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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3hrz | |||||||||
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Title | Cobra Venom Factor (CVF) in complex with human factor B | |||||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / serine protease / glycosilated / multi-domain / complement system / convertase / Complement alternate pathway / Complement pathway / Disulfide bond / Glycoprotein / Immune response / Inflammatory response / Innate immunity / Secreted / Thioester bond / Cleavage on pair of basic residues / Glycation / Hydrolase / Protease / Sushi / Zymogen | |||||||||
Function / homology | ![]() alternative-complement-pathway C3/C5 convertase / classical-complement-pathway C3/C5 convertase complex / complement binding / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / complement activation, alternative pathway / complement activation / endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Complement cascade / response to bacterium ...alternative-complement-pathway C3/C5 convertase / classical-complement-pathway C3/C5 convertase complex / complement binding / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / complement activation, alternative pathway / complement activation / endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Complement cascade / response to bacterium / toxin activity / blood microparticle / inflammatory response / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Janssen, B.J.C. / Gomes, L. / Koning, R.I. / Svergun, D.I. / Koster, A.J. / Fritzinger, D.C. / Vogel, C.-W. / Gros, P. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Insights into complement convertase formation based on the structure of the factor B-cobra venom factor complex Authors: Janssen, B.J. / Gomes, L. / Koning, R.I. / Svergun, D.I. / Koster, A.J. / Fritzinger, D.C. / Vogel, C.W. / Gros, P. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 647.3 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 75.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 106.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3hs0C ![]() 2i07S ![]() 2ok5S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 4 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 69581.984 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: residues 23-649 / Source method: isolated from a natural source / Details: Cobra venom / Source: (natural) ![]() |
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#2: Protein | Mass: 28418.568 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: residues 733-984 / Source method: isolated from a natural source / Details: Cobra venom / Source: (natural) ![]() |
#3: Protein | Mass: 43626.547 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: residues 1264-1642 / Source method: isolated from a natural source / Details: Cobra venom / Source: (natural) ![]() |
#4: Protein | Mass: 83194.859 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: residues 26-764 / Mutation: D279G,N285D Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: P00751, alternative-complement-pathway C3/C5 convertase |
-Sugars , 2 types, 4 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
#5: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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#6: Sugar |
-Non-polymers , 5 types, 761 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/P6G.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/P6G.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-K / | #9: Chemical | #10: Chemical | ChemComp-PO4 / #11: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 54.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: PEG 3350, PEG 400, Na/K Phosphate, Bis-Tris propane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 15, 2008 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9834 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→34 Å / Num. all: 124437 / Num. obs: 123939 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 34.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 11.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.32 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.602 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. measured all: 67190 / Num. unique all: 17889 / Rsym value: 0.602 / % possible all: 99.3 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2OK5 and 2I07 Resolution: 2.2→33.487 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.846 / SU ML: 0.3 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.34 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.48 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 142.3 Å2 / Biso mean: 44.995 Å2 / Biso min: 13.73 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→33.487 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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