom Factor (CVF) in complex with human factor B
要素
  • (Cobra venom factor) x 3
  • Complement factor B
キーワードIMMUNE SYSTEM / serine protease / glycosilated / multi-domain / complement system / convertase / Complement alternate pathway / Complement pathway / Disulfide bond / Glycoprotein / Immune response / Inflammatory response / Innate immunity / Secreted / Thioester bond / Cleavage on pair of basic residues / Glycation / Hydrolase / Protease / Sushi / Zymogen
機能・相同性
機能・相同性情報


alternative-complement-pathway C3/C5 convertase / complement binding / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / complement activation / complement activation, alternative pathway / endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Complement cascade / response to bacterium / toxin activity ...alternative-complement-pathway C3/C5 convertase / complement binding / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / complement activation / complement activation, alternative pathway / endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Complement cascade / response to bacterium / toxin activity / blood microparticle / inflammatory response / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ubp-family deubiquitinating enzyme fold - #20 / N-terminal domain of TfIIb - #160 / Complement factor B / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases - #20 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain / Complement B/C2 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases / Macroglobulin (MG2) domain / Immunoglobulin-like - #1940 / ubp-family deubiquitinating enzyme fold ...ubp-family deubiquitinating enzyme fold - #20 / N-terminal domain of TfIIb - #160 / Complement factor B / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases - #20 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain / Complement B/C2 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases / Macroglobulin (MG2) domain / Immunoglobulin-like - #1940 / ubp-family deubiquitinating enzyme fold / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #120 / N-terminal domain of TfIIb / Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Other non-globular / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / von Willebrand factor type A domain / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / Single Sheet / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Special / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Immunoglobulin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement factor B / Cobra venom factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Naja kaouthia (コブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Janssen, B.J.C. / Gomes, L. / Koning, R.I. / Svergun, D.I. / Koster, A.J. / Fritzinger, D.C. / Vogel, C.-W. / Gros, P.
引用ジャーナル: Embo J. / : 2009
タイトル: Insights into complement convertase formation based on the structure of the factor B-cobra venom factor complex
著者: Janssen, B.J. / Gomes, L. / Koning, R.I. / Svergun, D.I. / Koster, A.J. / Fritzinger, D.C. / Vogel, C.W. / Gros, P.
履歴
登録2009年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年3月31日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 2.22021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cobra venom factor
B: Cobra venom factor
C: Cobra venom factor
D: Complement factor B
F: Cobra venom factor
G: Cobra venom factor
H: Cobra venom factor
I: Complement factor B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)452,13821
ポリマ-449,6448
非ポリマー2,49413
1448
1
F: Cobra venom factor
G: Cobra venom factor
H: Cobra venom factor
I: Complement factor B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,95910
ポリマ-224,8224
非ポリマー1,1376
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21900 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area84870 Å2
手法PISA
2
A: Cobra venom factor
B: Cobra venom factor
C: Cobra venom factor
D: Complement factor B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,18011
ポリマ-224,8224
非ポリマー1,3587
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21840 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area84730 Å2
手法PISA
3
A: Cobra venom factor
B: Cobra venom factor
C: Cobra venom factor
D: Complement factor B
ヘテロ分子

F: Cobra venom factor
G: Cobra venom factor
H: Cobra venom factor
I: Complement factor B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)452,13821
ポリマ-449,6448
非ポリマー2,49413
1086
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_544-x,y-1/2,-z-1/21
Buried area45130 Å2
ΔGint-193 kcal/mol
Surface area168220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.026, 136.975, 283.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 AFBGCHDI

#1: タンパク質 Cobra venom factor / CVF / Complement C3 homolog / Cobra venom factor alpha chain / Cobra venom factor gamma chain / ...CVF / Complement C3 homolog / Cobra venom factor alpha chain / Cobra venom factor gamma chain / Cobra venom factor beta chain


