PDB-3u7x: Crystal structure of the human eIF4E-4EBP1 peptide complex without cap

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u7x

タイトル

Crystal structure of the human eIF4E-4EBP1 peptide complex without cap

要素

Eukaryotic translation initiation factor 4E
Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1

キーワード

TRANSLATION / eIF4E / 4EBP1 / mRNA export / structural genomics consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

eukaryotic initiation factor 4G binding / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / eukaryotic initiation factor 4E binding / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / chromatoid body / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / mRNA cap binding / Deadenylation of mRNA ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Siddiqui, N. / Tempel, W. / Nedyalkova, L. / Wernimont, A.K. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Borden, K.L.B. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural Insights into the Allosteric Effects of 4EBP1 on the Eukaryotic Translation Initiation Factor eIF4E.
著者: Siddiqui, N. / Tempel, W. / Nedyalkova, L. / Volpon, L. / Wernimont, A.K. / Osborne, M.J. / Park, H.W. / Borden, K.L.

履歴

登録	2011年10月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2011年11月2日	ID: 3SMU
改定 1.0	2011年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月8日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u7x.cif.gz	186.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u7x.ent.gz	147.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u7x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/3u7x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/3u7x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tf2C 1ipbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zjz-d 5ev6-2 4f6h-d 4oct-2 4a6p-d 4kea-4 5wl7-d 2g1m-d 4c1r-3 5j5o-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (19) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (3) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (3) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (19)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (3)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (3)
#86 - 2007年2月
エキソソーム (Exosomes)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Eukaryotic translation initiation factor 4E

B: Eukaryotic translation initiation factor 4E

C: Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1

D: Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1

ヘテロ分子

55.4 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Eukaryotic translation initiation factor 4E

C: Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.6 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Eukaryotic translation initiation factor 4E

D: Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.8 kDa, 2 ポリマー
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3

B: Eukaryotic translation initiation factor 4E

D: Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1

ヘテロ分子

A: Eukaryotic translation initiation factor 4E

C: Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
55.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.500, 38.263, 93.533
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.970, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	D
2	1	C
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	ARG	ARG	D	D	50 - 63	4 - 17
2	1	THR	THR	ARG	ARG	C	C	50 - 63	4 - 17
1	2	ASN	ASN	TRP	TRP	A	A	50 - 56	50 - 56
2	2	ASN	ASN	TRP	TRP	B	B	50 - 56	50 - 56

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Eukaryotic translation initiation factor 4E / eIF-4E / eIF4E / eIF-4F 25 kDa subunit / mRNA cap-binding protein 分子量: 25130.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4E, EIF4EL1, EIF4F / プラスミド: pT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06730
#2: タンパク質・ペプチド	Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1 / 4E-BP1 / eIF4E-binding protein 1 / Phosphorylated heat- and acid-stable protein regulated by ...4E-BP1 / eIF4E-binding protein 1 / Phosphorylated heat- and acid-stable protein regulated by insulin 1 / PHAS-I 分子量: 2357.755 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 46-66 / 由来タイプ: 合成詳細: Fmoc solid-phase peptide synthesis (Sheldon Biotechnology Center) 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13541
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.89 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1:1 of (protein stock: 0.0004 M eif4e, 0.001 M 4epb1, 0.004 M ribavirin, 0.02 HEPES, 0.1 M potassium chloride, 0.001 tcep, ph 7.3):(reservoir: 2 M ammonium sulfate, 2% Peg-400, 0.1 M sodium ...詳細: 1:1 of (protein stock: 0.0004 M eif4e, 0.001 M 4epb1, 0.004 M ribavirin, 0.02 HEPES, 0.1 M potassium chloride, 0.001 tcep, ph 7.3):(reservoir: 2 M ammonium sulfate, 2% Peg-400, 0.1 M sodium HEPES), vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

結晶

マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.89 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1:1 of (protein stock: 0.0004 M eif4e, 0.001 M 4epb1, 0.004 M ribavirin, 0.02 HEPES, 0.1 M potassium chloride, 0.001 tcep, ph 7.3):(reservoir: 2 M ammonium sulfate, 2% Peg-400, 0.1 M sodium ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97924 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 35859 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.089 / Χ²: 1.282 / Net I/σ(I): 7.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.14	3.4	0.64	1728	1.036	1	96.9
2.14-2.18	3.5	0.571	1703	1.056	1	98.7
2.18-2.22	3.6	0.481	1800	1.155	1	99.4
2.22-2.26	3.6	0.486	1766	2.18	1	99.4
2.26-2.31	3.7	0.457	1769	1.305	1	99.7
2.31-2.37	3.7	0.373	1784	1.155	1	99.9
2.37-2.42	3.7	0.318	1786	1.142	1	99.9
2.42-2.49	3.7	0.307	1768	1.155	1	100
2.49-2.56	3.7	0.268	1818	1.183	1	100
2.56-2.65	3.7	0.223	1748	1.121	1	100
2.65-2.74	3.7	0.188	1801	1.154	1	99.8
2.74-2.85	3.7	0.145	1760	1.142	1	100
2.85-2.98	3.7	0.113	1820	1.132	1	100
2.98-3.14	3.7	0.083	1810	1.168	1	100
3.14-3.33	3.7	0.066	1787	1.198	1	100
3.33-3.59	3.7	0.054	1828	1.343	1	100
3.59-3.95	3.7	0.054	1791	1.727	1	99.7
3.95-4.52	3.6	0.047	1827	1.832	1	100
4.52-5.7	3.5	0.037	1836	1.299	1	100
5.7-50	3.5	0.031	1929	1.139	1	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IPB

