PDB-3hqp: Crystal structure of Leishmania mexicana pyruvate kinase (LmPYK) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hqp

タイトル

Crystal structure of Leishmania mexicana pyruvate kinase (LmPYK) in complex with ATP, Oxalate and fructose 2,6 bisphosphate

要素

Pyruvate kinase

キーワード

TRANSFERASE / TIM BARREL / T-STATE ENZYME / Allosteric enzyme / Glycolysis / Kinase / Magnesium / Metal-binding / Pyruvate

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Morgan, H.P. / Walkinshaw, M.D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: The allosteric mechanism of pryuvate kinase from Leishmania mexicana: a rock and lock model
著者: Morgan, H.P. / McNae, I.W. / Nowicki, M.W. / Hannaert, V. / Michels, P.A.M. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Walkinshaw, M.D.

履歴

登録	2009年6月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年2月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hqp.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hqp.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hqp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/3hqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/3hqp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hqnC 3hqoC 3hqqC 1pklS 3e0v 3e0w S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1zsq-d 3zmb-d 1wp6-d 2by2-d 5ayp-d 1ud6-d 5gnh-3 3zl6-d 2h9v-d 3zcd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (13)

登録構造単位

A: Pyruvate kinase

B: Pyruvate kinase

C: Pyruvate kinase

D: Pyruvate kinase

E: Pyruvate kinase

F: Pyruvate kinase

G: Pyruvate kinase

H: Pyruvate kinase

I: Pyruvate kinase

J: Pyruvate kinase

K: Pyruvate kinase

L: Pyruvate kinase

M: Pyruvate kinase

N: Pyruvate kinase

O: Pyruvate kinase

P: Pyruvate kinase

ヘテロ分子

888 kDa, 16 ポリマー
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1

A: Pyruvate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Pyruvate kinase

ヘテロ分子

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3

C: Pyruvate kinase

ヘテロ分子

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4

D: Pyruvate kinase

ヘテロ分子

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5

E: Pyruvate kinase

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6

F: Pyruvate kinase

ヘテロ分子

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7

G: Pyruvate kinase

ヘテロ分子

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8

H: Pyruvate kinase

ヘテロ分子

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55.5 kDa, 1 ポリマー
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9

I: Pyruvate kinase

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10

J: Pyruvate kinase

ヘテロ分子

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55.6 kDa, 1 ポリマー
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11

K: Pyruvate kinase

ヘテロ分子

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12

L: Pyruvate kinase

ヘテロ分子

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55.5 kDa, 1 ポリマー
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13

M: Pyruvate kinase

ヘテロ分子

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55.5 kDa, 1 ポリマー
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14

N: Pyruvate kinase

ヘテロ分子

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55.5 kDa, 1 ポリマー
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15

O: Pyruvate kinase

ヘテロ分子

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16

P: Pyruvate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	127.486, 151.140, 160.319
Angle α, β, γ (deg.)	89.73, 80.17, 71.64
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 32分子 ABCDEFGHIJKLMNOP

#1: タンパク質

Pyruvate kinase / PK

分子量: 54467.934 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)
株: NHOM/B2/84/BEL46 / 遺伝子: PYK / プラスミド: pET3A_lmPYK / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q27686, pyruvate kinase

#5: 糖

ChemComp-FDP / 2,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / FRUCTOSE-2,6-DIPHOSPHATE / 2,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 2,6-di-O-phosphono-D-fructose / 2,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス2,6-ビスりん酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₄O₁₂P₂

-
非ポリマー , 6種, 4198分子

#2: 化合物	... ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	... ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン分子量: 88.019 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂O₄
#6: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細

THE SEQUENCE OF L. MEXICANA PYRUVATE KINASE HAS BEEN DETERMINED IN THE LABORATORY OF PROF. PAUL ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.84 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 10-16% PEG8000, 20mM triethanolamine-HCl, 50mM MgCl2, 100mM KCl, 10-15% glycerol, pH7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月7日 / 詳細: mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→41.96 Å / Num. all: 913876 / Num. obs: 470114 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 2.3 / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 41.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 1.3 % / R_merge(I) obs: 0.638 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 65953 / % possible all: 90.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PKL

1pkl

解像度: 2.3→34.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 14.519 / SU ML: 0.195 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.285 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25198	23579	5 %	RANDOM
R_work	0.19841	-	-	-
obs	0.20111	446260	94.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.789 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.77 Å²	0.29 Å²	0.16 Å²
2-	-	-0.41 Å²	-0.84 Å²
3-	-	-	2.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→34.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	60784	0	973	4100	65857