分子量: 69581.984 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 23-649 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Cobra venom / 由来: (天然) Naja kaouthia (コブラ) / 参照: UniProt: Q91132
#2: タンパク質 Cobra venom factor / CVF / Complement C3 homolog / Cobra venom factor alpha chain / Cobra venom factor gamma chain / ...CVF / Complement C3 homolog / Cobra venom factor alpha chain / Cobra venom factor gamma chain / Cobra venom factor beta chain


分子量: 28418.568 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 733-984 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Cobra venom / 由来: (天然) Naja kaouthia (コブラ) / 参照: UniProt: Q91132
#3: タンパク質 Cobra venom factor / CVF / Complement C3 homolog / Cobra venom factor alpha chain / Cobra venom factor gamma chain / ...CVF / Complement C3 homolog / Cobra venom factor alpha chain / Cobra venom factor gamma chain / Cobra venom factor beta chain


分子量: 43626.547 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1264-1642 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Cobra venom / 由来: (天然) Naja kaouthia (コブラ) / 参照: UniProt: Q91132
#4: タンパク質 Complement factor B / C3/C5 convertase / Properdin factor B / Glycine-rich beta glycoprotein / GBG / PBF2 / Complement ...C3/C5 convertase / Properdin factor B / Glycine-rich beta glycoprotein / GBG / PBF2 / Complement factor B Ba fragment / Complement factor B Bb fragment


分子量: 83194.859 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 26-764 / Mutation: D279G,N285D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFB, BF, BFD / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P00751, alternative-complement-pathway C3/C5 convertase

-
, 2種, 9分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / : C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 12分子

