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Yorodumi- PDB-3hp9: Crystal structure of SSB/Exonuclease I in complex with inhibitor CFAM -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3hp9 | ||||||
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Title | Crystal structure of SSB/Exonuclease I in complex with inhibitor CFAM | ||||||
Components | Exodeoxyribonuclease I | ||||||
Keywords | HYDROLASE / EXONUCLEASE / SSB / GENOME MAINTENANCE / DNA DAMAGE / DNA REPAIR / NUCLEASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information exodeoxyribonuclease I / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA catabolic process / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / single-stranded DNA binding / 3'-5'-RNA exonuclease activity / DNA repair / magnesium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Satyshur, K.A. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2010 Title: Small-molecule tools for dissecting the roles of SSB/protein interactions in genome maintenance Authors: Lu, D. / Bernstein, D.A. / Satyshur, K.A. / Keck, J.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3hp9.cif.gz | 119.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3hp9.ent.gz | 91.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3hp9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/3hp9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/3hp9 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3hl8C 3c95S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 55510.566 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: K-12 / Gene: b2011, cpeA, JW1993, sbcB, xonA / Plasmid: pET / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P04995, exodeoxyribonuclease I |
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-Non-polymers , 5 types, 456 molecules
#2: Chemical | ChemComp-MG / | ||||
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#3: Chemical | ChemComp-CF1 / | ||||
#4: Chemical | ChemComp-DMS / #5: Chemical | ChemComp-EDO / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 20 mg/mL Protein, 18-27% PEG 4000, Saturated inhibitor in DMSO soaked 4-5 days, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 0.97869 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 21, 2007 |
Radiation | Monochromator: Si(111) double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97869 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. all: 60104 / Num. obs: 60104 / % possible obs: 89.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 33.65 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.66 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.377 / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / Num. unique all: 6139 / % possible all: 93.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3C95 Resolution: 1.6→18.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 4.32 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.109 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 16.951 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.264 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→18.81 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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