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	62866
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.106	1.969	85173
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.96	5	7984
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.789	24.768	2764
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.234	15	10758
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.527	15	385
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	9839
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	46744
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.182	0.2	31347
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.294	0.2	43418
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	4325
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.21	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.188	0.2	101
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.14	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.254	1.5	39600
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.492	2	64019
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.87	3	23537
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.391	4.5	21154
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.337	1690	-
R_work	0.29	31343	-
obs	-	-	89.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5363	-0.244	0.3989	2.5498	-0.8253	2.5667	0.038	0.2361	0.2459	-0.3127	-0.1829	0.6981	-0.3	-0.534	0.1448	-0.0756	0.1865	-0.2577	0.1247	-0.1452	0.6772	-32.9314	57.5118	-1.375
2	5.1716	2.0235	1.9601	2.8755	-0.4338	1.4349	-0.2247	0.7241	-0.0094	-1.0287	0.2176	0.3336	0.1839	-0.6576	0.0071	0.6413	0.1037	-0.2052	0.606	-0.1445	0.6228	-46.7299	37.7048	-15.7223
3	4.8919	-0.7478	3.4273	0.1143	-0.52	5.6182	0.0434	0.9843	0.0147	-1.0102	-0.1955	0.2273	-0.0874	0.0241	0.1521	0.4202	0.1987	-0.1719	0.4559	-0.1455	0.4341	-24.3321	48.8252	-16.2821
4	1.8748	0.6438	-0.2795	1.3911	0.1802	0.6684	0.0343	0.321	0.3211	-0.3279	-0.1275	0.3782	-0.196	-0.2438	0.0932	0.1172	0.1183	-0.1318	0.0954	-0.0428	0.417	-17.0857	56.0072	1.9483
5	1.2762	0.2418	-0.0415	1.1045	0.0657	0.5082	-0.0167	0.1178	0.1113	-0.1881	0.0862	-0.1241	-0.0007	0.2147	-0.0695	0.1273	-0.0122	0.0603	0.0691	-0.0949	0.3222	39.5451	49.1597	17.8112
6	2.2284	-1.1818	0.7428	3.6535	-1.1427	1.7997	-0.0405	-0.4814	0.038	0.5673	0.0711	-0.3605	-0.1142	0.1221	-0.0306	0.0903	-0.0504	-0.0231	0.197	-0.177	0.3019	44.0335	46.8831	38.8333
7	1.1618	-0.1392	0.0259	1.2089	0.0724	0.6996	0.0239	-0.0639	0.0782	-0.0811	0.0324	0.0673	-0.039	-0.0307	-0.0563	0.1497	-0.035	0.0439	0.0575	-0.0451	0.2818	23.6774	49.9201	17.2337
8	2.4682	0.0774	-0.292	0.6683	0.0185	1.548	0.1883	0.4636	0.2306	-0.4368	-0.1142	0.1318	-0.0809	-0.0451	-0.0741	0.3293	0.0053	0.03	0.0276	0.0717	0.3261	16.333	64.1533	-0.9157
9	1.9978	-0.8131	-0.6832	0.6618	0.2118	0.368	-0.0075	0.1064	-0.1902	-0.125	-0.0726	0.243	0.0036	-0.1809	0.08	-0.122	-0.0201	-0.0052	0.1035	-0.2498	0.5737	-44.6995	30.9322	21.2006
10	2.2438	-1.7389	0.6632	3.1644	-1.1421	1.7015	-0.1432	-0.0589	0.4819	0.236	-0.1748	-0.1326	-0.3278	-0.1403	0.318	-0.1067	-0.0214	0.022	0.1294	-0.2769	0.6193	-48.3623	46.2671	31.881
11	2.2165	-0.2758	-0.1582	1.7573	0.1808	0.8638	-0.0125	-0.0083	-0.0755	0.0214	-0.1219	0.3208	-0.0388	-0.1013	0.1344	-0.1104	-0.0141	0.0201	0.0402	-0.1887	0.4766	-30.6254	33.7669	22.2564
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54	0.364	-1.411	1.1055	5.8173	-4.3978	3.3938	0.0614	-0.4975	-0.4771	1.1704	0.2673	0.3248	0.5177	-0.1336	-0.3287	0.7164	-0.0011	0.0004	0.7164	-0.0003	0.7168	22.404	11.1597	-21.4731
55	1.1039	-1.1536	1.3648	1.2064	-1.4294	1.6991	0.0713	-1.1366	0.4098	0.8093	-0.4337	0.9217	0.2444	-0.3819	0.3623	0.5929	0.0014	-0.0003	0.5943	0.0024	0.5933	12.8127	32.7321	-24.2665
56	2.5966	-1.3596	0.0066	3.5264	-0.1479	1.0576	-0.1139	-0.3236	-0.194	0.1812	0.2062	-0.1173	0.0196	-0.0085	-0.0924	0.2311	0.1952	-0.0828	0.2016	0.1248	0.023	14.239	46.0616	-41.7134
57	2.2564	0.7847	0.841	3.8325	0.0668	0.3278	0.1614	0.2921	-0.324	-0.2358	0.0089	0.6327	0.0184	-0.1103	-0.1703	0.6441	-0.0487	-0.0455	0.6029	0.0081	0.6302	-51.1494	48.3103	-59.9863
58	4.2807	1.2708	-0.3081	0.8335	-0.2655	0.0885	0.1279	-0.8157	0.179	0.1939	-0.4505	0.4634	-0.1322	-0.4972	0.3227	0.7145	-0.001	0.0006	0.717	-0.0002	0.7141	-57.5289	56.7549	-39.7487
59	2.5473	0.2693	0.0114	0.3531	0.0176	0.0009	0.0213	-0.17	-0.6081	0.0168	0.1294	0.6101	0.1271	-0.1034	-0.1507	0.6374	0.0047	-0.1608	0.2953	0.2028	0.8308	-37.4645	44.3379	-54.9402
60	4.533	0.4075	-0.0197	7.2562	-0.3104	0.0133	-0.6571	0.4636	-0.6664	-0.1782	0.2481	0.5958	0.8855	0.1122	0.409	0.6865	-0.0024	-0.0029	0.6913	0.0018	0.688	-38.6793	23.8426	-66.0551
61	0.7311	-1.2402	0.5478	4.4961	-1.4725	0.5338	0.1736	-0.7373	-0.1972	0.4126	0.2536	0.2857	0.483	0.5389	-0.4272	0.5764	-0.0059	-0.0105	0.5906	0.0082	0.579	4.2147	5.2948	-52.3403
62	0.6311	-0.7122	0.3164	2.8575	1.1027	1.1962	-0.1666	0.8988	-0.2678	-0.6289	0.3577	-0.3689	-0.0329	0.623	-0.1911	0.6594	0.1899	-0.0303	0.6707	0.045	0.657	22.6393	12.3571	-68.5603
63	2.7041	-0.2762	0.4978	4.4263	0.0906	0.0962	0.0311	-0.0497	-0.5988	-0.0019	-0.0194	0.5852	0.1706	0.0323	-0.0116	0.4581	0.1784	-0.1229	0.335	0.2078	0.3929	-0.4047	17.9307	-54.7736
64	2.2419	-0.7625	-0.2994	11.5279	-3.5467	1.2213	0.2633	0.2282	-0.8495	-0.0577	0.136	0.754	0.3614	-0.7403	-0.3993	0.677	-0.0004	-0.0006	0.671	0.0002	0.6737	-20.2377	7.5475	-57.6888