#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: PEG 1500, 2,3 butanediol, malic acid 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid tris (hydroxymethyl)aminomethane buffer (MMT), pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9834 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9834 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→35 Å / Num. all: 105184 / Num. obs: 104868 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 80.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.555 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. measured all: 58990 / Num. unique all: 15157 / Rsym value: 0.555 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
DNAデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HRZ
解像度: 3→34.883 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.83 / SU ML: 0.32 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 2093 2 %random
Rwork0.189 ---
all0.19 105184 --
obs0.19 104789 99.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 24.409 Å2 / ksol: 0.255 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 305.5 Å2 / Biso mean: 89.093 Å2 / Biso min: 23.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→34.883 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30269 0 158 8 30435
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00431140
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88842196
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074754
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045405
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.65711431
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3-3.070.3561420.29467336875100
3.07-3.1470.3391350.27968086943100
3.147-3.2310.3551550.26367766931100
3.231-3.3260.3321340.25467696903100
3.326-3.4340.281250.23268476972100
3.434-3.5560.2691420.21167666908100
3.556-3.6990.2261420.268306972100
3.699-3.8670.2771420.1868016943100
3.867-4.070.2331520.17968336985100
4.07-4.3250.2031580.15768036961100
4.325-4.6580.21210.13868676988100
4.658-5.1260.1891260.13369097035100
5.126-5.8640.1861410.14569137054100
5.864-7.3770.2321470.17269687115100
7.377-34.8850.1941310.1657073720498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.16561.60410.94751.55060.12783.52750.6427-0.0814-0.3022-0.029-0.0424-0.4097-0.00381.367-0.53440.37880.0118-0.11110.8786-0.02250.5625-7.4915-13.04729.2871
22.35-0.32830.80373.7422-0.0575.1266-0.105-0.3721-0.09680.08540.2392-0.17690.07090.2881-0.10880.2607-0.00470.01640.30370.01060.2033-16.7841-2.3782-25.3737
31.12541.7281-1.63264.3888-2.74453.479-0.0710.03380.16220.0023-0.03010.12760.1316-0.46330.09770.2194-0.10190.04990.4074-0.01460.2937-49.921-1.0714-30.6163
44.8952-0.16533.15152.6124-0.82761.3450.2651-0.8819-0.3880.3301-0.14050.1303-0.3141-0.1493-0.11260.3463-0.13110.03640.86520.06490.3137-47.9714-10.20652.6795
54.275-0.65382.57512.5133-3.30553.53230.4215-1.6005-0.14770.43670.11530.078-0.619-0.8614-0.42340.4336-0.2101-0.03441.01540.06270.2121-28.8385-6.282316.0272
63.0241-0.2176-0.59792.1929-0.77662.10410.013-0.45540.29010.32090.13820.0384-0.21770.151-0.09240.3854-0.05230.0590.3172-0.12930.2869-23.067918.9522-19.1359
70.51210.75250.40040.3132-0.54791.89950.449-0.0615-0.3538-0.02280.12610.0585-0.13910.0263-0.25910.24180.0196-0.07360.4349-0.07910.3193-25.8648-10.6181-3.445
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resseq 1:101A1 - 101
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resseq 102:199 or resseq 187:187)A102 - 199
3X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resseq 102:199 or resseq 187:187)A187
4X-RAY DIFFRACTION3chain A and resseq 200:318A200 - 318
5X-RAY DIFFRACTION4chain A and resseq 319:412A319 - 412
6X-RAY DIFFRACTION5chain A and resseq 413:520A413 - 520
7X-RAY DIFFRACTION6(chain A or chain B) and (resseq 521:559 or resseq 729:789)A0
8X-RAY DIFFRACTION7chain A and resseq 560:627A560 - 627
9X-RAY DIFFRACTION8chain B and resseq 711:728B711 - 728
10X-RAY DIFFRACTION9chain B and resseq 790:896B790 - 896
11X-RAY DIFFRACTION10(chain B or chain C) and (resseq 897:946 or resseq 1251:1313)B0
12X-RAY DIFFRACTION11chain C and (resseq 1314:1452 or resseq 1324:1324)C1314 - 1452
13X-RAY DIFFRACTION11chain C and (resseq 1314:1452 or resseq 1324:1324)C1324
14X-RAY DIFFRACTION12chain C and resseq 1453:1475C1453 - 1475
15X-RAY DIFFRACTION13chain C and resseq 1476:1620C1476 - 1620
16X-RAY DIFFRACTION14chain D and resseq 1:75D1 - 75
17X-RAY DIFFRACTION15chain D and (resseq 76:199 or resseq 9097:9099 or resseq 9117:9118)D76 - 199
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23X-RAY DIFFRACTION18chain F and resseq 1:101F1 - 101
24X-RAY DIFFRACTION19chain F and (resseq 102:199 or resseq 187:187)F102 - 199
25X-RAY DIFFRACTION19chain F and (resseq 102:199 or resseq 187:187)F187
26X-RAY DIFFRACTION20chain F and resseq 200:318F200 - 318
27X-RAY DIFFRACTION21chain F and resseq 319:412F319 - 412
28X-RAY DIFFRACTION22chain F and resseq 413:520F413 - 520
29X-RAY DIFFRACTION23(chain F or chain G) and (resseq 521:559 or resseq 729:789)F0
30X-RAY DIFFRACTION24chain F and resseq 560:627F560 - 627
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34X-RAY DIFFRACTION28chain H and (resseq 1314:1452 or resseq 1324:1324)H1314 - 1452
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36X-RAY DIFFRACTION29chain H and resseq 1453:1475H1453 - 1475
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39X-RAY DIFFRACTION32chain I and (resseq 76:199 or resseq 9097:9099 or resseq 9117:9118)I76 - 199
40X-RAY DIFFRACTION32chain I and (resseq 76:199 or resseq 9097:9099 or resseq 9117:9118)I9097 - 9099
41X-RAY DIFFRACTION32chain I and (resseq 76:199 or resseq 9097:9099 or resseq 9117:9118)I9117 - 9118
42X-RAY DIFFRACTION33chain I and (resseq 200:449 or resseq 9353:9353)I200 - 449
43X-RAY DIFFRACTION33chain I and (resseq 200:449 or resseq 9353:9353)I9353
44X-RAY DIFFRACTION34chain I and resseq 450:742I450 - 742

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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