PDB-3hrl: Crystal structure of a putative endonuclease-like protein (ngo005...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hrl

タイトル

Crystal structure of a putative endonuclease-like protein (ngo0050) from neisseria gonorrhoeae

要素

Endonuclease-Like Protein

キーワード

structural genomics (構造ゲノミクス) / unknown function /

ENDONUCLEASE (エンドヌクレアーゼ) /

NEISSERIA GONORRHOEAE (淋菌) / PSI-2 /

Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

Domain of unknown function DUF559 / Protein of unknown function (DUF559) / Restriction endonuclease type II-like /

methyltransferase activity /

メチル化 /

DNAメチルトランスフェラーゼ

機能・相同性情報

生物種

Neisseria gonorrhoeae FA 1090 (淋菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a Putative Endonuclease-Like Protein (Ngo0050) from Neisseria Gonorrhoeae
著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2009年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hrl.cif.gz	30.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hrl.ent.gz	22.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hrl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/3hrl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/3hrl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1h4x-2 2es9-d 4v2z-2 3eod-d 2qgv-3 4j5k-1 4hua-d 2p2e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: apc63439.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#8 - 2000年8月制限酵素 (Restriction Enzymes) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endonuclease-Like Protein

ヘテロ分子

12.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.922, 52.922, 102.295
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Endonuclease-Like Protein 分子量: 12215.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae FA 1090 (淋菌) 遺伝子: NGO0050 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21magic / 参照: UniProt: Q5FAH0
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.67 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 3M NaCl, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 / 波長: 0.97872 Å
検出器	検出器: CCD / 日付: 2009年5月29日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→22.33 Å / Num. all: 23330 / Num. obs: 23330 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.07 / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 21.712
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.353 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / R_sym value: 0.353 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
SHELXD		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築
REFMAC	5.5.0051	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→22.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 5.694 / SU ML: 0.077 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.226	604	4.8 %	RANDOM
R_work	0.18316	-	-	-
obs	0.18521	11984	99.83 %	-
all	-	12588	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.925 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.65 Å²	0.82 Å²	0 Å²
2-	-	1.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→22.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	775	0	1	105	881

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	790
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	539
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.615	1.941	1066
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.901	3	1301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.733	5	92
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.8	23.571	42
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.223	15	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.846	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	117
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	867
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	170
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.087	1.5	465
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.314	1.5	190
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.997	2	746
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.529	3	325
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.93	4.5	320
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.265	37	-
R_work	0.19	839	-
obs	-	-	98.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 34.4501 Å / Origin y: 22.4862 Å / Origin z: 20.4432 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0517 Å²	0.0085 Å²	0.0086 Å²	-	0.0852 Å²	0.0165 Å²	-	-	0.0103 Å²
L	2.8971 °²	0.542 °²	0.9626 °²	-	0.9887 °²	0.4558 °²	-	-	1.4877 °²
S	-0.0131 Å °	0.1571 Å °	-0.0196 Å °	-0.0458 Å °	0.0904 Å °	0.0156 Å °	-0.0181 Å °	0.0068 Å °	-0.0773 Å °

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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