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万見
- PDB-3hqr: PHD2:Mn:NOG:HIF1-alpha substrate complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hqr
タイトルPHD2:Mn:NOG:HIF1-alpha substrate complex
要素
  • Egl nine homolog 1
  • Hypoxia-inducible factor 1 alpha
キーワードOXIDOREDUCTASE/TRANSCRIPTION / double stranded beta-helix / Alternative splicing / Congenital erythrocytosis / Dioxygenase / Disease mutation / Iron / Metal-binding / Oxidoreductase / Vitamin C / Zinc / Zinc-finger / Activator / Cytoplasm / DNA-binding / Hydroxylation / Isopeptide bond / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism / S-nitrosylation / Transcription / Transcription regulation / Ubl conjugation / OXIDOREDUCTASE-TRANSCRIPTION COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / neural fold elevation formation / iris morphogenesis / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / glandular epithelial cell maturation / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / elastin metabolic process / peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase ...epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / neural fold elevation formation / iris morphogenesis / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / glandular epithelial cell maturation / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / elastin metabolic process / peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / regulation of transforming growth factor beta2 production / peptidyl-proline dioxygenase activity / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / hemoglobin biosynthetic process / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / cardiac ventricle morphogenesis / positive regulation of hormone biosynthetic process / retina vasculature development in camera-type eye / intestinal epithelial cell maturation / Cellular response to hypoxia / negative regulation of growth / regulation protein catabolic process at postsynapse / mesenchymal cell apoptotic process / positive regulation of mitophagy / regulation of protein neddylation / PTK6 Expression / negative regulation of bone mineralization / intracellular oxygen homeostasis / collagen metabolic process / B-1 B cell homeostasis / vascular endothelial growth factor production / labyrinthine layer development / cardiac muscle tissue morphogenesis / dopaminergic neuron differentiation / heart trabecula formation / transcription regulator activator activity / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / lactate metabolic process / regulation of modification of postsynaptic structure / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / negative regulation of thymocyte apoptotic process / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / motile cilium / negative regulation of TOR signaling / L-ascorbic acid binding / positive regulation of signaling receptor activity / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / response to iron ion / response to muscle activity / regulation of glycolytic process / neural crest cell migration / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / embryonic hemopoiesis / DNA-binding transcription activator activity / DNA-binding transcription repressor activity / PTK6 promotes HIF1A stabilization / digestive tract morphogenesis / response to nitric oxide / regulation of aerobic respiration / ventricular septum morphogenesis / muscle cell cellular homeostasis / bone mineralization / positive regulation of neuroblast proliferation / positive regulation of epithelial cell migration / axonal transport of mitochondrion / heart looping / E-box binding / intracellular glucose homeostasis / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / outflow tract morphogenesis / cellular response to interleukin-1 / epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / neuroblast proliferation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / embryonic placenta development / TOR signaling / regulation of angiogenesis / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chondrocyte differentiation / positive regulation of chemokine production / axon cytoplasm / positive regulation of endothelial cell proliferation / lactation / positive regulation of erythrocyte differentiation / positive regulation of glycolytic process / negative regulation of miRNA transcription / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / response to reactive oxygen species / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Hsp90 protein binding / ferrous iron binding / visual learning / euchromatin / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
Hypoxia-inducible factor-1 alpha / : / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / PAS fold-3 / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit ...Hypoxia-inducible factor-1 alpha / : / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / PAS fold-3 / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / q2cbj1_9rhob like domain / PAS fold / MYND finger / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger MYND-type profile. / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / N-OXALYLGLYCINE / Hypoxia-inducible factor 1-alpha / Egl nine homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Chowdhury, R. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structural basis for binding of hypoxia-inducible factor to the oxygen-sensing prolyl hydroxylases
著者: Chowdhury, R. / McDonough, M.A. / Mecinovic, J. / Loenarz, C. / Flashman, E. / Hewitson, K.S. / Domene, C. / Schofield, C.J.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2006
タイトル: Cellular oxygen sensing: Crystal structure of hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase (PHD2)
著者: McDonough, M.A. / Li, V. / Flashman, E. / Chowdhury, R. / Mohr, C. / Lienard, B.M.R. / Zondlo, J. / Oldham, N.J. / Clifton, I.J. / Lewis, J. / McNeill, L.A. / Kurzeja, R.J.M. / Hewitson, K.S. ...著者: McDonough, M.A. / Li, V. / Flashman, E. / Chowdhury, R. / Mohr, C. / Lienard, B.M.R. / Zondlo, J. / Oldham, N.J. / Clifton, I.J. / Lewis, J. / McNeill, L.A. / Kurzeja, R.J.M. / Hewitson, K.S. / Yang, E. / Jordan, S. / Syed, R.S. / Schofield, C.J.
履歴
登録2009年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Egl nine homolog 1
S: Hypoxia-inducible factor 1 alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6684
ポリマ－29,4652
非ポリマー2022
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area10810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.379, 68.798, 72.221
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Egl nine homolog 1 / Prolyl hydroxylase / Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HIF-prolyl hydroxylase 2 / HIF- ...Prolyl hydroxylase / Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HIF-prolyl hydroxylase 2 / HIF-PH2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing protein 2 / PHD2 / SM-20


分子量: 27439.199 Da / 分子数: 1 / 断片: PHD2 catalytic domain, residues 181-426 / 変異: R398A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HIS-tag cleaved with thrombin after Ni+ affinity purification followed by gel filtration
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHD2 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9GZT9, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9GZT9, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: タンパク質・ペプチド Hypoxia-inducible factor 1 alpha / HIF-1 alpha / HIF1 alpha / ARNT-interacting protein / Member of PAS protein 1 / Basic-helix-loop- ...HIF-1 alpha / HIF1 alpha / ARNT-interacting protein / Member of PAS protein 1 / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP1


分子量: 2026.287 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal degradation domain, residues 558-574 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide synthesis / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16665
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / コメント: 阻害剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.660074 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.906935 % / Mosaicity: 1.147 °
結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 200mM MgCl2, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月1日
詳細: Pt coated mirrors in a Kirkpatrick-Baez (KB) geometry
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 4.5 % / Av σ(I) over netI: 7.88 / 数: 69081 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Χ2: 1.02 / D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 15231 / % possible obs: 99.2
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.31509910.1291.0936.4
3.424.3199.910.1411.0836.5
2.993.4299.610.1671.0545.7
2.712.9999.710.1821.0384.9
2.522.7199.310.2111.0284.3
2.372.5299.310.2430.9474
2.252.379910.281.0053.7
2.152.2599.310.3041.0023.5
2.072.1598.410.3480.9283.2
22.079810.4190.8012.8
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 15231 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 25.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Χ2: 1.025 / Net I/σ(I): 7.879 / Num. measured all: 1658622
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / Num. unique all: 1445 / Rsym value: 0.42 / Χ2: 0.801 / % possible all: 98

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å34.18 Å
Translation2.5 Å34.18 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.3.2位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2G19

2g19


解像度: 2→34.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Data cutoff high absF: 172620 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 613 4.5 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs-13494 97.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.2 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 55.51 Å2 / Biso mean: 25.254 Å2 / Biso min: 6.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.05 Å20 Å20 Å2
2--1.46 Å20 Å2
3---3.59 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→34.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1913 0 11 151 2075
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.94
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.15 Å / Rfactor Rfree error: 0.063 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 29 1.4 %
Rwork0.308 2114 -
all-2143 -
obs-1955 95.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5oga.paramoga.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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