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- PDB-2qxf: Product bound structure of exonuclease I at 1.5 angstrom resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qxf
タイトルProduct bound structure of exonuclease I at 1.5 angstrom resolution
要素Exodeoxyribonuclease I
キーワードHYDROLASE / ALPHA-BETA DOMAIN / DNAQ SUPERFAMILY / SH3-LIKE DOMAIN / PRODUCT BOUND STRUCTURE / DNA damage / DNA repair / Exonuclease / Nuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


exodeoxyribonuclease I / DNA replication termination / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA catabolic process / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / single-stranded DNA binding / 3'-5'-RNA exonuclease activity / DNA repair / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1240 / Exonuclease ExoI, domain 3 / Exonuclease ExoI, domain 2 / Exodeoxyribonuclease I, C-terminal / Exodeoxyribonuclease I / Exonuclease I, SH3-like domain / Exonuclease I, C-terminal alpha-helical domain / Exonuclease I, SH3-like domain superfamily / Exonuclease C-terminal / Exonuclease I (ExoI) SH3-like domain profile. ...Helix Hairpins - #1240 / Exonuclease ExoI, domain 3 / Exonuclease ExoI, domain 2 / Exodeoxyribonuclease I, C-terminal / Exodeoxyribonuclease I / Exonuclease I, SH3-like domain / Exonuclease I, C-terminal alpha-helical domain / Exonuclease I, SH3-like domain superfamily / Exonuclease C-terminal / Exonuclease I (ExoI) SH3-like domain profile. / Exonuclease I (ExoI) C-terminal domain profile. / Oligoribonuclease / PX Domain / Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Monooxygenase / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Helix Hairpins / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / Exodeoxyribonuclease I
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Busam, R.D.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Structure of Escherichia coli exonuclease I in complex with thymidine 5'-monophosphate.
著者: Busam, R.D.
履歴
登録2007年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN ... BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN THIS ENTRY. AUTHORS STATE THAT THE INFORMATION ABOUT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS NOT AVAILABLE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exodeoxyribonuclease I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9045
ポリマ－55,5111
非ポリマー3944
水9,800544
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.630, 91.849, 102.752
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Exodeoxyribonuclease I / Exonuclease I / DNA deoxyribophosphodiesterase / dRPase


分子量: 55510.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: sbcB, cpeA, xonA, b2011, JW1993 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04995, exodeoxyribonuclease I
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-TMP / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / TMP


分子量: 322.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O8P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 544 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Sodium chloride, 0.1M Tris-HCl, 20% PEG 8000, 1.5x molar excess ssDNA, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 80289 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.5-1.556.50.371199.7
1.55-1.626.50.265199.8
1.62-1.696.60.194199.8
1.69-1.786.70.141100
1.78-1.896.80.0981100
1.89-2.0470.0671100
2.04-2.247.20.051100
2.24-2.567.20.0451100
2.56-3.237.10.0411100
3.23-506.80.022198.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.374 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.625
最高解像度最低解像度
Translation4 Å15 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR2.5位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→26.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.424 / SU ML: 0.049 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22357 4023 5 %RANDOM
Rwork0.19925 ---
obs0.20044 80202 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.632 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→26.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3525 0 24 544 4093
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0223859
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7591.9535281
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9535478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.58223.8200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.99715642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5231532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2561
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.023068
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1610.21795
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.270.22672
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0650.2442
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.090.26
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1180.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0680.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3251.52315
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.63823776
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.05731609
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7364.51505
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 296 -
Rwork0.241 5540 -
obs--99.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.10740.31580.38390.75820.22050.65210.0354-0.0903-0.00850.0032-0.02450.00140.0132-0.0598-0.011-0.00120.00510.00990.0201-0.0052-0.03125.07626.13528.411
20.5356-0.118-0.31821.28560.21390.7948-0.0114-0.0367-0.05770.009-0.0343-0.1230.06560.0370.0458-0.01020.002-0.00280.00570.01310.005922.49212.9126.633
30.97530.076-0.22760.9884-0.55542.03090.0218-0.152-0.08970.0309-0.0728-0.11050.00930.18620.0509-0.06320.0181-0.00940.0237-0.0094-0.057141.58927.8934.755
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA7 - 1337 - 133
2X-RAY DIFFRACTION2AA134 - 347134 - 347
3X-RAY DIFFRACTION3AA361 - 474361 - 474

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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