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- PDB-3hrl: Crystal structure of a putative endonuclease-like protein (ngo005... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hrl
タイトルCrystal structure of a putative endonuclease-like protein (ngo0050) from neisseria gonorrhoeae
要素Endonuclease-Like Protein
キーワードstructural genomics / unknown function / ENDONUCLEASE / NEISSERIA GONORRHOEAE / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性: / Domain of unknown function DUF559 / Protein of unknown function (DUF559) / Restriction endonuclease type II-like / DNA (Cytosine-5-)-methyltransferase
機能・相同性情報
生物種Neisseria gonorrhoeae FA 1090 (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a Putative Endonuclease-Like Protein (Ngo0050) from Neisseria Gonorrhoeae
著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F.
履歴
登録2009年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endonuclease-Like Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2512
ポリマ－12,2151
非ポリマー351
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.922, 52.922, 102.295
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Endonuclease-Like Protein


分子量: 12215.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae FA 1090 (淋菌)
遺伝子: NGO0050 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21magic / 参照: UniProt: Q5FAH0
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.67 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3M NaCl, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 / 波長: 0.97872 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2009年5月29日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→22.33 Å / Num. all: 23330 / Num. obs: 23330 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 21.712
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.353 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Rsym value: 0.353 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
SHELXD位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
REFMAC5.5.0051精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→22.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 5.694 / SU ML: 0.077 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 604 4.8 %RANDOM
Rwork0.18316 ---
obs0.18521 11984 99.83 %-
all-12588 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.925 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.65 Å20.82 Å20 Å2
2--1.65 Å20 Å2
3----2.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→22.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数775 0 1 105 881
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.022790
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02539
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6151.9411066
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90131301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.733592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.823.57142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.22315141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.846157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2117
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02867
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02170
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0871.5465
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3141.5190
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9972746
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5293325
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.934.5320
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 37 -
Rwork0.19 839 -
obs--98.65 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 34.4501 Å / Origin y: 22.4862 Å / Origin z: 20.4432 Å
111213212223313233
T0.0517 Å20.0085 Å20.0086 Å2-0.0852 Å20.0165 Å2--0.0103 Å2
L2.8971 °20.542 °20.9626 °2-0.9887 °20.4558 °2--1.4877 °2
S-0.0131 Å °0.1571 Å °-0.0196 Å °-0.0458 Å °0.0904 Å °0.0156 Å °-0.0181 Å °0.0068 Å °-0.0773 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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