1ipb

解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / WR_factor R_free: 0.21 / WR_factor R_work: 0.186 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 9.957 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED. AMINO ACID RESIDUES 51 THROUGH 58 ARE POORLY DEFINED BY ELECTRON DENSITY. FO-FC DENSITY SUGGESTS AN ALTERNATE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2239	1503	4.211 %	THIN SHELLS (SFTOOLS)
R_work	0.1982	-	-	-
obs	0.199	35692	98.947 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 114.74 Å² / B_iso mean: 41.169 Å² / B_iso min: 27.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.746 Å²	0 Å²	2.148 Å²
2-	-	-0.441 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3205	0	40	123	3368

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	3391
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2319
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.316	1.936	4615
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.894	3	5588
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.494	5	423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.033	22.848	165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.499	15	562
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.783	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	494
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3810
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	763
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.688	1.5	2043
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.147	1.5	831
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.257	2	3278
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.902	3	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.024	4.5	1326

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	D	81	MEDIUM POSITIONAL	0.29	0.5
1	D	89	LOOSE POSITIONAL	0.22	5
1	D	81	MEDIUM THERMAL	0.19	2
1	D	89	LOOSE THERMAL	0.24	10
2	A	42	MEDIUM POSITIONAL	0.12	0.5
2	A	15	LOOSE POSITIONAL	0.21	5
2	A	42	MEDIUM THERMAL	0.16	2
2	A	15	LOOSE THERMAL	0.33	10

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.154		0	0.274	2382	2624	90.777
2.154-2.213	0.294	169	0.241	2365	2551	99.334
2.213-2.277	0.297	152	0.236	2348	2515	99.404
2.277-2.346		0	0.21	2410	2417	99.71
2.346-2.423	0.251	139	0.197	2200	2343	99.829
2.423-2.507	0.234	140	0.193	2108	2257	99.601
2.507-2.601	0.216	114	0.195	2088	2207	99.773
2.601-2.707	0.233	101	0.206	2013	2128	99.342
2.707-2.826		0	0.193	2016	2024	99.605
2.826-2.963	0.247	96	0.185	1884	1986	99.698
2.963-3.121	0.224	87	0.184	1739	1833	99.618
3.121-3.308	0.198	74	0.193	1661	1747	99.313
3.308-3.534	0.176	65	0.193	1603	1671	99.82
3.534-3.812	0.198	83	0.185	1480	1569	99.618
3.812-4.169	0.202	88	0.178	1324	1423	99.227
4.169-4.65	0.177	49	0.166	1254	1308	99.618
4.65-5.348	0.199	57	0.176	1102	1162	99.742
5.348-6.499	0.26	40	0.229	964	1007	99.702
6.499-8.983	0.32	28	0.223	757	788	99.619
8.983-30	0.257	21	0.232	491	512	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0686	0.2282	-1.4839	2.1662	-0.6502	5.0628	0.0068	-0.0791	-0.0832	-0.0212	0.0138	-0.0917	0.1495	0.0776	-0.0206	0.0681	-0.0252	-0.0153	0.0112	-0.0012	0.0139	38.1223	-7.2829	18.1657
2	4.5964	-1.0078	-0.4728	2.3514	0.4552	1.4817	-0.0394	0.1048	-0.0225	-0.1162	-0.0431	0.0613	-0.0172	-0.1111	0.0825	0.0204	-0.0012	-0.0265	0.0155	-0.0243	0.0596	61.3098	0.4823	47.2028
3	4.7394	5.3656	0.8119	14.2984	2.9601	7.6677	0.1171	0.783	0.173	-1.0067	-0.2905	0.2583	0.0499	-0.3301	0.1733	0.2401	0.0435	-0.0478	0.4519	0.0796	0.2478	28.4804	-2.1964	4.6319
4	8.7345	5.2802	0.4468	17.1965	3.3278	8.721	-0.0609	-0.6796	-0.0342	0.3767	-0.2368	-0.7951	-0.1019	0.8658	0.2977	0.1614	0.0999	-0.0535	0.3781	0.0635	0.1954	72.6173	-4.1235	59.3549

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	31 - 217
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	31 - 217
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	50 - 63
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	50 - 63

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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