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- PDB-3eod: Crystal structure of N-terminal domain of E. coli RssB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eod
タイトルCrystal structure of N-terminal domain of E. coli RssB
要素Protein hnr
キーワードSIGNALING PROTEIN / response regulator / Phosphoprotein / Two-component regulatory system
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor antagonist activity / sigma factor antagonist complex / phosphorelay response regulator activity / positive regulation of proteolysis / protein destabilization / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能
Regulator of RpoS / : / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Rossmann fold ...Regulator of RpoS / : / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Levchenko, I. / Grant, R.A. / Sauer, R.T. / Baker, T.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The structure of RssB, a ClpX adaptor protein that regulates sigma S
著者: Levchenko, I. / Grant, R.A. / Sauer, R.T. / Baker, T.A.
履歴
登録2008年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein hnr


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3881
ポリマ－14,3881
非ポリマー00
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.114, 45.114, 96.797
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-178-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein hnr


分子量: 14387.857 Da / 分子数: 1 / 断片: Response regulatory domain, UNP residues 1-130 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 遺伝子: b1235, hnr, JW1223, rssb, ychL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEV1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.75
詳細: 0.1 M Tris-HCl, 0.2 Na Acetate, 1 mM DTT, 28% PEG3350, 1.9 mg/ml protein, pH 8.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97932,1.0070,1.0087
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月5日
放射モノクロメーター: crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979321
21.0071
31.00871
Reflection冗長度: 9.5 % / Av σ(I) over netI: 80.73 / 数: 88255 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 1.26 / D res high: 2.35 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 9277 / % possible obs: 99.2
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.065096.510.0562.2919.4
4.025.0698.810.0632.2889.8
3.514.0299.810.0732.03710.2
3.193.5110010.0731.49110.1
2.963.1910010.0881.15210
2.792.9610010.1180.8099.9
2.652.7910010.1570.6949.8
2.532.6599.910.2020.5849.5
2.432.5399.510.2560.4768.9
2.352.4397.410.3230.4767.6
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 12003 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 38.6 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 1.3 / Net I/σ(I): 80.733
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.75-1.8123.50.46411460.4498
1.81-1.8937.20.35611730.49199.7
1.89-1.9742.20.24711920.64199.7
1.97-2.0742.80.16811780.78499.7
2.07-2.242.90.12211910.99199.9
2.2-2.3842.70.09412081.285100
2.38-2.6142.40.07712001.492100
2.61-2.9941.90.07112211.966100
2.99-3.7739.10.05912342.52799.9
3.77-5031.30.04412602.09194.8

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
直接法位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.75→39.07 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.14 / FOM work R set: 0.825 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1221 10.3 %random
Rwork0.224 ---
all0.999 ---
obs0.227 11854 98.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 119.35 Å2 / Biso mean: 58.925 Å2 / Biso min: 29.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.386 Å2-0 Å2-0 Å2
2---5.386 Å20 Å2
3----15.913 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→39.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数941 0 0 52 993
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004961
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8391315
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05162
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004169
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.33380
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.75-1.820.2881210.2461095121694
1.82-1.9020.2711380.2311150128897
1.902-2.0030.2871360.2171149128599
2.003-2.1280.2251340.2111180131499
2.128-2.2920.261340.20411901324100
2.292-2.5230.2641090.21612261335100
2.523-2.8880.2591430.23411921335100
2.888-3.6380.2441420.21312241366100
3.638-39.080.261640.2281227139195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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