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 95
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	96 - 201
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	202 - 249
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	250 - 498
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 115
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	116 - 205
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	206 - 432
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	433 - 498
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1 - 126
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	127 - 206
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	207 - 372
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	373 - 498
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	1 - 96
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	97 - 189
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	190 - 332
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	333 - 498
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	1 - 96
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	97 - 176
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	177 - 371
20	X-RAY DIFFRACTION	20	E	372 - 498
21	X-RAY DIFFRACTION	21	F	1 - 126
22	X-RAY DIFFRACTION	22	F	127 - 260
23	X-RAY DIFFRACTION	23	F	261 - 380
24	X-RAY DIFFRACTION	24	F	381 - 498
25	X-RAY DIFFRACTION	25	G	1 - 96
26	X-RAY DIFFRACTION	26	G	97 - 198
27	X-RAY DIFFRACTION	27	G	199 - 262
28	X-RAY DIFFRACTION	28	G	263 - 498
29	X-RAY DIFFRACTION	29	H	1 - 96
30	X-RAY DIFFRACTION	30	H	97 - 136
31	X-RAY DIFFRACTION	31	H	137 - 195
32	X-RAY DIFFRACTION	32	H	196 - 498
33	X-RAY DIFFRACTION	33	I	1 - 96
34	X-RAY DIFFRACTION	34	I	97 - 194
35	X-RAY DIFFRACTION	35	I	195 - 338
36	X-RAY DIFFRACTION	36	I	339 - 498
37	X-RAY DIFFRACTION	37	J	1 - 91
38	X-RAY DIFFRACTION	38	J	92 - 196
39	X-RAY DIFFRACTION	39	J	197 - 333
40	X-RAY DIFFRACTION	40	J	334 - 498
41	X-RAY DIFFRACTION	41	K	1 - 179
42	X-RAY DIFFRACTION	42	K	180 - 254
43	X-RAY DIFFRACTION	43	K	255 - 423
44	X-RAY DIFFRACTION	44	K	424 - 498
45	X-RAY DIFFRACTION	45	L	1 - 95
46	X-RAY DIFFRACTION	46	L	96 - 196
47	X-RAY DIFFRACTION	47	L	197 - 331
48	X-RAY DIFFRACTION	48	L	332 - 498
49	X-RAY DIFFRACTION	49	M	1 - 101
50	X-RAY DIFFRACTION	50	M	102 - 153
51	X-RAY DIFFRACTION	51	M	154 - 195
52	X-RAY DIFFRACTION	52	M	196 - 498
53	X-RAY DIFFRACTION	53	N	1 - 95
54	X-RAY DIFFRACTION	54	N	96 - 201
55	X-RAY DIFFRACTION	55	N	202 - 273
56	X-RAY DIFFRACTION	56	N	274 - 498
57	X-RAY DIFFRACTION	57	O	1 - 99
58	X-RAY DIFFRACTION	58	O	100 - 239
59	X-RAY DIFFRACTION	59	O	240 - 428
60	X-RAY DIFFRACTION	60	O	429 - 498
61	X-RAY DIFFRACTION	61	P	1 - 77
62	X-RAY DIFFRACTION	62	P	78 - 253
63	X-RAY DIFFRACTION	63	P	254 - 428
64	X-RAY DIFFRACTION	64	P	429 - 498

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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